公社群聊Q&A整理：2015.10.14 21 ~ 2015.10.15 15

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-12-30 13:18:10

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2015.10.14 21:14:05
Q:
各位老师，我用sob老师的molclus软件对例题中4个水分子团簇的最低能量构型进行搜索时出现如下错误[图片]
settings中的设置如图所示[图片]
gsussian程序装在D盘：[图片]
gaussian软件中的路径如图[图片]
请问出现上述错误的原因是什么？谢谢
A:
在系统设置里添加GAUSS_EXEDIR环境变量，指向g09.exe所在的目录，比如d:\study\g09w
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2015.10.14 21:14:16
Q:
请教大家一个问题：高斯中的输出文件中频率是用Harmonic frequencies 。但是单位是波数单位。为什么呢？
照理来说，波数和频率是两个概念啊
A:
一码事，随意转换
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2015.10.14 21:15:47
Q:
老师，刚才大家讨论化合价和电荷的问题，那如果是计算固体团簇，例如Ti4O18,然后把裸露的氧原子用氢原子饱和，假设用了10个H，那这个团簇的电荷是否可以任意设置，如-2，0，+2……而不必按所谓的Ti是+4价，O是-2价，H+1价，体系总电荷是-10？
那一个团簇体系的总电荷是怎么确定啊？请各位指导
E神，我说的“任意”是相对的，意思是是否对于一个确定的团簇，体系总电荷在一定小范围内都是合理的？
A:
计算时体系总电荷是你自己设的，如果不知道怎么设，根据其它条件来确定
Q:
哦，老师，那看来体系的总电荷不是用各个元素的所谓化合价相加得出来的，是吧
A:
化合价相加，肯定是体系总电荷。但是，量化里没有化合价这个概念，只有原子电荷和总电荷。你给定了总电荷才能量化算出原子电荷，原子电荷加和等于总电荷
Q:
哦，老师那就是说对一个团簇体系的总电荷设置还是相对具有任意性的，例如，假设在没有任何条件可参考时，Ti4O18H10这个团簇，计算时设成电荷为0或者+/-2都行？
谢谢树老师的详细解答，那还是说在没有实验等参照的情况下，我们计算时对模型的总电荷的设置还是有些任意性的（或者说电荷设多少，只要不太离谱，理论上都是可行的），对吧
A:
是
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2015.10.14 21:19:55
Q:
sob老师，波数是叫wavenumbers (units cm-1).frequencies (units s-1)。我知道二者可以乘以光速转化。但是log文件中Harmonic frequencies 单位是 cm-1。那这不是矛盾的吗？
http://users.mccammon.ucsd.edu/~dzhang/energy-unit-conv-table.html
用这个表换算
A:
你自己转化就完了
这两个词是可以互用的
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2015.10.14 21:21:00
Q:
各位，如果把.movecs file转化成a Gaussian cube file，这样文件的cube file用gview可以直接打开吧？
A:
可
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2015.10.14 21:42:47
Q:
范德华力定义的弱相互作用中算排斥力，还是吸引力？是稳定因素，还是不稳定因素？@Sobereva
范德华力在定义的弱相互作用中算排斥力，还是吸引力？是稳定因素，还是不稳定因素？
A:
你看LJ势，E>0的区域是不稳定因素，<0是稳定因素。至于排斥力还是吸引力，你看LJ势的导数（受力）就知道什么范围是排斥什么范围是吸引。
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2015.10.14 21:56:36
Q:
老师 Gromacs在npt时候grompp 生成tpr出现错误提示该怎么办呢[图片] 谢谢老师
A:
Chan 这不是grompp是mdrun出的错啊
Q:
[图片]mdrun时候虽然进行但是出现这些错误的 [Emoticon]
A:
体系模型建得不合理，或者力场参数设定不合理，拓扑文件有问题等等
慢慢查吧
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2015.10.14 22:15:10
Q:
sob老师，我的系统设置是这样的[图片]
但还是出现[图片]错误，请您再帮我看看，非常感谢
A:
你得设环境变量，不是设那个文件
[图片]
[图片]
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2015.10.14 22:03:22
Q:
请问VMD里怎么看RDG等值面？
A:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
手册4.100.1节也有步骤说明
算完格点数据在VMD里运行一个脚本就完事了
Q:
好的，谢谢
把RDG.cub载入VMD了，但.....不知道怎么写脚本
A:
博文，还有Multiwfn程序examples目录下都提供了脚本
仔细follow即可
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2015.10.14 22:23:34
Q:
老师 Gromacs刚才那个问题我实在是解决不下去了 [表情]我发给您您能不能帮我看看
A:
木有时间
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2015.10.14 22:26:38
Q:
利用约化密度梯度考察AIM临界点的位置
所使用的VMD脚本，能否写成：
mol new RDG.cub
mol delrep 0 top
mol representation CPK 1.0 0.3 18.0 16.0
mol addrep top
mol representation Isosurface 0.50000 1 0 0 1 1
mol color Volume 0
mol addrep top
mol scaleminmax top 1 -0.04 0.02
color scale method BGR
A:
不是一码事。
作RDG填色图分析弱相互作用要用那个脚本，比较省事。
用RDG考察临界点位置用不着脚本，自行把RDG的cube拖进去，设成等值面显示方式，调调isovalue就完了。
Q:
读入cub以后，在representation选择Isosurface ？
会啊影响的是数值不是结论不是吗
A:
y
Q:
[图片]那。。。这是什么情况？
Isovalue=0.5
A:
右下角再改设置
Q:
[图片]Isovalue=0.07
[图片] [图片]
A:
慢慢，微微，细细地调节isovalue
range的上限也别弄那么大
Q:
哦哦，这是ISOvalue=0.5的
[图片]
[图片] 离屏幕最近的四个橙色的球代表铜，RDG等值面的Isovalue=0.1，这个就对应昨天的
[图片]
我的目的是确认Cu之间是否有BCP，因为有一个RCP
蓝色的是RDG等值面
A:
干脆发给我得了，要不然说不清楚
[图片]
不像有BCP，起码在这个屏面上没有对应BCP的RDG=0的点
Q:
嗯
但有RCP
是否合理？
A:
你用的什么基组？
Q:
6-31g**
加弥散会好点吗？
A:
弥散对电子密度的分析几乎无意义
我搜了，就是没有BCP。出现RCP是因为Cu和N之间有BCP才围出来的
Q:
但是那个RCP似乎在四个铜的平面上？
A:
差不多是
[图片]
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2015.10.14 22:51:38
Q:
sob老师，现在这种状态[图片]是在进行正常的计算吗？
A:
是
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2015.10.14 23:02:17
Q:
[图片]
用examples里面的benzene.wfn算的去掉H后的表面静电势的量与自己用高斯生成的benzene.wfn算得的结果有差异，这种差异是什么原因造成的？正常吗？
A:
计算级别不一样，版本不一样之类
差异可忽略不计
Q:
极值个数不一样也忽略？
A:
看看图上的分布就知道了。
如果两个挨得很近，本质上就一个，数值上的波动可能造成多判断出一个
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2015.10.14 23:15:55
Q:
还有个事纠结。算固体肯定平面波的程序更主流，但平面波的结果现在还不能用Sob老师的multiwfn分析，这样数据分析这块会逊色不少。今天一位老兄提到用平面波计算的结构再用高斯算单点，然后再用Multiwfn分析，Sob也说可以。但就怕审稿的时候遇上那些半懂不懂的审稿人不认啊
A:
不会不认
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2015.10.14 23:16:05
Q:
电子密度差值图如果要做成彩色的
wfn可以弄么
A:
可以，作图时选color-filled map就行了
或者填色地形图
[图片]
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2015.10.14 23:49:31
Q:
请教个异构体的问题，对于一对顺反对应异构体，他们的圆二色性，也就是ECD谱理论来讲是应该强度相同方向相反才对，但是我得到的竟是这样，[图片]求教
那是不是意味着我找的结构不对，但是我计算了他们的频率没有虚频，两个结构明显就是顺反异构，闹不明白
A:
两个结构是镜面对称关系么？
Q:
不是
只有称镜面对称才能是强度相同，方向相反对吧？
A:
恩
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2015.10.15 01:17:36
Q:
请教sob老师常见化合物的红外光谱的peak波数在哪里能找到?
