计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 5444|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:solvate填充水分子,为什么出现四角填不满的现象?

[复制链接 Copy URL]

3

帖子

0

威望

45

eV
积分
48

Level 2 能力者

在VMD显示如下:

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120205

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-8-15 19:59:28 | 只看该作者 Only view this author
把具体的命令贴出来,涉及的文件也上传便于别人重复
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

3

帖子

0

威望

45

eV
积分
48

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-15 20:57:08 | 只看该作者 Only view this author
好的,老师。首先用packmol <cel_solvents.inp构建50*50*50大分子体系,然后通过gmx solvate -cp mix.pdb -o mix.gro向盒子中填充水分子,通过VMD查看就出现这种空缺情况。相关文件如下:
cel_solvents.inp:
tolerance 2.0
filetype pdb
output mix.pdb
add_box_sides

structure cel.pdb
  number 4
  inside box 0 0 0 50 50 50
end structure

cel.pdb:
CRYST1    0.000    0.000    0.000  90.00  90.00  90.00 P 1           1
ATOM      1  HO1 ROH     1      13.150  33.572  48.184  0.00  0.00     M30   H
ATOM      2  O1  ROH     1      12.306  33.225  48.379  0.00  0.00     M30   O
ATOM      3  C1  4GB     2      11.707  32.935  47.159  1.00  0.00     M30   C
ATOM      4  H1  4GB     2      10.761  32.746  47.331  1.00  0.00     M30   H
ATOM      5  O5  4GB     2      12.382  31.786  46.655  1.00  0.00     M30   O
ATOM      6  C5  4GB     2      11.800  31.298  45.431  1.00  0.00     M30   C
ATOM      7  H5  4GB     2      10.850  31.109  45.579  1.00  0.00     M30   H
ATOM      8  C6  4GB     2      12.516  29.994  45.122  1.00  0.00     M30   C
ATOM      9  H62 4GB     2      12.531  29.438  45.916  1.00  0.00     M30   H
ATOM     10  H61 4GB     2      13.431  30.182  44.864  1.00  0.00     M30   H
ATOM     11  O6  4GB     2      11.855  29.309  44.073  1.00  0.00     M30   O
ATOM     12  H6O 4GB     2      12.424  28.581  43.752  1.00  0.00     M30   H
ATOM     13  C4  4GB     2      11.937  32.349  44.375  1.00  0.00     M30   C
ATOM     14  H4  4GB     2      12.895  32.450  44.193  1.00  0.00     M30   H
ATOM     15  C3  4GB     2      11.416  33.709  44.792  1.00  0.00     M30   C
ATOM     16  H3  4GB     2      10.434  33.671  44.800  1.00  0.00     M30   H
ATOM     17  O3  4GB     2      11.822  34.720  43.846  1.00  0.00     M30   O
ATOM     18  H3O 4GB     2      11.262  34.549  43.059  1.00  0.00     M30   H
ATOM     19  C2  4GB     2      11.886  34.092  46.174  1.00  0.00     M30   C
ATOM     20  H2  4GB     2      12.826  34.367  46.143  1.00  0.00     M30   H
ATOM     21  O2  4GB     2      11.088  35.152  46.707  1.00  0.00     M30   O
ATOM     22  H2O 4GB     2      11.273  35.196  47.665  1.00  0.00     M30   H
ATOM     23  O4  4GB     2      11.319  31.892  43.156  1.00  0.00     M30   O
ATOM     24  C1  4GB     3      12.002  32.251  41.969  1.00  0.00     M30   C
ATOM     25  H1  4GB     3      12.948  32.440  42.141  1.00  0.00     M30   H
ATOM     26  O5  4GB     3      11.327  33.400  41.465  1.00  0.00     M30   O
