VMD中选择“numbonds”的使用请教

芝士栗子小甜饼 · 发表于 Post on 2021-9-6 17:02:40

我使用VASP程序得到了一段轨迹，我的体系中存在二十八个水分子和两个水合氢离子还有简化的Nafion链模型。我想对于vasp得到的轨迹中存在的氢原子的hopping跳跃传递进行研究，我尝试使用VMD中的numbonds关键词来分辨体系中的水氧原子和水合氢离子中的氧原子。即：”name O and numbonds = 3“选择的氧是水合氢离子中的氧原子。但当我写脚本尝试输出这些氧原子编号时，我发现这样选择出来的氧原子index在每一帧中都是一样的，请问是哪里出了错误吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-6 17:33:15

必须动态更新成键关系，参考
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

芝士栗子小甜饼 · 发表于 Post on 2021-9-6 19:12:30

sobereva 发表于 2021-9-6 17:33
必须动态更新成键关系，参考
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（ht ...

sob老师提到的是这一部分吗？在此之前我已经修改了我的vmd.rc文件，并在命令行输入了bt这个命令。但是结果还是一样的。我是应该把这一部分稍作修改并且加入我的脚本里吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-6 20:17:53

芝士栗子小甜饼发表于 2021-9-6 19:12
sob老师提到的是这一部分吗？在此之前我已经修改了我的vmd.rc文件，并在命令行输入了bt这个命令。但是结 ...

当然得把更新成键关系的语句体现在你的脚本里才行
bt仅对于你在vmd main窗口里改变当前所在的帧才自动更新

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