求助：NAMD格式martini3水模型参数和top文件求取

tjuptz · 发表于 Post on 2021-9-23 21:36:59

fhh2626 发表于 2021-8-17 11:17
我也注意到了，SIRAH的力场形式和CHARMM/Amber一样，兼容性强，而且可以描述蛋白质的构象变化，比较看好 ...

fu老师，我看SIRAH for gmx力场包的ISSUES里最后一条写道
# Using sirah.ff on NAMD
It is not possible to run the SIRAH package build for GROMACS on NAMD.
NAMD only accepts combination rule 1 in GMX topologies, while SIRAH uses 2
SIRAH for amber的力场则没有此问题是吧

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-9-24 10:46:07

tjuptz 发表于 2021-9-23 21:36
fu老师，我看SIRAH for gmx力场包的ISSUES里最后一条写道
# Using sirah.ff on NAMD
It is not possi ...

是的，NAMD不支持Gromacs格式，只支持Amber格式

tjuptz · 发表于 Post on 2021-9-24 11:34:15

fhh2626 发表于 2021-9-24 10:46
是的，NAMD不支持Gromacs格式，只支持Amber格式

了解了，谢谢

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-10-24 02:40:03

本帖最后由喵星大佬于 2021-10-24 02:42 编辑

fhh2626 发表于 2021-8-17 11:17
我也注意到了，SIRAH的力场形式和CHARMM/Amber一样，兼容性强，而且可以描述蛋白质的构象变化，比较看好 ...

这主要还是因为这个力场的粗粒程度远不如Martini，就说蛋白/肽的粗粒来说，平均2个非氢原子变一个珠子，而Martini力场最常用的R珠子是4变1，可以说是介于Martini和Gromos之间的粗粒化力场，精度和对各种过程的描述能力也介于之间是很容易理解的。肽的骨架结构来看基本可以说就是一种把极性氢也给联合了的联合原子力场

tjuptz · 发表于 Post on 2021-10-24 22:03:43

喵星大佬发表于 2021-10-24 02:40
这主要还是因为这个力场的粗粒程度远不如Martini，就说蛋白/肽的粗粒来说，平均2个非氢原子变一个珠子， ...

这个力场主要还是针对生物体系的，以实验数据为标准拟合参数，不像martini可以广泛参数化各种体系

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-10-24 22:29:10

tjuptz 发表于 2021-10-24 22:03
这个力场主要还是针对生物体系的，以实验数据为标准拟合参数，不像martini可以广泛参数化各种体系

不知道靠这玩意描述DNA Origami之类的体系能不能做的动，反正全原子力场一般的计算条件是不现实的

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-10-25 09:39:06

喵星大佬发表于 2021-10-24 02:40
这主要还是因为这个力场的粗粒程度远不如Martini，就说蛋白/肽的粗粒来说，平均2个非氢原子变一个珠子， ...

能用20fs步长的就是好猫

tjuptz · 发表于 Post on 2021-11-28 17:45:07

本帖最后由 tjuptz 于 2021-12-16 11:48 编辑

k64_cc 发表于 2021-8-14 20:58
Martini现在已经不要求PME off了，Martini 3那篇文章就是全开PME算的。

这玩意最大的兼容性问题其实是 ...

看了下namd也支持改dielectric？

DwyaneWan · 发表于 Post on 2024-4-12 01:47:57

fhh2626 发表于 2021-8-19 09:32
跑平衡模拟用NAMD3.0，跑自由能计算用NAMD2.15，你用19年的主程序肯定不会多快

Fu老师，跑自由能用namd2.15，不用3.0是什么原因呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-4-12 09:34:30

DwyaneWan 发表于 2024-4-12 01:47
Fu老师，跑自由能用namd2.15，不用3.0是什么原因呢？

现在要用3.0b6了

2021年NAMD3.0，尤其是主要的GPU-resident mode还不支持Colvars

DwyaneWan · 发表于 Post on 2024-4-13 01:59:11

fhh2626 发表于 2024-4-12 09:34
现在要用3.0b6了

2021年NAMD3.0，尤其是主要的GPU-resident mode还不支持Colvars

的确，我一用colvars,不知道为啥5万原子体系，一天只有40ns

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-4-13 14:55:57

DwyaneWan 发表于 2024-4-13 01:59
的确，我一用colvars,不知道为啥5万原子体系，一天只有40ns

用最新版本，在config文件中加上CUDASOAIntegrate on，然后提交作业是选择用1个CPU核心（+p1）

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