ATOM     27  C5  4GB     3      11.909  33.889  40.241  1.00  0.00     M30   C
ATOM     28  H5  4GB     3      12.858  34.077  40.389  1.00  0.00     M30   H
ATOM     29  C6  4GB     3      11.192  35.192  39.932  1.00  0.00     M30   C
ATOM     30  H62 4GB     3      11.178  35.748  40.726  1.00  0.00     M30   H
ATOM     31  H61 4GB     3      10.278  35.004  39.674  1.00  0.00     M30   H
ATOM     32  O6  4GB     3      11.854  35.877  38.883  1.00  0.00     M30   O
ATOM     33  H6O 4GB     3      11.285  36.605  38.562  1.00  0.00     M30   H
ATOM     34  C4  4GB     3      11.772  32.838  39.185  1.00  0.00     M30   C
ATOM     35  H4  4GB     3      10.814  32.737  39.003  1.00  0.00     M30   H
ATOM     36  C3  4GB     3      12.293  31.477  39.602  1.00  0.00     M30   C
ATOM     37  H3  4GB     3      13.275  31.515  39.610  1.00  0.00     M30   H
ATOM     38  O3  4GB     3      11.887  30.466  38.656  1.00  0.00     M30   O
ATOM     39  H3O 4GB     3      12.447  30.638  37.869  1.00  0.00     M30   H
ATOM     40  C2  4GB     3      11.823  31.094  40.984  1.00  0.00     M30   C
ATOM     41  H2  4GB     3      10.883  30.819  40.953  1.00  0.00     M30   H
ATOM     42  O2  4GB     3      12.621  30.035  41.517  1.00  0.00     M30   O
ATOM     43  H2O 4GB     3      12.436  29.991  42.475  1.00  0.00     M30   H
ATOM     44  O4  4GB     3      12.390  33.294  37.966  1.00  0.00     M30   O
ATOM     45  C1  4GB     4      11.707  32.935  36.779  1.00  0.00     M30   C
ATOM     46  H1  4GB     4      10.761  32.746  36.951  1.00  0.00     M30   H
ATOM     47  O5  4GB     4      12.382  31.786  36.275  1.00  0.00     M30   O
ATOM     48  C5  4GB     4      11.800  31.298  35.051  1.00  0.00     M30   C
ATOM     49  H5  4GB     4      10.850  31.109  35.199  1.00  0.00     M30   H
ATOM     50  C6  4GB     4      12.516  29.994  34.742  1.00  0.00     M30   C
ATOM     51  H62 4GB     4      12.531  29.438  35.536  1.00  0.00     M30   H
ATOM     52  H61 4GB     4      13.431  30.182  34.484  1.00  0.00     M30   H
ATOM     53  O6  4GB     4      11.855  29.309  33.693  1.00  0.00     M30   O
ATOM     54  H6O 4GB     4      12.424  28.581  33.372  1.00  0.00     M30   H
ATOM     55  C4  4GB     4      11.937  32.349  33.994  1.00  0.00     M30   C
ATOM     56  H4  4GB     4      12.895  32.450  33.813  1.00  0.00     M30   H
ATOM     57  C3  4GB     4      11.416  33.709  34.412  1.00  0.00     M30   C
ATOM     58  H3  4GB     4      10.434  33.671  34.420  1.00  0.00     M30   H
ATOM     59  O3  4GB     4      11.822  34.720  33.466  1.00  0.00     M30   O
ATOM     60  H3O 4GB     4      11.262  34.549  32.679  1.00  0.00     M30   H
ATOM     61  C2  4GB     4      11.886  34.092  35.794  1.00  0.00     M30   C
ATOM     62  H2  4GB     4      12.826  34.367  35.763  1.00  0.00     M30   H
ATOM     63  O2  4GB     4      11.088  35.152  36.327  1.00  0.00     M30   O
ATOM     64  H2O 4GB     4      11.273  35.196  37.285  1.00  0.00     M30   H
