Connfab构象搜索0个

xuhj199508 · 发表于 Post on 2021-8-12 16:20:40

zhouwenhao 发表于 2021-8-12 14:23
**Molecule 1
..title = Actos.pdb
..number of rotatable bonds = 7

我用Openbabel把你的结构转成3D后，再用Confab模块正常生成了包含7个构象的traj.xyz。
或许你可以试一下直接用Gaussview画出结构再进行构象搜索。

zhouwenhao · 发表于 Post on 2021-8-12 17:06:21

xuhj199508 发表于 2021-8-12 16:20
我用Openbabel把你的结构转成3D后，再用Confab模块正常生成了包含7个构象的traj.xyz。
或许你可以试一下 ...

Openbabel里的Confab?我用这个它得到的traj.xyz文件是空的。然后用系统命令模式可以搜到591个构象。

gzcnp_yp · 发表于 Post on 2021-8-12 17:45:11

刚才测试了一下OpenBabel-3.1.1-x64 window版本confab是可以用的，可能是原来的命令自己用错了，另外 sob老师在博文中提到“Confab无法产生环的不同构象，产生的构象中环的结构和输入的结构相同。如果环的构象很关键的话，应当用前述的分子动力学的方式产生给molclus用的traj.xyz。”，天然有机分子基本都是多环体系，这样的话就不能用confab直接搜构象了，那用分子动力学能保证搜全多环体系的多数低能构象吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-12 22:33:28

zhouwenhao 发表于 2021-8-12 14:23
**Molecule 1
..title = Actos.pdb
..number of rotatable bonds = 7

没有叫chemdra3D的程序。
和chem3D里是否做优化毫无直接联系
应当是安装问题。重装再试，并且最好换个目录

Mr.zhen · 发表于 Post on 2023-6-20 10:42:20

不知楼主的问题已经解决了没有，我也遇到了类似问题，我试了二十几种有机分子，大多数都能正常运算，只有两个显示Cannot set up forcefield for this molecule，但不知其原因，尝试将报错的分子的某个原子替换一下就又正常了

xuhj199508 · 发表于 Post on 2023-6-20 11:18:38

本帖最后由 xuhj199508 于 2023-6-20 15:50 编辑

Mr.zhen 发表于 2023-6-20 10:42
不知楼主的问题已经解决了没有，我也遇到了类似问题，我试了二十几种有机分子，大多数都能正常运算，只有两 ...

应该是confab使用的MMFF94力场没有包含你分子中的某些原子。

Mr.zhen · 发表于 Post on 2023-6-21 14:17:06

xuhj199508 发表于 2023-6-20 11:18
应该是confab使用的MMFF94力场没有包含你分子中的某些原子。

我尝试了有机物DMT（C5H12NO3PS2）与结构很像的OMT（C5H12NO4PS），其中OMT只是将DMT中的一个双键S替换为了双键O，就导致DMT无法计算，而OMT计算正常。所以原子种类似乎也不是原因所在

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