求助，有关膜蛋白的胞外结构分子对接后的分子动力学模拟

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-7-21 23:51:20

本帖最后由 5撇到3撇于 2021-7-22 00:08 编辑

老师好，我们选择了一个蛋白，蛋白本身是一个跨膜蛋白，但是网上查询有关这个蛋白的跨膜域的结构信息比较少，更多的是蛋白的胞外结构。现将某一药物小分子与他的胞外区进行分子对接，然后打算再进行分子动力学模拟，查到说药物作用多在胞外。所以想请教一下，是否可以直接将对接结果按照常规进行动力学模拟（水溶液中的蛋白-配体），还是要再添加双层膜体系进行模拟呢？谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-22 02:10:37

如果作用位点离跨膜部分甚远，而且是否考虑膜对于胞外区域的蛋白质构象影响不大，可以这样直接模拟

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-7-22 03:42:15

I would rather do the simulation with the double membrane, to try to simulate more close to reality, the membrane in this kind of protein affects the structure of the protein

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-7-22 11:14:51

sobereva 发表于 2021-7-22 02:10
如果作用位点离跨膜部分甚远，而且是否考虑膜对于胞外区域的蛋白质构象影响不大，可以这样直接模拟

好的，谢谢老师，还想请教一下，如果需要加膜模拟的话，这个蛋白的跨膜区可以用从头合成建模然后再模拟嘛？

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-7-22 11:15:41

rpestana94 发表于 2021-7-22 03:42
I would rather do the simulation with the double membrane, to try to simulate more close to reality, ...

okay，thank you for your reply

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-7-22 21:43:47

5撇到3撇发表于 2021-7-21 22:14
好的，谢谢老师，还想请教一下，如果需要加膜模拟的话，这个蛋白的跨膜区可以用从头合成建模然后再模拟嘛 ...

why model just that region? why not model all the protein?

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-23 03:27:59

5撇到3撇发表于 2021-7-22 11:14
好的，谢谢老师，还想请教一下，如果需要加膜模拟的话，这个蛋白的跨膜区可以用从头合成建模然后再模拟嘛 ...

“从头合成建模”指代不明

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-7-23 10:00:25

rpestana94 发表于 2021-7-22 21:43
why model just that region? why not model all the protein?

对哦，好主意

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-7-23 10:03:37

sobereva 发表于 2021-7-23 03:27
“从头合成建模”指代不明

抱歉老师我没有表达清楚，就是匹配不到合适模板的蛋白建模。

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-7-23 22:30:14

5撇到3撇发表于 2021-7-22 21:00
对哦，好主意

You can use alphafold2 for the structure

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-23 23:34:06

5撇到3撇发表于 2021-7-23 10:03
抱歉老师我没有表达清楚，就是匹配不到合适模板的蛋白建模。

直接忽略掉跨膜区域

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-7-25 23:22:50

rpestana94 发表于 2021-7-23 22:30
You can use alphafold2 for the structure

谢谢，alphafold成本有点多，哈哈

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-7-25 23:23:10

sobereva 发表于 2021-7-23 23:34
直接忽略掉跨膜区域

好的谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-26 00:24:40

5撇到3撇发表于 2021-7-25 23:22
谢谢，alphafold成本有点多，哈哈

也可以考虑robetta里的RoseTTAFold，精度很接近Alphafold 2

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-7-26 07:05:51

5撇到3撇发表于 2021-7-25 10:22
谢谢，alphafold成本有点多，哈哈

There is a solution for this, you can search your protein in the alphafold database, maybe your protein has a structure genereated by alphafold, here is the link: https://alphafold.ebi.ac.uk/ or you can use some google colabs to run alphafold like this one: https://colab.research.google.co ... ld2_complexes.ipynb

RoseTTAFold requiere less resources or you can run it in robetta servers

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