ATOM     65  O4  4GB     4      11.319  31.892  32.776  1.00  0.00     M30   O
ATOM     66  C1  4GB     5      12.002  32.251  31.589  1.00  0.00     M30   C
ATOM     67  H1  4GB     5      12.948  32.440  31.761  1.00  0.00     M30   H
ATOM     68  O5  4GB     5      11.327  33.400  31.085  1.00  0.00     M30   O
ATOM     69  C5  4GB     5      11.909  33.889  29.861  1.00  0.00     M30   C
ATOM     70  H5  4GB     5      12.858  34.077  30.009  1.00  0.00     M30   H
ATOM     71  C6  4GB     5      11.192  35.192  29.552  1.00  0.00     M30   C
ATOM     72  H62 4GB     5      11.178  35.748  30.346  1.00  0.00     M30   H
ATOM     73  H61 4GB     5      10.278  35.004  29.294  1.00  0.00     M30   H
ATOM     74  O6  4GB     5      11.854  35.877  28.503  1.00  0.00     M30   O
ATOM     75  H6O 4GB     5      11.285  36.605  28.182  1.00  0.00     M30   H
ATOM     76  C4  4GB     5      11.772  32.838  28.805  1.00  0.00     M30   C
ATOM     77  H4  4GB     5      10.814  32.737  28.623  1.00  0.00     M30   H
ATOM     78  C3  4GB     5      12.293  31.477  29.222  1.00  0.00     M30   C
ATOM     79  H3  4GB     5      13.275  31.515  29.230  1.00  0.00     M30   H
ATOM     80  O3  4GB     5      11.887  30.466  28.276  1.00  0.00     M30   O
ATOM     81  H3O 4GB     5      12.447  30.638  27.489  1.00  0.00     M30   H
ATOM     82  C2  4GB     5      11.823  31.094  30.604  1.00  0.00     M30   C
ATOM     83  H2  4GB     5      10.883  30.819  30.573  1.00  0.00     M30   H
ATOM     84  O2  4GB     5      12.621  30.035  31.137  1.00  0.00     M30   O
ATOM     85  H2O 4GB     5      12.436  29.991  32.095  1.00  0.00     M30   H
ATOM     86  O4  4GB     5      12.390  33.294  27.586  1.00  0.00     M30   O
ATOM     87  C1  4GB     6      11.707  32.935  26.399  1.00  0.00     M30   C
ATOM     88  H1  4GB     6      10.761  32.746  26.571  1.00  0.00     M30   H
ATOM     89  O5  4GB     6      12.382  31.786  25.895  1.00  0.00     M30   O
ATOM     90  C5  4GB     6      11.800  31.298  24.671  1.00  0.00     M30   C
ATOM     91  H5  4GB     6      10.850  31.109  24.819  1.00  0.00     M30   H
ATOM     92  C6  4GB     6      12.516  29.994  24.362  1.00  0.00     M30   C
ATOM     93  H62 4GB     6      12.531  29.438  25.156  1.00  0.00     M30   H
ATOM     94  H61 4GB     6      13.431  30.182  24.104  1.00  0.00     M30   H
ATOM     95  O6  4GB     6      11.855  29.309  23.313  1.00  0.00     M30   O
ATOM     96  H6O 4GB     6      12.424  28.581  22.992  1.00  0.00     M30   H
ATOM     97  C4  4GB     6      11.937  32.349  23.615  1.00  0.00     M30   C
ATOM     98  H4  4GB     6      12.895  32.450  23.433  1.00  0.00     M30   H
ATOM     99  C3  4GB     6      11.416  33.709  24.032  1.00  0.00     M30   C
ATOM    100  H3  4GB     6      10.434  33.671  24.040  1.00  0.00     M30   H
ATOM    101  O3  4GB     6      11.822  34.720  23.086  1.00  0.00     M30   O
ATOM    102  H3O 4GB     6      11.262  34.549  22.299  1.00  0.00     M30   H