A:
http://sdbs.db.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi
http://webbook.nist.gov/chemistry/
www.chemspider.com
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2015.10.15 12:22:01
Q:
[图片][图片]请教下各位高人，为什么O2分子中Alpha电子和Beta电子的轨道顺序不一致呢？
b3lyp/cc-pVDZ
十分感谢
A:
正常的事，开壳层计算，alpha和beta电子感受到的势就不一致，轨道顺序也自然可以不同。要想非得匹配上你就用非限制性开壳层
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2015.10.15 12:22:01
Q:
lammps和GROMACS那个软件上手快点
有个用lammps的但是不想问
A:
首先看你算什么体系，各有所长，这两个面向的领域是互补的。
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2015.10.15 12:22:01
Q:
请问sob老师您还有mopac2012的license吗？
A:
1591535a16518252
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2015.10.15 12:22:01
Q:
老师，麻烦帮我检查一下我的输入文件有问题吗[图片]提醒我114错误[图片]
A:
[图片]
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2015.10.15 12:22:01
Q:
30个原子，用CCSD(T)/6-311++G**高斯在16核服务器上能算的动吗？有人知道吗？
优化可行不？
呵呵，那就是基本不可行吧？
谢谢
嗯！
M06-2X-D3，有这样的方法吗？
请教各位
哦！结果都一样吧
A:
有。对一些体系M06-2X加了D3还是有不小改进的。但是优化可以不加，单点建议加。
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2015.10.15 12:22:01
Q:
请教各位老师，我在计算几个分子体系的偶极矩时，首先用M062X方法进行了opt，然后将得到的结构用B3LYP/def2-TZVPD这种方法计算偶极矩。那么我需要在原来opt计算的基础上用B3LYP/def2-TZVPD进行opt得到偶极矩，还是直接在原来opt的基础上算单点得到偶极矩？
A:
先用比如M062X/TZVP优化，然后在最后的结构下用M062X/def2-TZVPD算个单点得到偶极矩就行了。
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2015.10.15 12:22:01
Q:
请问大神，计算M=1的中性团簇的M=1的第一激发态时，垂直激发能的命令输入为 b3lyp/tzvp td(nstate=N, singlet)，其中N取值多少合适？体系是AuC3H。谢谢
A:
5就够了
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2015.10.15 12:22:01
Q:
请问sob老师，能否采用G4MP2+SMD模型来直接计算物质液相中的焓值～？
目的是想算BDE，谢谢老师～[Emoticon]
A:
你得用G4MP2计算气相的焓，然后再用SMD把溶解自由能考虑进去（假定溶解自由能和这个过程的焓变大体一致）。
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2015.10.15 12:22:01
Q:
[图片]
用oniom(b3lyp:pm6)计算的结果，用oniom(b3lyp:uff)重新优化，出现l202的错误，怎么回事？
加了色散校正~
A:
检查最后一帧的结构，原子距离太近
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2015.10.15 12:22:01
Q:
[图片]轨道后面的A B是代表什么呢？
A:
alpha、beta
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2015.10.15 12:58:37
Q:
sob老师，我们实验室只有高斯03的版权，现在要算一个小体系的热力学参数，是不是只能用b3lyp方法了，还有没有级别更好的推荐？ @Sobereva
A:
热力学校正量用B3LYP/6-31G*就够了，单点能你用好点的
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2015.10.15 13:00:39
Q:
sob老师，为什么要做“溶解自由能和这个过程的焓变大体一致“的假定？
A:
溶剂模型只能给你溶解自由能，没法给出溶剂过程的焓变
Q:
加入溶剂模型，计算热力学参数的话，只能得到溶解自由能是么？感谢sob老师，因为我在算BDEs,需要计算下溶剂中的键焓。。
恩，好的，谢谢sob老师，[Emoticon]溶剂水下，键解离焓这样计算合适么，有没有更好的方法？ sob老师[Emoticon]
