GROMACS做非周期性模拟的问题

qmlearner · 发表于 Post on 2021-9-2 21:51:17

我有一个6万多原子的体系，想做一个非周期性的模拟，md_vac.mdp参数如下：

define=

integrator= md

dt =0.001 ;

nsteps =20000000 ;

comm_mode= angular

nstcomm= 100

comm-grps= system

;

nstxout= 0

nstvout= 0

nstfout= 0

nstlog =10000

nstenergy= 10000

nstxout-compressed=10000

;

cutoff-scheme=group

nstlist= 0

pbc = no

rlist =0

coulombtype= cut-off

rcoulomb= 0

vdwtype= cut-off

rvdw =0

;

Tcoupl =v-rescale

tau_t =0.6

tc_grps= system

ref_t =300

；

constraints= hbonds

constraint_algorithm= LINCS

通过gmx grompp 生成vac.tpr时出现了下面的错误：

The largest charge group contains 20306 atoms. The maximum is 32.

在http://bbs.keinsci.com/thread-20625-1-1.html这个帖子中，社长说“自行修改拓扑信息，让每个原子的电荷组序号与其在[atoms]里的原子序号一致”就可以解决这个问题。

想请教一下大家在哪里看“每个原子的电荷组序号”呢？非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-3 01:35:02

[atoms]下面通常有个分号开头的注释行，cgnr（charge group number）下面的就是电荷组序号

牧生 · 发表于 Post on 2021-9-3 08:53:25

非周期性，好像不支持gpu加速，如果能跑起来，能否告知一下当前使用的cpu，这个体系每天能跑多少ns

qmlearner · 发表于 Post on 2021-9-3 13:20:06

sobereva 发表于 2021-9-3 01:35
[atoms]下面通常有个分号开头的注释行，cgnr（charge group number）下面的就是电荷组序号

谢谢卢老师！

现在出现了下面这个问题：
Domain decomposition does not work with nstlist=0
我查了下，也有人遇到同样的问题，您的回答是“对于有限长度的不用pbc的真空下模拟的情况，nstlist=0是合适的"，我的体系就是这种情况。请问一下卢老师这应该怎么处理呢，把nstlist设置成整数，比如nstlist=1是否可以呢？谢谢！

qmlearner · 发表于 Post on 2021-9-3 13:20:31

牧生发表于 2021-9-3 08:53
非周期性，好像不支持gpu加速，如果能跑起来，能否告知一下当前使用的cpu，这个体系每天能跑多少ns

好的

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-3 13:24:16

qmlearner 发表于 2021-9-3 13:20
谢谢卢老师！

现在出现了下面这个问题：

-ntmpi 1不用thread-MPI并行，就不会做域分解了。

注意也不是什么时候都适合nstlist=0。原子数不很多的时候，可以让每一步都计算所有原子间非键相互作用，这时候更新邻居列表就没意义了，所以才nstlist=0。如果是很大体系非周期性计算，这样会很耗时，还是应当设非键作用计算距离的截断，这个时候nstlist=0显然就不适合了，邻居列表必须随着模拟进行不断更新。

qmlearner · 发表于 Post on 2021-9-3 13:35:05

sobereva 发表于 2021-9-3 13:24
-ntmpi 1不用thread-MPI并行，就不会做域分解了。

注意也不是什么时候都适合nstlist=0。原子数不很多 ...

我的体系有6万多个原子，应该不属于小体系了，那我还是设置一下nstlist。老师对于这种非周期性大体系这个值有没有建议的范围呢？谢谢：））

qmlearner · 发表于 Post on 2021-9-3 16:04:31

牧生发表于 2021-9-3 08:53
非周期性，好像不支持gpu加速，如果能跑起来，能否告知一下当前使用的cpu，这个体系每天能跑多少ns

您好，我用28核跑，64000多个原子，大概1小时40分钟跑1ns。
用到的参数是nstlist=5, rlist=1, rvdw=1, rcoulomb = 1，其他参数没有动。

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-4 02:21:04

qmlearner 发表于 2021-9-3 13:35
我的体系有6万多个原子，应该不属于小体系了，那我还是设置一下nstlist。老师对于这种非周期性大体系这个 ...

非键作用计算截断距离越大，nstlist就可以越大。能算得动就把rcoulomb尽量设大点减小静电作用计算误差，多大可接受但也看体系特征

qmlearner · 发表于 Post on 2021-9-4 09:19:20

sobereva 发表于 2021-9-4 02:21
非键作用计算截断距离越大，nstlist就可以越大。能算得动就把rcoulomb尽量设大点减小静电作用计算误差， ...

谢谢卢老师指导!

一条君 · 发表于 Post on 2022-6-3 21:56:54

请问非周期为什么要用comm_mode= angular呢，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-17 19:29:50

一条君发表于 2022-6-3 21:56
请问非周期为什么要用comm_mode= angular呢，谢谢

一般不是必须要用，但消除转动可以令可视化更方便，虽然之后在VMD里做align也能起到同样的效果

chemistry93 · 发表于 Post on 2022-11-16 10:47:47

cutoff-scheme=group GROMACS最新的版本不适用了，改成Verlet则一直提示错误
"With Verlet lists only full pbc or pbc=xy with walls is supported"
这个应该怎么解决呀？

qmlearner · 发表于 Post on 2022-11-18 09:39:41

chemistry93 发表于 2022-11-16 10:47
cutoff-scheme=group GROMACS最新的版本不适用了，改成Verlet则一直提示错误
"With Verlet lists only ful ...

换成能用cutoff-scheme=group的版本

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