ATOM    103  C2  4GB     6      11.886  34.092  25.414  1.00  0.00     M30   C
ATOM    104  H2  4GB     6      12.826  34.367  25.383  1.00  0.00     M30   H
ATOM    105  O2  4GB     6      11.088  35.152  25.947  1.00  0.00     M30   O
ATOM    106  H2O 4GB     6      11.273  35.196  26.905  1.00  0.00     M30   H
ATOM    107  O4  4GB     6      11.319  31.892  22.396  1.00  0.00     M30   O
ATOM    108  C1  4GB     7      12.002  32.251  21.209  1.00  0.00     M30   C
ATOM    109  H1  4GB     7      12.948  32.440  21.381  1.00  0.00     M30   H
ATOM    110  O5  4GB     7      11.327  33.400  20.705  1.00  0.00     M30   O
ATOM    111  C5  4GB     7      11.909  33.889  19.481  1.00  0.00     M30   C
ATOM    112  H5  4GB     7      12.858  34.077  19.629  1.00  0.00     M30   H
ATOM    113  C6  4GB     7      11.192  35.192  19.172  1.00  0.00     M30   C
ATOM    114  H62 4GB     7      11.178  35.748  19.966  1.00  0.00     M30   H
ATOM    115  H61 4GB     7      10.278  35.004  18.914  1.00  0.00     M30   H
ATOM    116  O6  4GB     7      11.854  35.877  18.123  1.00  0.00     M30   O
ATOM    117  H6O 4GB     7      11.285  36.605  17.802  1.00  0.00     M30   H
ATOM    118  C4  4GB     7      11.772  32.838  18.424  1.00  0.00     M30   C
ATOM    119  H4  4GB     7      10.814  32.737  18.243  1.00  0.00     M30   H
ATOM    120  C3  4GB     7      12.293  31.477  18.842  1.00  0.00     M30   C
ATOM    121  H3  4GB     7      13.275  31.515  18.850  1.00  0.00     M30   H
ATOM    122  O3  4GB     7      11.887  30.466  17.896  1.00  0.00     M30   O
ATOM    123  H3O 4GB     7      12.447  30.638  17.109  1.00  0.00     M30   H
ATOM    124  C2  4GB     7      11.823  31.094  20.224  1.00  0.00     M30   C
ATOM    125  H2  4GB     7      10.883  30.819  20.193  1.00  0.00     M30   H
ATOM    126  O2  4GB     7      12.621  30.035  20.757  1.00  0.00     M30   O
ATOM    127  H2O 4GB     7      12.436  29.991  21.715  1.00  0.00     M30   H
ATOM    128  O4  4GB     7      12.390  33.294  17.206  1.00  0.00     M30   O
ATOM    129  C1  4GB     8      11.707  32.935  16.019  1.00  0.00     M30   C
ATOM    130  H1  4GB     8      10.761  32.746  16.191  1.00  0.00     M30   H
ATOM    131  O5  4GB     8      12.382  31.786  15.515  1.00  0.00     M30   O
ATOM    132  C5  4GB     8      11.800  31.298  14.291  1.00  0.00     M30   C
ATOM    133  H5  4GB     8      10.850  31.109  14.439  1.00  0.00     M30   H
ATOM    134  C6  4GB     8      12.516  29.994  13.982  1.00  0.00     M30   C
ATOM    135  H62 4GB     8      12.531  29.438  14.776  1.00  0.00     M30   H
ATOM    136  H61 4GB     8      13.431  30.182  13.724  1.00  0.00     M30   H
ATOM    137  O6  4GB     8      11.855  29.309  12.933  1.00  0.00     M30   O
ATOM    138  H6O 4GB     8      12.424  28.581  12.612  1.00  0.00     M30   H
ATOM    139  C4  4GB     8      11.937  32.349  13.234  1.00  0.00     M30   C
