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[GROMACS] 求助弯曲过程模拟运行md报错

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老师您好,我有两个问题:1、(非弯曲过程模拟)第一个产物模拟过程,在通过em、nvt、npt平衡之后,我在md.mdp文件设置了define =  -DPOSRES,使用了posre.itp文件,运行结束之后,能量和体积的变化趋势我做了图,一直在上下波动,麻烦老师看一下这是什么原因造成的?

2、(弯曲过程模拟)第一个产物模拟过程,在通过em、nvt、npt平衡之后,我建立了一个索引文件(索引文件已上传),我运行gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -r npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o md.tpr -maxwarn 2生成md.tpr文件,运行 gmx mdrun -v -deffnm md,然后报错(详细错误我以图片形式上传了)
麻烦老师可以帮我看一下,谢谢老师。


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NPT-Denesity.png

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NPT-TotalEnergy.png

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MD-TotalEnergy.png

MD-Volume.png (39.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

MD-Volume.png

报错截屏.png (29.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

报错截屏.png

md.mdp

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弯曲过程的mdp文件

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2#
发表于 Post on 2021-9-6 17:21:37 | 只看该作者 Only view this author
起码发个体系截图,别人都不知道你模拟的是什么
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