离子配合物迁移速率求助

sun666

比较离子配合物Ni(NH3)n(H2O)6-n 2+  (n=0-6）在水中的迁移速率。利用GROMACS的计算MSD，npt下模拟了5ns。去4-5ns轨迹进行MSD分析，但是得到的图不是单调增加的，结果如下图。
我对NH3中的N原子与Ni之间利用[intermolecular_interactions]增加了限制：
[intermolecular_interactions]
[bonds]
;ai     aj     10   low   up1   up(nm)   kdr
1      2        10    0.21400   0.21400   0.21400   100
1      6        10    0.21400   0.21400   0.21400   100
1      10      10    0.21400   0.21400   0.21400   100
1      14      10    0.21400   0.21400   0.21400   100


求助老师出现这种情况该如何解决呢，或者没有又其他软件或者方法计算Ni(NH3)n(H2O)6-n 2+  (n=0-6）的迁移速率

sobereva

先看看轨迹，到底配合物结构维持好没有，并且也看看其运动行为
定量数据奇怪的情况必须图形化观察

sun666

sobereva 发表于 2021-8-18 22:13
先看看轨迹，到底配合物结构维持好没有，并且也看看其运动行为
定量数据奇怪的情况必须图形化观察

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sobereva

大致看了一眼没明显问题

基于当前最后的状态，跑个长时间轨迹，比如10ns，对整个轨迹绘制MSD看看情况。如果中间区段相对平直就用中间的。靠后部分统计误差大不用在意也不用纳入拟合

sun666

sobereva 发表于 2021-8-20 06:44
大致看了一眼没明显问题

基于当前最后的状态，跑个长时间轨迹，比如10ns，对整个轨迹绘制MSD看看情况。 ...

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