ATOM    140  H4  4GB     8      12.895  32.450  13.053  1.00  0.00     M30   H
ATOM    141  C3  4GB     8      11.416  33.709  13.652  1.00  0.00     M30   C
ATOM    142  H3  4GB     8      10.434  33.671  13.660  1.00  0.00     M30   H
ATOM    143  O3  4GB     8      11.822  34.720  12.706  1.00  0.00     M30   O
ATOM    144  H3O 4GB     8      11.262  34.549  11.919  1.00  0.00     M30   H
ATOM    145  C2  4GB     8      11.886  34.092  15.034  1.00  0.00     M30   C
ATOM    146  H2  4GB     8      12.826  34.367  15.003  1.00  0.00     M30   H
ATOM    147  O2  4GB     8      11.088  35.152  15.567  1.00  0.00     M30   O
ATOM    148  H2O 4GB     8      11.273  35.196  16.525  1.00  0.00     M30   H
ATOM    149  O4  4GB     8      11.319  31.892  12.016  1.00  0.00     M30   O
ATOM    150  C1  4GB     9      12.002  32.251  10.829  1.00  0.00     M30   C
ATOM    151  H1  4GB     9      12.948  32.440  11.001  1.00  0.00     M30   H
ATOM    152  O5  4GB     9      11.327  33.400  10.325  1.00  0.00     M30   O
ATOM    153  C5  4GB     9      11.909  33.889   9.101  1.00  0.00     M30   C
ATOM    154  H5  4GB     9      12.858  34.077   9.249  1.00  0.00     M30   H
ATOM    155  C6  4GB     9      11.192  35.192   8.792  1.00  0.00     M30   C
ATOM    156  H62 4GB     9      11.178  35.748   9.586  1.00  0.00     M30   H
ATOM    157  H61 4GB     9      10.278  35.004   8.534  1.00  0.00     M30   H
ATOM    158  O6  4GB     9      11.854  35.877   7.743  1.00  0.00     M30   O
ATOM    159  H6O 4GB     9      11.285  36.605   7.422  1.00  0.00     M30   H
ATOM    160  C4  4GB     9      11.772  32.838   8.045  1.00  0.00     M30   C
ATOM    161  H4  4GB     9      10.814  32.737   7.863  1.00  0.00     M30   H
ATOM    162  C3  4GB     9      12.293  31.477   8.462  1.00  0.00     M30   C
ATOM    163  H3  4GB     9      13.275  31.515   8.470  1.00  0.00     M30   H
ATOM    164  O3  4GB     9      11.887  30.466   7.516  1.00  0.00     M30   O
ATOM    165  H3O 4GB     9      12.447  30.638   6.729  1.00  0.00     M30   H
ATOM    166  C2  4GB     9      11.823  31.094   9.844  1.00  0.00     M30   C
ATOM    167  H2  4GB     9      10.883  30.819   9.813  1.00  0.00     M30   H
ATOM    168  O2  4GB     9      12.621  30.035  10.377  1.00  0.00     M30   O
ATOM    169  H2O 4GB     9      12.436  29.991  11.335  1.00  0.00     M30   H
ATOM    170  O4  4GB     9      12.390  33.294   6.826  1.00  0.00     M30   O
ATOM    171  C1  4GB    10      11.707  32.935   5.639  1.00  0.00     M30   C
ATOM    172  H1  4GB    10      10.761  32.746   5.811  1.00  0.00     M30   H
ATOM    173  O5  4GB    10      12.382  31.786   5.135  1.00  0.00     M30   O
ATOM    174  C5  4GB    10      11.800  31.298   3.911  1.00  0.00     M30   C
ATOM    175  H5  4GB    10      10.850  31.109   4.059  1.00  0.00     M30   H
ATOM    176  C6  4GB    10      12.516  29.994   3.602  1.00  0.00     M30   C
ATOM    177  H62 4GB    10      12.531  29.438   4.396  1.00  0.00     M30   H
