amber MD骨架RMSD求助

Freshfish · 发表于 Post on 2021-8-2 22:14:36

本帖最后由 Freshfish 于 2021-8-2 22:18 编辑

各位老师好，

根据amber教程A3 MM-PBSA计算中（中文版本AMBER高级教程A3：MM-PBSA|Jerkwin），单次运行时长为500ps，运行4次获得总时长2ns的运算（抱歉，图片说明应该是500ps，我错误标成了ns）。

我有以下疑问：
（1）运行时长可以直接叠加吗，如果我要获得10ns的运行时长，运行20次即可？
（2）我自己的MD计划运行100ns，于是我运行了2个50ns的，可是我用cpptraj计算骨架RMSD时的情况如下，在第一个50ns和第二个50ns中间有一个明显的落差，而教程中的骨架RMSD则没有明显的落差。请问是我理解有问题，还是我利用measure_equil_rmsd.ptraj脚本提取有问题呢（脚本内容与教程中几乎一致）？

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-8-3 00:43:50

Are you sure you selected the right coord file, it looks like for the second part of the simulation you take the initial coordinate intead of the previous coordinate

Freshfish · 发表于 Post on 2021-8-3 09:25:54

rpestana94 发表于 2021-8-3 00:43
Are you sure you selected the right coord file, it looks like for the second part of the simulation ...

噢，我突然明白了。我第二次运行的确是以初始的坐标参数运行的，万分感谢！
又有一个小问题，如果这样的话，分多次运行的优势是什么呢，直接设置总时长1次运行不就好了吗？

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-8-3 09:44:25

Freshfish 发表于 2021-8-2 20:25
噢，我突然明白了。我第二次运行的确是以初始的坐标参数运行的，万分感谢！
又有一个小问题，如果这样的 ...

You can do both and is fine, as far I know, but depending in what you want, you can use one or another, check this two links, are discussions about that:

https://www.researchgate.net/pos ... -multiple-short-MDs

https://www.researchgate.net/pos ... ltiple_run_dynamics

c00jsw00 · 发表于 Post on 2021-8-3 11:34:05

restart file 可以設定小一點...不過你的RMSD變動真的太大了..要檢查一下結構

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-8-3 11:41:41

Freshfish 发表于 2021-8-3 09:25
噢，我突然明白了。我第二次运行的确是以初始的坐标参数运行的，万分感谢！
又有一个小问题，如果这样的 ...

你这种情况多次运行没有什么特别的优势，并且会放大initial bias的影响

Freshfish · 发表于 Post on 2021-8-4 15:58:21

c00jsw00 发表于 2021-8-3 11:34
restart file 可以設定小一點...不過你的RMSD變動真的太大了..要檢查一下結構

你好，进一步请教一下， restart file设定小一点是什么意思？
RMSD变动大是因为这是一个蛋白-蛋白复合体，可能有一些构象变化，我将restrain_wt设定值提高了一些，RMSD变动小了很多。但是收敛时间依然是不太短。我尝试将restrain_wt设为500或者1000，结果会报错：“Coordinate resetting (SHAKE) cannot be accomplished, deviation is too large.”

Freshfish · 发表于 Post on 2021-8-4 16:00:23

fhh2626 发表于 2021-8-3 11:41
你这种情况多次运行没有什么特别的优势，并且会放大initial bias的影响

我根据rpestana94推荐的网站，发现部分情况分多次运行更有好处。根据您的建议，单次运行更好，请教一下，是因为MD的运行对象有区别或者是有其他判断标准吗？
十分感谢。

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-8-8 14:07:41

Freshfish 发表于 2021-8-4 16:00
我根据rpestana94推荐的网站，发现部分情况分多次运行更有好处。根据您的建议，单次运行更好，请教一下， ...

具有随机性的非平衡模拟才需要多次运行，平衡模拟单次、长时间运行更好

boinboinxu · 发表于 Post on 2023-12-28 15:42:54

Freshfish 发表于 2021-8-3 09:25
噢，我突然明白了。我第二次运行的确是以初始的坐标参数运行的，万分感谢！
又有一个小问题，如果这样的 ...

请问第二次运行怎么选择以第一次的初始坐标计算RMSD呀？

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