恩，好的，谢谢sob老师，[表情]溶剂水下，键解离焓这样计算合适么，有没有更好的方法？ sob老师[表情]
A:
按我说的算就完了，没有更好方法
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2015.10.15 13:08:08
Q:
老师，激发态输出的分子轨道是可以看到A或者B对称性的吗？电偶极钜和磁偶极钜的夹角如何看到呢？激发态的对称性怎么看呢？
A:
分子轨道不可约表示做基态计算就已经输出了。
各个激发态电子态的不可约表示程序也直接告诉你
电偶极矩矢量做基态计算时已经告诉你了
没法求和磁偶极矩的夹角
如果是跃迁电、磁偶极矩，做激发态计算的时候都输出了
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2015.10.15 13:24:01
Q:
跃迁磁偶极矩与发光的关系是什么呢？这个一直不理解。如果是电偶极矩，那应该是其越强则振子强度也越大吧。
IOP(5/13=1)不要加了
A:
振子强度与跃迁电偶极矩的平方成正比
跃迁磁偶极矩跟发光没直接关系。ECD计算需要转子强度，算转子强度要用到跃迁磁偶极矩。
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2015.10.15 13:32:22
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
甭用TPSS就完了，又没什么特殊的好处
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2015.10.15 13:32:38
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
以后再看见5/13=1就发这图
[图片]
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2015.10.15 14:13:59
Q:
插话问一句就走，谢谢！
Gaussian 09: ES64L-G09RevD.01
#p oniom(pm3:amber=hardfirst) nosymm geom=connectivity iop(2/15=3) test opt=(quadmac)
输出坐标，Input orientation:
Gaussian 09: AM64L-G09RevA.02
#p oniom(pm3:amber=hardfirst) nosymm geom=connectivity iop(2/15=3) test opt=(quadmac,maxstep=10)
输出坐标，Z-Matrix orientation:
输出坐标不同是版本的问题吗？还是maxstep的问题?
A:
版本原因
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2015.10.15 14:40:38
Q:
请问计算cpu峰值频率为什么“不考虑Turbo boost动态升频”，就是说选cpu时候是看初始频率？
A:
你可以考虑TB频率，但应当考虑的是所有内核全都满载时能达到的TB频率，一般标的都只是单核满载是的TB频率。
Q:
谢谢sob sennsei 不过这个全部满载的TB频率是不是一般不标注，我查中关村报价参数里面没有。
A:
满载的TB频率也能查到，但没那么好查
Q:
恩，我再查查看谢谢sob sennsei
试了下没权限[Emoticon]
试了下没权限[表情]
A:
这里可以查到http://www.cpu-world.com/index.html，比如
[图片]
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2015.10.15 15:27:22
Q:
老师van der Waals and hydrogen-bonding都作为attractive interactions 那么他们有什么异同么
A:
理解不对
interactive forces 不是指的什么具体东西，只是描述某种作用是起到吸引作用。是表象层面的描述。
色散作用是本质层面的，它产生的实际效果是吸引力。
范德华作用既可以是互斥，也可以是吸引，取决于原子之间距离。产生互斥作用时，说明交换互斥比色散吸引效果大，产生吸引作用时，色散吸引比交换互斥效果大。
----------------------------------------------------
2015.10.15 15:29:10
Q:
请问这颜色是怎么的，这是7横跨膜螺旋，我用VMD画
[图片]
A:
对每跨膜螺旋区域设定一个representation，用比如resid 25 to 40这种方式选定一部分残基，然后coloring method设colorID并选自己指定的颜色。
----------------------------------------------------
2015.10.15 15:30:33
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
哦，好的，谢谢[Emoticon][Emoticon]
哦，好的，谢谢[表情][表情]
[图片]
是那样吗??!
