求助：采用VASP进行AIMD, 计算停滞不前

Tanmin · 发表于 Post on 2021-7-28 17:20:12

本帖最后由 Tanmin 于 2021-7-29 17:38 编辑

各位老师及群友：
大家好!
近日我在尝试采用VASP进行从头分子动力学计算时，计算停滞不前，请各位指导指导.(机器配置，VASP版本及输入文件等信息见末尾，AIMD输入文件在此

AIMD输入文件.zip (643.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 48) ）
①离子步设置为50可正常结束，当离子步改为500时，计算到第95步后，计算停滞，内存可用空间约40%，等待14小时后仍无进展。
②我在VASP官网找到如下一条说明：
To run molecular dynamics calculation VASP has to be compiled using the -Dtbdyn precompiler flag in the makefile.include file. A sample input using this tag would look like this:

CPP = $(CPP_) -DHOST="IFC9_fftw" \
-Dkind8 -DNGXhalf -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc \
-Dtbdyn

复制代码

我不太确认在进行VASP编译时，是否设置了-Dtbdyn precompliler flag, 当时是根据社长的教程完成了编译及安装操作。
我是否可以不重新编译，而在INCAR文件中增加上述代码？
③当我以现有结构建立超胞，K点设置为1x1x1，离子步设为500，可正常结束；随后直接以现有结构，K点设置为1x1x1，离子步设为1000，时间步长3fs, 也正常结束。超胞以1x1x1的K点设置应该没问题，但小结构以1x1x1为K点设置，精度受影响。我不解的是为何1x1x1可正常结束分子动力学计算，而其他高密度K点却造成计算停滞不前，也不报错。

***机器配置及VASP版本***
CPU核数：20 cores ，实用 20 cores; 内存128G( 8个槽）
VASP版本： VASP.5.4.4
编译器：Intel(R) Parallel Studio XE 2019 Update 1 cluster edition for linux

***INCAR***

SYSTEM = TEST_AIMD
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1
IBRION = 0
MDALGO = 2
ISIF = 2
SMASS = 1.0
ALGO = Fast
LREAL = Auto
ENCUT = 400
PREC = Medium
LWAVE = .TRUE.
LCHARG = .TRUE.
ADDGRID = .TRUE.
ISYM = 0
TEBEG = 1900
TEEND = 1900
NELM = 100
NSW = 50
EDIFF = 1E-5
EDIFFG = -0.01
POTIM = 1.5
NCORE = 4
NBLOCK = 10

复制代码

***POSCAR***

Ca6 Al12 O24
1.0
8.836026 0.000000 0.000000
-4.418013 7.652223 0.000000
0.000000 0.000000 8.202597
Ca Al O
6 12 24
direct
0.000000 0.000000 0.726259 Ca
0.000000 0.000000 0.226259 Ca
0.666667 0.333333 0.236889 Ca
0.666667 0.333333 0.804233 Ca
0.333333 0.666667 0.304233 Ca
0.333333 0.666667 0.736889 Ca
0.343084 0.314950 0.544232 Al
0.979135 0.660854 0.936797 Al
0.971866 0.656916 0.544232 Al
0.681719 0.020865 0.936797 Al
0.656916 0.685050 0.044232 Al
0.020865 0.339146 0.436797 Al
0.314950 0.971866 0.044232 Al
0.685050 0.028134 0.544232 Al
0.660854 0.681719 0.436797 Al
0.318281 0.979135 0.436797 Al
0.339146 0.318281 0.936797 Al
0.028134 0.343084 0.044232 Al
0.582773 0.792167 0.910013 O
0.447611 0.545747 0.519224 O
0.264077 0.879041 0.241344 O
0.792167 0.209394 0.410013 O
0.886617 0.112324 0.035363 O
0.207833 0.790606 0.910013 O
0.545747 0.098136 0.019224 O
0.552389 0.454253 0.019224 O
0.120959 0.385036 0.241344 O
0.887676 0.774293 0.035363 O
0.225707 0.113383 0.035363 O
0.209394 0.417227 0.910013 O
0.113383 0.887676 0.535363 O
0.112324 0.225707 0.535363 O
0.790606 0.582773 0.410013 O
0.901864 0.447611 0.019224 O
0.454253 0.901864 0.519224 O
0.735923 0.120959 0.741344 O
0.774293 0.886617 0.535363 O
0.098136 0.552389 0.519224 O
0.614964 0.735923 0.241344 O
0.417227 0.207833 0.410013 O
0.385036 0.264077 0.741344 O
0.879041 0.614964 0.741344 O

复制代码

***KPOINTS***

KPT-Resolved Value to Generate K-Mesh: 0.040
0
Gamma
3 3 3
0.0 0.0 0.0

复制代码

jiangning198511 · 发表于 Post on 2021-7-29 16:08:58

你这个体系可以试一试CP2K

Tanmin · 发表于 Post on 2021-7-29 17:41:24

jiangning198511 发表于 2021-7-29 16:08
你这个体系可以试一试CP2K

谢谢宝贵意见，有学习CP2K的计划，但目前想弄清楚这个问题，因为之前这个体系在超算上正常结束过。

Lilunjisuan · 发表于 Post on 2023-9-11 22:38:04

“我不解的是为何1x1x1可正常结束分子动力学计算，而其他高密度K点却造成计算停滞不前，也不报错。”
官网看到的，用Gamma点就行了吧
https://www.vasp.at/wiki/index.php/Liquid_Si_-_Standard_MD
Since a sufficiently large super cell is used in this example, it is ok in this case to use only a single k-point in the calculations. Hence it is also possible to use the
Γ\Gamma -point only version which is significantly faster than the standard version.

a851026453 · 发表于 Post on 2023-9-12 10:17:39

你好，我也是用vasp算AIMD，但我温度波动很大，请问你遇到过这种情况吗，该怎么解决好呢

Lilunjisuan · 发表于 Post on 2023-9-16 09:06:25

a851026453 发表于 2023-9-12 10:17
你好，我也是用vasp算AIMD，但我温度波动很大，请问你遇到过这种情况吗，该怎么解决好呢:handsha ...

你好，我用VASP计算AIMD，和你的情况一样，温度波动很大，请问你找到解决方法了么？

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