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楼主 Author: tiaotiao
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[综合交流] 请问老师们,计算不同温度下分子间氢键键能,能否使用Gaussian,基于BCP来计算呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-4 01:10:35 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-3 21:58
频率计算的理论级别必须和优化的理论级别一致。如果频率计算的理论级别比优化更高,反而会适得其反。
所 ...

好的,感谢老师您的帮助,学到了蛮多知识,收获非常的大

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发表于 Post on 2021-11-4 17:35:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 一条君 于 2021-11-4 17:40 编辑
wzkchem5 发表于 2021-9-1 00:01
BCP不行。注意决定“多少温度下氢键能够断开”的不是氢键在不同温度下的能量,而是氢键在不同温度下的自由 ...

请问老师,Gaussian不能体现不同温度下结构的变化,也就是不能体现不同温度电子能量/单点能的变化,那得到的不同温度的 吉布斯自由能变 去对比反应趋势是不是有问题呢,谢谢
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发表于 Post on 2021-11-4 18:19:21 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2021-11-4 10:35
请问老师,Gaussian不能体现不同温度下结构的变化,也就是不能体现不同温度电子能量/单点能的变化,那得 ...

不同温度的自由能的差别,主要体现在G=H-TS的那个T上面,其次体现在S随T的变化、以及H=E+ZPE+((U(T)-U(0))+pV里面U(T)和pV随T的变化,E、ZPE随T的变化只占G随T的变化的极少部分。所以忽略温度对结构的影响虽然是一个近似,但是是一个非常准确的近似。
此外,温度对结构之所以产生影响,是因为势能面是非谐性的,对于谐振势能面,温度对结构没有影响。而非谐性效应已经在频率校正因子里考虑了。所以但凡你计算用了频率校正因子,你其实就相当于近似考虑了温度对结构的影响对能量的贡献,尽管你的结构其实没有变

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-11-4 21:45:25 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-4 18:19
不同温度的自由能的差别,主要体现在G=H-TS的那个T上面,其次体现在S随T的变化、以及H=E+ZPE+((U(T)-U(0) ...

请问老师,随温度升高,键能升高,自由能变 减小,断键趋势增强,这样的结果矛盾吗?
(体系是链状二聚体,键能采用各组opt后的焓变,计算结果为温度25度,键能3.1eV,∆G=2.6eV;120度时键能3.9eV,∆G=2.4eV,常识是不是应该温度升高,键能减小呢,不知道哪里错了,谢谢~~)
科音学员

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发表于 Post on 2021-11-4 22:16:53 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2021-11-4 14:45
请问老师,随温度升高,键能升高,自由能变 减小,断键趋势增强,这样的结果矛盾吗?
(体系是链状二聚 ...

单位错了吧,是kcal/mol吧
做实验的人讲“键能”,常常是有歧义的,有时指的是键解离能,有时指的是键解离焓,有时指的是键解离自由能。仅当键能指的是键解离自由能的时候,温度升高、键能减小才成立。当键能指的是键解离能或键解离焓的时候,这个规律不成立,而且往往是相反的,温度升高键能增大。考虑A-B这根键的断裂,断裂的过程中有6个振动自由度转化成了3个平动自由度、3个转动自由度,而平动能级、转动能级的分布比振动能级要密得多,一个分子在室温下很容易发生平动激发、转动激发,而不易发生振动激发。所以振动自由度对能量的贡献随温度升高仅有极少的增加,而平动、转动自由度对能量的贡献随温度升高增加很多,因此导致A + B的能量随温度升高增加得比A-B的能量更快,也就是键能增加。
至于键解离自由能为什么随温度升高而减小,因为在G=H-TS里,TS随温度升高而增加的速度比H要快,所以G的趋势和E、H是相反的

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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