求助关于Coulomb-(SR)的计算

wenshang956

请问有没有人测试过计算成键原子之间的Coul-SR? 按理说，当nrexcl=2时，间隔两个键距离内的原子之间不是应该没有非键作用吗，但是我尝试使用gmx energy计算了单个水分子中各原子之间的Coul-SR值，发现结果均不为零！（方法：首先将每个原子定义为不同的组，然后通过gmx energ计算不同组之间的能量，如：Coul-SR:OW-HW1）请问原因是什么？

wenshang956

已解决！使用PME方法计算静电作用时，cou-SR始终存在,只有使用cutoff时才能保证上述理论成立。另外，使用gmx energy单独计算分子内原子间静电作用,所得结果均不为零（有电荷时）！

云非侠

wenshang956 发表于 2021-8-5 21:00
已解决！使用PME方法计算静电作用时，cou-SR始终存在,只有使用cutoff时才能保证上述理论成立。另外，使用gm ...

您好，我正在做这个分子内各个原子的各项相互作用能的计算，我的做法是参考sobereva老师的思路：
1.将体系中的一个水分子的各个原子用索引文件分别定义为几个组
2.然后在mdp文件中添加字段energygrps = SOL_&_r_11450_&_O1 SOL_&_r_11450_&_H2   SOL_&_r_11450_&_H3。
3. gmx grompp -f name.mdp -p mix.top -c npt.gro -t npt.cpt -n name.ndx -o return.tpr
gmx mdrun -v -deffnm return  -rerun md.xtc
4.提取能量：gmx energy -f return.edr
我遇到的问题是：不管是PME或者cut-off，又或者设置energygrps = SOL_&_r_11450，算得的索引原子比如SOL_&_r_11450_&_O1与任何项的任何能量都为0.感到困惑，请问您遇到过这个问题吗，该如何做？

chemistry93

wenshang956 发表于 2021-8-5 21:00
已解决！使用PME方法计算静电作用时，cou-SR始终存在,只有使用cutoff时才能保证上述理论成立。另外，使用gm ...

您好，我现在也想手动计算cou-SR这一项，我目前是把原子对大于4个原子对的静电相互作用全部计算一遍，但是得到的值和GMX不太一样，想请问一下您是怎么计算的？