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[综合交流] de2-TZVPD基组计算弱相互作用是否需要考虑BSSE

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如题,我想用orca计算体系中两个片段之间的弱相互作用,使用def2-TZVPD基组是否需要考虑BSSE矫正能?

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发表于 Post on 2021-8-10 11:58:45 | 只看该作者 Only view this author
看你的研究目的,不是对精度吹毛求疵的情况下,如果用的是DFT,不做问题不大,误差应该在10%以内

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发表于 Post on 2021-8-10 13:03:19 | 只看该作者 Only view this author
算得动就考虑
在ORCA里还不如用def2-QZVP,本身def2-TZVPD就没标配的辅助基组,用autoaux生成还容易出现线性相关问题。利用RI靠DFT算一般体系的def2-QZVP耗时也不高,此时BSSE都基本可以忽略。
而且要搞清楚一点,def2带D后缀的是专门给极化率计算优化的,对于一般目的,包括算弱相互作用,绝不是什么上佳选择(虽然有很多人不明白这一点还拿这个基组当general基组来用)。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-10 14:17:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-10 13:03
算得动就考虑
在ORCA里还不如用def2-QZVP,本身def2-TZVPD就没标配的辅助基组,用autoaux生成还容易出现线 ...

谢谢sob老师。
主要是计算的体系比较大,基本上是两三百个左右的原子,如果用def2-QZVP是不是会耗时挺大?
def2带D后缀加弥散不太合适的话是不是可以用ma-def2加弥散呢?

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发表于 Post on 2021-8-10 14:48:37 | 只看该作者 Only view this author
VincenzoChen 发表于 2021-8-10 14:17
谢谢sob老师。
主要是计算的体系比较大,基本上是两三百个左右的原子,如果用def2-QZVP是不是会耗时挺大 ...

开RI用def2-QZVP算不动的,用def2-TZVPD也不会算得动。后者一方面带弥散函数,一方面弥散函数的积分屏蔽困难,一方面autoaux自动产生的辅助基组也大,而且收敛往往更费劲,需要更多圈数或者需要折腾(不收敛、线性相关问题报错等。对于大体系尤甚)导致又多花不少时间。

ma-def2可以,但依然是def2-QZVP算不动的用ma-def2-TZVP也绝对不会轻松。

两三百个原子可以考虑用def2-TZVP结合gCP。def2-QZVP很困难,具体看机子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-10 15:22:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-10 14:48
开RI用def2-QZVP算不动的,用def2-TZVPD也不会算得动。后者一方面带弥散函数,一方面弥散函数的积分屏蔽 ...

一开始确实有考虑def2-TZVP结合gCP,但是因为有些体系中可能会有带负电的氨基酸ASP,所以想着要加弥散函数

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发表于 Post on 2021-8-10 17:55:25 | 只看该作者 Only view this author
VincenzoChen 发表于 2021-8-10 08:22
一开始确实有考虑def2-TZVP结合gCP,但是因为有些体系中可能会有带负电的氨基酸ASP,所以想着要加弥散函 ...

def2-TZVP已经比较弥散了,对于def2-TZVP水平的计算,一般负离子不一定要加弥散,尤其像羧酸根这种负电荷不是太集中的基团,不加弥散应该没有问题
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-8-10 18:15:59 | 只看该作者 Only view this author
VincenzoChen 发表于 2021-8-10 15:22
一开始确实有考虑def2-TZVP结合gCP,但是因为有些体系中可能会有带负电的氨基酸ASP,所以想着要加弥散函 ...

没有更具体信息没法给出更准确的建议

如果带负电的氨基酸对研究的问题不起到重要影响,不带弥散也可以。但如果地位关键,至少给其羧基带上弥散
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-11 09:34:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-10 17:55
def2-TZVP已经比较弥散了,对于def2-TZVP水平的计算,一般负离子不一定要加弥散,尤其像羧酸根这种负电荷 ...

好的,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-11 09:35:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-10 18:15
没有更具体信息没法给出更准确的建议

如果带负电的氨基酸对研究的问题不起到重要影响,不带弥散也可以 ...

好的,谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-19 10:33:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-10 18:15
没有更具体信息没法给出更准确的建议

如果带负电的氨基酸对研究的问题不起到重要影响,不带弥散也可以 ...

老师,如果我单独给体系中的羧基加了弥散,还可以对整个体系用gCP去矫正BSSE吗?比如我用def2-TZVP基组,加GCP(DFT/TZ),然后用混合基组对体系中的羧基加了弥散,这样的gCP计算还合理吗

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发表于 Post on 2021-8-20 06:27:33 | 只看该作者 Only view this author
VincenzoChen 发表于 2021-8-19 10:33
老师,如果我单独给体系中的羧基加了弥散,还可以对整个体系用gCP去矫正BSSE吗?比如我用def2-TZVP基组, ...

不能
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发表于 Post on 2021-8-20 18:59:37 | 只看该作者 Only view this author
为啥会用出def2-TZVPD这种基组。。。到def2-TZVP加不加弥散就那样了

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发表于 Post on 2021-9-17 10:21:51 | 只看该作者 Only view this author

sob老师,就是说体系里面只要有有一个不是def2-TZVP的基组(比如用了ma-def2-TZVP),用GCP(DFT/TZ)就不行了??

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发表于 Post on 2021-9-17 11:20:59 | 只看该作者 Only view this author
renzhogn424 发表于 2021-9-17 10:21
sob老师,就是说体系里面只要有有一个不是def2-TZVP的基组(比如用了ma-def2-TZVP),用GCP(DFT/TZ)就 ...

原理上如此
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