如何优化出没有苯环的荧光分子的S1态？

暖空 · 发表于 Post on 2021-7-30 16:23:19

本帖最后由暖空于 2021-7-31 10:44 编辑

大家好！实验上合成了一系列亚胺分子，发现有些分子会发荧光，想从理论上看看其S1态的发光性质。

但是这些荧光分子比较特殊，所有的原子都是通过一些单键或者双键相连（如下图），而传统的荧光分子几乎都有苯环。在计算时，S0态很好优化，但是基于优化的S0态构型再去优化S1态时就优化不出来了，试了很多帮助优化收敛的方法（opt=calcfc,opt=calcall这些，还有调整初猜等），也没有解决问题。

我觉得这种分子骨架的S1态不好优化的原因有两个：

1.分子的柔性太大，S0和S1的稳定构型相差比较大；
2.分子的电子在激发时缺少受体（我的理解是有苯环时，或者是有受体时，电子很容易从给体跃迁到受体，对应的S1态也比较容易优化）
请教各位大佬，对于这种分子骨架的荧光分子，应该怎么优化其S1态呢？
谢谢大家~

biogon · 发表于 Post on 2021-7-30 17:09:43

你先描述清楚为什么优化不出来，报的什么错

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-30 17:22:45

结构画错了吧，怎么可能一个分子既有过氧键又有二硫键？是不是把羧基画成了过氧

Accelerator · 发表于 Post on 2021-7-30 18:18:37

确定是过氧键？如果是的话，首先要弄清楚究竟是化学发光还是荧光

yygong · 发表于 Post on 2021-7-30 19:37:08

Accelerator 发表于 2021-7-30 18:18
确定是过氧键？如果是的话，首先要弄清楚究竟是化学发光还是荧光

应该是羰基

暖空 · 发表于 Post on 2021-7-30 19:54:09

biogon 发表于 2021-7-30 17:09
你先描述清楚为什么优化不出来，报的什么错

您好！优化报错主要是 Error termination request processed by link 9999.

暖空 · 发表于 Post on 2021-7-30 20:07:09

wzkchem5 发表于 2021-7-30 17:22
结构画错了吧，怎么可能一个分子既有过氧键又有二硫键？是不是把羧基画成了过氧

这个是实验上给的结构示意图，我之前没留意，是按照羧基处理的，我再和实验核对一下，谢谢大佬提醒

暖空 · 发表于 Post on 2021-7-30 20:08:34

Accelerator 发表于 2021-7-30 18:18
确定是过氧键？如果是的话，首先要弄清楚究竟是化学发光还是荧光

不太确定哈，这是实验找我同学算的，我同学又找的我...我再仔细核对一下，谢谢啦！

暖空 · 发表于 Post on 2021-7-30 20:09:17

yygong 发表于 2021-7-30 19:37
应该是羰基

我是按照羧基画的初猜，我再和实验核对一下

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-30 20:14:08

暖空发表于 2021-7-30 12:54
您好！优化报错主要是 Error termination request processed by link 9999.

高斯的报错不能只看最后一行，基本上需要给出最后几十行乃至上百行的信息才能看出来为什么报错。
其他程序也是同理，不能因为最后一行提到Error就只给最后一行，光看最后一行出现Error字样的信息，很多时候无法唯一确定错误的原因

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-30 20:20:39

暖空发表于 2021-7-30 13:07
这个是实验上给的结构示意图，我之前没留意，是按照羧基处理的，我再和实验核对一下，谢谢大佬提醒:hands ...

实验上对这个结构有做充分的表征吗（核磁、质谱，最好有红外）？
有alpha氢的醛亚胺很容易发生羟醛缩合，不能稳定存在，你这个分子在分子内有两个醛亚胺，更容易缩合了。况且亚胺互变异构成烯胺以后，搞不好还会和二硫键发生反应。如果实验没有确切证据证明产生荧光的物种就是你画的这个结构（比如实验就是把胱氨酸和乙醛放在一起搅了搅，HPLC测了一下发现胱氨酸反应完了，然后把过量乙醛旋干就去测荧光了，也不管是不是真的只发生了形成亚胺的反应，还是有后续反应），那么建议和做这个实验的人反馈，拿到完整表征结果证明产物就是这个结构（最少也得有核磁氢谱），你再算。

暖空 · 发表于 Post on 2021-7-30 21:27:00

wzkchem5 发表于 2021-7-30 20:14
高斯的报错不能只看最后一行，基本上需要给出最后几十行乃至上百行的信息才能看出来为什么报错。
其他程 ...

嗯嗯，这个只给您贴了一行是因为上面和下面都没有关键性信息

暖空 · 发表于 Post on 2021-7-30 21:31:11

wzkchem5 发表于 2021-7-30 20:20
实验上对这个结构有做充分的表征吗（核磁、质谱，最好有红外）？
有alpha氢的醛亚胺很容易发生羟醛缩合 ...

很全面的分析和建议，我再咨询一下实验，感谢您的回复！
分子结构是画错了哈，是羧基。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-30 22:23:41

暖空发表于 2021-7-30 14:27
嗯嗯，这个只给您贴了一行是因为上面和下面都没有关键性信息

但是Error termination request processed by link 9999本身也没有关键信息，因为导致link 9999报错的错误实在是太多了。
我觉得是有的关键信息被你当成不关键的信息了，或者只是和这一行相邻的几行没有关键信息，真正的关键信息在特别靠前的地方。要么你就把最后一百行左右都贴上来（或者最好把整个输出文件上传成附件，反正分子结构你已经给了，输出文件也没必要保密），要么不管是谁都不可能告诉你报错原因，就算高斯客服也没法告诉你，因为信息不足。

暖空 · 发表于 Post on 2021-7-31 11:07:59

wzkchem5 发表于 2021-7-30 22:23
但是Error termination request processed by link 9999本身也没有关键信息，因为导致link 9999报错的错 ...

多谢指教~
文件太大了传不上去，我上传到了百度网盘里了，麻烦您下载帮我看一下哈，谢谢

链接：https://pan.baidu.com/s/1ZH5ghSZ6WLf1XjajhSOp2Q
提取码：1234

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 如何优化出没有苯环的荧光分子的S1态？

评分 Rate

评分 Rate