求助：影响结晶过程的溶液性质计算

小李马句 · 发表于 Post on 2021-9-5 18:17:06

使用GROMACS模拟水溶液降温固化过程（参考实际实验过程），考察结晶能力时需计算其包含黏度、扩散系数等在内的溶液性质，模拟流程为：25℃、1 bar恒温恒压200 ps，再从25℃降至-200℃（4 ps），保温3 ns。
请问各位老师，计算溶液性质时，应选取哪一时间段呢？若上述模拟过程皆不可取，应如何设置模拟流程来计算溶液性质呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-6 16:42:05

如果你是想考察温度对这些性质的影响，应当每隔一定温度，比如10 K，就在相应温度下跑一段足够长时间的模拟（可以先几百ps平衡，再对之后几ns的模拟情况进行统计）

小李马句 · 发表于 Post on 2021-9-6 22:05:41

sobereva 发表于 2021-9-6 16:42
如果你是想考察温度对这些性质的影响，应当每隔一定温度，比如10 K，就在相应温度下跑一段足够长时间的模拟 ...

谢谢老师！
模拟过程降温设置是根据实际情况来的，不考察温度影响。我想计算的是溶液性质（参考GROMACS培训纯水性质计算），用于计算溶液的结晶能力。这里我不知应该统计常温条件下的溶液性质还是降温过程中（冰点以上）的溶液性质，请老师指教。

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-8 05:38:48

黏度、扩散系数这都是对于特定条件下平衡状态的液体而言的，没法对降温过程来说

小李马句 · 发表于 Post on 2021-9-11 10:32:07

sobereva 发表于 2021-9-8 05:38
黏度、扩散系数这都是对于特定条件下平衡状态的液体而言的，没法对降温过程来说

明白了，谢谢老师~

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