QM方法计算protein-ligand interaction

霜晨月 · 发表于 Post on 2023-5-28 09:04:30

k64_cc 发表于 2021-8-5 00:37
上CP2K做DFT也比半经验强啊。真要用半经验，也得在团簇模型下证明它和DFT比是定性正确的，早晚都要算DFT ...

CP2K做DFT比Gaussian等有什么优势吗？算得快？

k64_cc · 发表于 Post on 2023-5-29 09:24:15

霜晨月发表于 2023-5-28 09:04
CP2K做DFT比Gaussian等有什么优势吗？算得快？

对，（在使用了一些Gaussian没提供的加速方案后）算得快。

DLJS · 发表于 Post on 2023-6-27 23:06:17

sobereva 发表于 2023-5-23 01:56
BLYP D3 GCP(DFT/TZ) def2-TZVP def2-TZVP/J在如今来说已经过时了
单点不如用r2SCAN-3c

老师您好，关于老师帮我推荐的oniom方法我有两个问题不确定这样做对不对，想问问老师
1：用oniom方法可以和使用簇模型一样对挖出的团簇进行处理吗，比如删除除了alpha碳以外的蛋白质骨架原子，冻结骨架重原子。
2：我打算使用的优化关键词# opt freq oniom(b3lyp/6-31+g(d,p):pm6) em=gd3 scrf=(iefpcm,solvent=ch
lorobenzene)，该方法和基组可行吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-27 23:42:18

DLJS 发表于 2023-6-27 23:06
老师您好，关于老师帮我推荐的oniom方法我有两个问题不确定这样做对不对，想问问老师
1：用oniom方法可 ...

1 想怎么冻怎么冻，冻得有说的通的理由就行
2 用6-311G*比用6-31+G*优化更好还更便宜
oniom(b3lyp/6-311g(d) em=gd3bj:pm6d3)

DLJS · 发表于 Post on 2023-6-29 15:46:58

sobereva 发表于 2023-6-27 23:42
1 想怎么冻怎么冻，冻得有说的通的理由就行
2 用6-311G*比用6-31+G*优化更好还更便宜
oniom(b3lyp/6-31 ...

好的老师，非常感谢sob老师耐心解答。
还想问问老师在oniom(b3lyp/6-311g(d) em=gd3bj:pm6d3)下优化完成之后，计算结合能也是在该方法和基组来计算吗（文献中学的）？不明白oniom如何提高基组计算能量。
E=EAB-EA-EB，我的理解是EAB依然用oniom(b3lyp/6-311g(d) em=gd3bj:pm6d3)算单点，EA小分子配体用DFT计算单点，而EB 残基部分既有用DFT的也有pm6优化的，那么计算这部分能量依然是用oniom分别与优化时对应来计算能量，不知道我的理解是否正确，希望得到老师的帮助~

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-29 23:28:15

DLJS 发表于 2023-6-29 15:46
好的老师，非常感谢sob老师耐心解答。
还想问问老师在oniom(b3lyp/6-311g(d) em=gd3bj:pm6d3)下优化完成 ...

基于优化完的结构算单点时用更好的基组，诸如6-311+G(2d,p)

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[量化理论] QM方法计算protein-ligand interaction