二氧化硅包裹烷烃的核壳结构模拟温度和能量不守恒问题

维特的日记 · 发表于 Post on 2015-12-27 13:10:08

本帖最后由维特的日记于 2015-12-27 13:18 编辑

本人最近一段时间在模拟二氧化硅包裹烷烃的核壳结构，模型是在烷烃的xy方向周围包裹一层二氧化硅，即xy方向是非周期的、z方向是周期的，类似于长方体形状的管道。势函数二氧化硅采用tersoff，烷烃使用Trappe，他们之间的相互作用用lj势。目前在270K下弛豫100万步了，再转到nve弛豫100万步，时间步长为0.1fs。然后出现问题了，模型在270K的nvt弛豫温度还算正常在270上下小幅度振荡，但是体系的总能量不断减小，烷烃的总能量不断增大，二氧化硅的总能量不断减小。nve系综的问题更大，温度随着运行时间缓慢上升，总能量是守恒的，二氧化硅的总能量不断下降，烷烃的总能量不断升高。一开始我以为是时间步长的问题，所以才改成了0.1fs，起初是1fs的，但是改成0.1fs还是不能解决问题。希望各位前辈们能够帮帮忙，解决这个问题。如下是nvt系综的几个图，nve没有运行万就被我关了，已经出现问题了。。

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-27 13:32:10

我不用lammps，但是0.1fs也太小了，效率太低了。最好看看烷烃和二氧化硅的势能和动能分别是怎么变化的，并且结合轨迹进行考察是否合理。
从总能量上看随着模拟进行已经接近收敛了，没什么问题。最好再继续跑跑，现在才不过100ps而已，还不足以充分平衡。用1fs步长跑到1ns看看。

维特的日记 · 发表于 Post on 2015-12-27 14:47:19

sobereva 发表于 2015-12-27 13:32
我不用lammps，但是0.1fs也太小了，效率太低了。最好看看烷烃和二氧化硅的势能和动能分别是怎么变化的，并 ...

好的谢谢sob老师那我先改成1fs运行1ns看看

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Lammps] 二氧化硅包裹烷烃的核壳结构模拟温度和能量不守恒问题