amber/gaussian小体系串行计算太慢该如何提速

二次元phy宅鸮

大家好，最近在用amber/gaussian模拟Cation-π效应，体系较小，只有一个苯环和两个离子，盒子是30nm的立方，输入文件如下：

300K constant temp QMMMMD                                                                 
&cntrl
  imin=0, ioutfm = 0, ntb=1,
  cut=8.0, ntc=2, ntf=2,
  tempi=300.0, temp0=300.0,
  ntt=3, gamma_ln=1.0,
  nstlim=5000, dt=0.002,
  ntpr=1, ntwx=100,ifqnt=1
/
&qmmm
  qmmask=':BEZ',
  qmcharge=0,
  qm_theory='EXTERN',
  qmcut=8.0,
  qm_ewald=0
/
&gau
  method='RHF',
  basis='6-31G**',
  num_threads=8
/


版本是amber16+g09
因为体系太小，之前用sander.MPI时报错残基数小于进程数，所以我就用串行来跑，但实在太慢了
后来加了个多线程，用8个核，可是耗时还是差不多，16h才跑了0.01ns，要达到1ns的目标不太现实
我的想法是应该有加速的方法，但是暂时在论坛、手册和Google上没找到，因此来向大家求助
又或者是参数、基矢选择不当导致太过耗时？
因为刚接触动力学模拟，所以很多东西也还在慢慢摸索，欢迎大家指点！提前感谢。

sobereva

说清楚有多少原子
原子数不太多的情况直接用ORCA跑DFT的AIMD就完了
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

用QM/MM MD多此一举精度还打折扣

你当前用HF/6-31G*完全不能接受

二次元phy宅鸮

@sobereva 感谢sob老师回复！
我是打算在盐溶液中跑QM/MM模拟的，对苯分子用QM，算上水分子大概一百多个分子吧。但是之前用PM3跑的时候效果不明显，认为是精度不够，所以先去掉水分子只跑苯环和离子的小体系，看看怎样的参数比较合适。因为最后还是要放回水盒子里跑，所以还是以QM/MM为主，没考虑AIMD。没说清楚背景实在不好意思。
HF/6-31G**是我在论文里看到的计算静态键能的方法，但如您所说可能不太适合动力学模拟，请问在参数方面还有更好的选择吗？因为我是刚开始接触量化方面的模拟，基矢的选择还比较缺乏经验。其他方面的建议也可，感谢！

sobereva

二次元phy宅鸮 发表于 2021-9-10 09:32
@sobereva 感谢sob老师回复！
我是打算在盐溶液中跑QM/MM模拟的，对苯分子用QM，算上水分子大概一百多个分 ...

PM3早就过时了，精度太烂，没有任何理由再去用
直接说清楚QM区域有多少原子、具体什么构成，否则没法推荐。通常最起码也应该用B3LYP-D3(BJ)/6-31G*
别随便效仿论文，已发表的论文有2/3以上计算级别用的都不理想（哪怕对于当时发表的年代来说），还有大量文章的计算级别早已过时，现在还用绝对要被审稿人批。目前没有任何理由用HF，仔细看下文了解常识
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）