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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn资源与经验] 使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-18 09:28:30 | 只看该作者 Only view this author
中二晚期 发表于 2025-7-18 08:58
社长,使用ETS-NOCV研究多金属体系有意义吗?例如研究酶里面的4Fe4S簇与周围氨基酸残基的轨道相互作用。
...

1 得恰当设置初猜波函数,使DFT收敛到有意义的波函数。当然也有的过渡金属团簇体系可能目前没有泛函能给出合理结果
2 没有
3 看具体情况。往往需要恰当设置片段初猜,下文说了
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2025-8-2 19:00:04 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我认真仔细地阅读了您这篇文章,可以请教您一个问题嘛,就是例4的苯的过渡态如果我把它变成苯分子分解成三个片段的话,应该把每个片段当成4个自由基(两个碳的两端各有一个σ键断掉之后的单电子和两个碳各有一个pi电子)来处理嘛,片段设置五重态。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-2 21:15:53 | 只看该作者 Only view this author
pahongso 发表于 2025-8-2 19:00
Sob老师,我认真仔细地阅读了您这篇文章,可以请教您一个问题嘛,就是例4的苯的过渡态如果我把它变成苯分子 ...

当单重态。看一眼Multiwfn自带的这个例子的输入文件便知
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发表于 Post on 2025-8-3 11:45:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-2 21:15
当单重态。看一眼Multiwfn自带的这个例子的输入文件便知

Sob老师,非常感谢您的回复!您说的那个例子的输入文件是个过渡态,把它的片段当成乙烯单重态来看。如果我的整体分子不是苯的过渡态而就是苯分子的话,想要研究一下苯分子碳碳成键中pi键贡献有多大。根据“计算片段时应当让片段的电子结构与它在整体中尽量相似”原则,应当把片段设置成几重态好。真心请教您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-3 14:13:58 | 只看该作者 Only view this author
pahongso 发表于 2025-8-3 11:45
Sob老师,非常感谢您的回复!您说的那个例子的输入文件是个过渡态,把它的片段当成乙烯单重态来看。如果 ...

只能当单重态,要不然三个HCCH的总alpha、beta电子数和整个苯不对应。注意这样严重弯曲的HCCH结构有可能是自旋极化单重态,参考
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
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发表于 Post on 2025-8-3 17:32:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-3 14:13
只能当单重态,要不然三个HCCH的总alpha、beta电子数和整个苯不对应。注意这样严重弯曲的HCCH结构有可能 ...

好的,帮助非常大,谢谢您

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发表于 Post on 2025-11-10 22:57:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Dave666 于 2025-11-10 23:01 编辑

sob老师您好,在我所在的方向中,其他课题组为了分析某两原子成键是donor-acceptorelectron-share,会把这个键切开得到两个片段,然后比较在singlet+singlet和triplet+triplet两种情况下的ΔE_orb,他们认为这个能量越小,越代表这种情况是能更好地描述成键情况的。
比如如果singlet+singlet的ΔE_orb较小,那么则偏向认为是donor-acceptor;反之,如果triplet+triplet的较小,那么认为是electron-share
我搞不太懂为什么ΔE_orb越小越认为是合适的,希望老师能点拨下。
另外,在我所在的方向中,比较多使用的是ADF软件进行的EDA-NOCV分析。想问问这和老师您文中介绍的Multiwfn作的ETS-NOCV有什么区别吗?Multiwfn的ETS-NOCV是否也能用ΔE_orb和同样的原理来判断成键类型,会被审稿人接受吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-11 00:30:50 | 只看该作者 Only view this author
Dave666 发表于 2025-11-10 22:57
sob老师您好,在我所在的方向中,其他课题组为了分析某两原子成键是donor-acceptor或electron-share,会把 ...

1 哪种片段定义方式ΔE_orb越小,暗示哪种片段状态越接近整个体系中其实际状态、在形成实际成键方式时越不需要片段轨道相对于参考态发生变形

2 sobEDA结合ETS-NOCV分析 = EDA-NOCV
仔细看
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html

有什么审稿人不接受的理由?Multiwfn是用户最多的、最流行的波函数分析程序,知名度极高,到现在都被引用了超过37000次,海量用户都使用了Multiwfn做ETS-NOCV分析
ADF那个功能诞生的早所以现存文献里才见得多



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Dave666 + 1 谢谢
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发表于 Post on 2025-11-11 02:39:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Dave666 于 2025-11-11 03:33 编辑
sobereva 发表于 2025-11-11 00:30
1 哪种片段定义方式ΔE_orb越小,暗示哪种片段状态越接近整个体系中其实际状态、在形成实际成键方式时越 ...

谢谢sob老师。
那如果我对同一分子的两个片段,按两种情况(Singlet+Singlet或Triplet+Triplet),只进行ETS-NOCV分析后,比较两种情况下输出的Sum of pair energies的绝对值。
我是否可以在文章中通过两者的比较,说明绝对值更小的那种情况所对应的成键方式是更准确的?
另外,对于Sum of pair energies,在文章中我是否可以直接用ΔE_orb表示?(虽然您本文中有指出,Sum of pair energies是总轨道相互作用能的近似值

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-11 16:39:31 | 只看该作者 Only view this author
Dave666 发表于 2025-11-11 02:39
谢谢sob老师。
那如果我对同一分子的两个片段,按两种情况(Singlet+Singlet或Triplet+Triplet),只进行E ...

基本可以,但更建议直接用sobEDA给出的E_orb项说事

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发表于 Post on 2025-11-13 23:06:58 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,在文献中,我看到有些做EDA-NOCV分析的,会把NOCV pair分解成两个片段上的轨道来表示,并且标上HOMO,LUMO等。
比如这篇文章(Nat. Chem. 13, 89–93 (2021),doi:10.1038/s41557-020-00579-w)的图片
您的帖文中,我看到的功能是指出NOCV pair分解成壳层,另外还可以显示片段的准分子轨道。
请问ETS-NOCV是否有和图中类似的功能,能分辨某一NOCV pair是来源于哪个准分子轨道吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-15 05:05:25 | 只看该作者 Only view this author
Dave666 发表于 2025-11-13 23:06
老师您好,在文献中,我看到有些做EDA-NOCV分析的,会把NOCV pair分解成两个片段上的轨道来表示,并且标上H ...

“准分子轨道”语义不明
如果是指片段的分子轨道,我有空时倒是可以考虑加入NOCV orbital向片段轨道投影的功能。目前版本无法给出

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Dave666 + 1 谢谢sob老师,期待新功能

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发表于 Post on 2025-11-23 19:53:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-11 00:30
1 哪种片段定义方式ΔE_orb越小,暗示哪种片段状态越接近整个体系中其实际状态、在形成实际成键方式时越 ...

sob老师您好,请问我用ETS-NOCV得出的Sum of pair energies是sobEDA得出的E_orb的两倍以上,是否可以将其校正到E_orb来分析?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-24 02:39:35 | 只看该作者 Only view this author
f195 发表于 2025-11-23 19:53
sob老师您好,请问我用ETS-NOCV得出的Sum of pair energies是sobEDA得出的E_orb的两倍以上,是否可以将其 ...

可以
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发表于 Post on 2025-11-24 10:08:07 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师!

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