ATOM    178  H61 4GB    10      13.431  30.182   3.344  1.00  0.00     M30   H
ATOM    179  O6  4GB    10      11.855  29.309   2.553  1.00  0.00     M30   O
ATOM    180  H6O 4GB    10      12.424  28.581   2.232  1.00  0.00     M30   H
ATOM    181  C4  4GB    10      11.937  32.349   2.855  1.00  0.00     M30   C
ATOM    182  H4  4GB    10      12.895  32.450   2.673  1.00  0.00     M30   H
ATOM    183  C3  4GB    10      11.416  33.709   3.272  1.00  0.00     M30   C
ATOM    184  H3  4GB    10      10.434  33.671   3.280  1.00  0.00     M30   H
ATOM    185  O3  4GB    10      11.822  34.720   2.326  1.00  0.00     M30   O
ATOM    186  H3O 4GB    10      11.262  34.549   1.539  1.00  0.00     M30   H
ATOM    187  C2  4GB    10      11.886  34.092   4.654  1.00  0.00     M30   C
ATOM    188  H2  4GB    10      12.826  34.367   4.623  1.00  0.00     M30   H
ATOM    189  O2  4GB    10      11.088  35.152   5.187  1.00  0.00     M30   O
ATOM    190  H2O 4GB    10      11.273  35.196   6.145  1.00  0.00     M30   H
ATOM    191  O4  4GB    10      11.319  31.892   1.636  1.00  0.00     M30   O
ATOM    192  C1  0GB    11      12.002  32.251   0.449  1.00  0.00     M30   C
ATOM    193  H1  0GB    11      12.948  32.440   0.621  1.00  0.00     M30   H
ATOM    194  O5  0GB    11      11.327  33.400  -0.055  1.00  0.00     M30   O
ATOM    195  C5  0GB    11      11.909  33.889  -1.279  1.00  0.00     M30   C
ATOM    196  H5  0GB    11      12.858  34.077  -1.131  1.00  0.00     M30   H
ATOM    197  C6  0GB    11      11.192  35.192  -1.588  1.00  0.00     M30   C
ATOM    198  H62 0GB    11      11.178  35.748  -0.794  1.00  0.00     M30   H
ATOM    199  H61 0GB    11      10.278  35.004  -1.846  1.00  0.00     M30   H
ATOM    200  O6  0GB    11      11.854  35.877  -2.637  1.00  0.00     M30   O
ATOM    201  H6O 0GB    11      11.285  36.605  -2.958  1.00  0.00     M30   H
ATOM    202  C4  0GB    11      11.772  32.838  -2.336  1.00  0.00     M30   C
ATOM    203  H4  0GB    11      10.814  32.737  -2.517  1.00  0.00     M30   H
ATOM    204  O4  0GB    11      12.390  33.294  -3.554  1.00  0.00     M30   O
ATOM    205  H4O 0GB    11      12.374  32.563  -4.223  0.00  0.00     M30   H
ATOM    206  C3  0GB    11      12.293  31.477  -1.918  1.00  0.00     M30   C
ATOM    207  H3  0GB    11      13.275  31.515  -1.910  1.00  0.00     M30   H
ATOM    208  O3  0GB    11      11.887  30.466  -2.864  1.00  0.00     M30   O
ATOM    209  H3O 0GB    11      12.447  30.638  -3.651  1.00  0.00     M30   H
ATOM    210  C2  0GB    11      11.823  31.094  -0.536  1.00  0.00     M30   C
ATOM    211  H2  0GB    11      10.883  30.819  -0.567  1.00  0.00     M30   H
ATOM    212  O2  0GB    11      12.621  30.035  -0.003  1.00  0.00     M30   O
ATOM    213  H2O 0GB    11      12.436  29.991   0.955  1.00  0.00     M30   H
END

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 07:31 , Processed in 0.180265 second(s), 29 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list