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[GROMACS] When I calculate viscosity, I got a error Atomtype c3 not found

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本帖最后由 srwjp001 于 2021-8-21 11:59 编辑

this is a enthanol  water system


The error is

Atomtype c3 not found

The commend is

gmx grompp -f vis.mdp -c ../eq.gro -t ../eq.cpt -p ../mix.top -o vis.tpr

the .itf which is the upload one includes ethanol  Atomtyp.

could you give a hand to deal with my case?


ffnonbonded.itp

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mix.top

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发表于 Post on 2021-8-21 14:07:52 | 只看该作者 Only view this author
确保你改的是amber99sb-ildn.ff下面的ffnonbonded.itp、里面有c3的定义

全都拼错了,以后发帖时候认真些
enthanol  
commend
.itf
Atomtyp

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eV +3 收起 理由
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snljty + 3 还有标题a error,看得懂中文倒是说一声啊..

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-22 08:43:39 | 只看该作者 Only view this author
thank you for your comment, Sob Sir

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发表于 Post on 2023-8-12 21:01:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-21 14:07
确保你改的是amber99sb-ildn.ff下面的ffnonbonded.itp、里面有c3的定义

全都拼错了,以后发帖时候认真些 ...

gromacs-2022.5/share/top/amber99sb-ildn.ff/里面好像没C3定义,请问是gromacs-2022.5版本原因吗?

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发表于 Post on 2023-8-12 23:31:01 | 只看该作者 Only view this author
jim 发表于 2023-8-12 21:01
gromacs-2022.5/share/top/amber99sb-ildn.ff/里面好像没C3定义,请问是gromacs-2022.5版本原因吗?

AMBER力场本来就没有C3原子类型
GAFF里才有c3,而且是小写的
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