"键焓的定义是两个的能量的平均值，而不是实验的结果" 是吗
[图片][图片][图片] 。。。感觉我俩简单粗暴的没错[图片]
[图片] 大神，我想引用你的这段话，有没有原文啊？[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
[图片] 大神，我想引用你的这段话，有没有原文啊？[表情][表情][表情]
A:
没有正好对应的什么文章。
所以说啊，paper这种形式很死板很麻烦，随便发表点绝对正确的观点都很不自由
键能、键焓这种东西，用的时候自己说清楚当前怎么定义的就完了，别死抠书本的概念，何况还是中文书、还只是一本而已。
对每个体系，每个键，都可以说键能、键焓。
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2015.10.15 12:22:01
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
氢键是以静电为主，色散为辅。范德华作用的吸引部分完全就是色散（排斥部分是交换互斥）。
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2015.10.15 12:22:01
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
单点算得动。具体还看你体系类型，如果30个都是重原子，和30个原子的有机分子那计算量也差得老远。另外，给CCSD(T)用这种档次基组会被批评耻笑，还不如双杂化泛函用个cc-pVTZ级别的。
优化没希望，而且这种级别下优化也意义，白糟蹋时间。
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2015.10.15 15:48:26
Q:
Vienna ab initio simulation package 是单独一个程序？
A:
[图片]
山坡的图马上派上用场了
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2015.10.15 15:50:24
Q:
大神，VMD软件背景在哪儿设置颜色？[表情][表情][表情][表情]
A:
[图片]
graphics-color-display-background
----------------------------------------------------
2015.10.15 15:40:39
Q:
氢键的静电相互作用力应该是比分子之间的van der waals forces强对吧？@Sobereva
A:
多数情况如此
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2015.10.15 15:41:38
Q:
D01也没有直接带NBO6吧
A:
NBO6有独立版，用老版本高斯产生.47文件，用6.0算就完了的
Q:
直接说不依赖Gaussian用NBO6算的呢
Gaussian D.01只不过能和另外买来的NBO6对接
A:
好多方法
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
看你分析什么
必须NBO程序做的，诸如NRT、E2之类只能用NBO程序
Q:
[Emoticon]E2用处很大么，感觉不是特别靠谱
A:
是不靠谱
但很多人跟风乱用乱解释
用multiwfn算键级不完了
Multiwfn和高斯自己就能算一大堆原子电荷
Multiwfn比NBO有用的多得多
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2015.10.15 15:47:32
Q:
Vienna ab initio simulation package 这个包在Gaussian09里有么
A:
[图片]张冠李戴
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2015.10.15 15:34:15
Q:
London dispersion forces, named after the German-American physicist Fritz London, are weak intermolecular forces that arise from the interactive forces between instantaneous multipoles in molecules without permanent multipole moments. These forces dominate the interaction of non-polar molecules, and are often more significant than Keesom and Debye forces in polar molecules. London dispersion forces are also known as dispersion forces, London forces, or instantaneous dipole–induced dipole forces. The strength of London dispersion forces is proportional to the polarizability of the molecule, which in turn depends on the total number of electrons and the area over which they are spread. Any connection between the strength of London dispersion forces and mass is coincidental London dispersion force 来源于interactive forces ，interactive forces 又包括交换吸引和交换互斥？
A:
否啊
Q:
London dispersion forces是吸引力，交换互斥是排斥力，二者都是van der waals forces 的一部分，只是当London主导时van der waals forces 表现出吸引力而交换互斥主导时表现出斥力
London dispersion forces (LDF, also known as dispersion forces, London forces, instantaneous dipole–induced dipole forces, or loosely van der Waals forces) are a type of force acting between atoms and molecules.[1] They are part of the van der Waals forces. The LDF is named after the German-American physicist Fritz London.
A:
就是我刚才说的啊
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2015.10.15 15:34:15
Q:
各位，问下你们，我计算手性分子的ECD光谱，构象搜索后用6-31g(d)进行构象优化和频率计算，依据吉布斯自由能确定各个优势构象的Blotzmann分布。审稿人说你用6-31g(d)基组计算的Blotzmann分布不准确？一定要加色散。时候一定要用6-31+g(d)基组计算Blotzmann分布？
是否一定要用6-31+g(d)基组计算Blotzmann分布？
A:
否啊
加不加弥散对于热力学校正量的影响是微乎其微的。何况你都已经在6-31G*下优化了，加个弥散你又得重新优化
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2015.10.15 15:39:12
Q:
请问，有Gaussian-09 Rev. C1的版权，发文章用Gaussian-09 Rev. D1的版权可以么
A:
最好别明着写
Q:
必须不行么
A:
如果是C01没法算的，索性就别写revision版本
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2015.10.14 21 ~ 2015.10.15 15

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