求助：在gmx pdb2gmx命令中怎么能不自动加氢以模拟不同的质子化态

芮啦 · 发表于 Post on 2021-7-23 00:59:55

各位老师好，我想请教一下，我对DNA链脱质子后，在输入命令gmx pdb2gmx后，原本脱掉的质子全部被自动加上了，所以想请教一下各位老师：

1.怎么才能让gmx pdb2gmx这一步不会自动加氢以便于模拟不同的质子化态；
2.我需要对DNA链上的残基脱质子，请问pdb2gmx里面怎么手动选择DNA残基（如鸟嘌呤G）的质子化态；

麻烦各位老师指点一下，不胜感激

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-23 04:04:26

1 自动加氢是根据力场目录下的hdb文件加的。恰当编辑即可。下面ppt是蛋白质的，对核酸类似

2 没法手动选择。应当对两种质子化态在rtp里设成不同残基，并在pdb里相应地根据质子化态设置残基名

芮啦 · 发表于 Post on 2021-7-23 09:47:14

sobereva 发表于 2021-7-23 04:04
1 自动加氢是根据力场目录下的hdb文件加的。恰当编辑即可。下面ppt是蛋白质的，对核酸类似

谢谢sob老师回复，感谢老师的指点

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