MS建模少量原子为啥出现在盒子外

ydeyun · 发表于 Post on 2021-9-3 10:00:58

大家好，我用MS的Amorphous Cell模块构建了原子随机均匀分布的初始结构模型，发现少量原子出现在了盒子外，如下所示，为啥原子会出现在盒子外呢？原子不应该都在盒子内部才正确吗？如果原子少量出现在盒子外，运用周期性的边界条件计算时会对结果的正确性产生影响吗？出现这种情况该怎么解决？

NK-MOF · 发表于 Post on 2021-9-3 10:19:58

鼠标右键 —> Display Style —> Lattice —> Style：选择In-Cell

ydeyun · 发表于 Post on 2021-9-3 12:29:06

NK-MOF 发表于 2021-9-3 10:19
鼠标右键 —> Display Style —> Lattice —> Style：选择In-Cell

谢谢帮助！还请问如果用少量原子在盒子外的初始模型来跑从头算分子动力学的话，得到的结果是不是有问题呢？大家一般是用Original还是用In-Cell?

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-3 12:53:35

ydeyun 发表于 2021-9-3 12:29
谢谢帮助！还请问如果用少量原子在盒子外的初始模型来跑从头算分子动力学的话，得到的结果是不是有问题呢 ...

只影响显示，不影响计算

nusiew · 发表于 Post on 2021-9-3 16:01:54

本帖最后由 nusiew 于 2021-9-3 16:11 编辑

如果建立的初始结构模型中有原子在盒子外，运用周期性的边界条件后，是不是模拟的结果中还是会有原子在盒子外边？

玉米猫 · 发表于 Post on 2021-9-4 10:30:37

对结果应该没有影响，只是显示的问题

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[建模与可视化] MS建模少量原子为啥出现在盒子外