求助：求助在ms建立一个有一定聚合度大分子的无定形结构并进行退火的步骤

goosebay

我建立大分子的步骤如下：建立重复单元--->build建立均聚物--->进行forcite几何优化--->AC模块calculation建立无定形晶格（在这里设置一个较小的初始密度和一定数量的大分子）--->几何优化--->动力学优化--->forcite退火运算（三次）：先NVT优化一次，再NPT较大的压力下对盒子进行压缩，最后NPT常压下对盒子解压--->选择能量最低的结构。


看文献中建立煤大分子结构的步骤也和上述一致，但是进行退火算法过程中貌似压缩过程和解压过程出现的xtd文件都显示第一次退火后的结构能量已经最低了，在进行密度检查的时候是点击AC calculation吗？但是此时由于所有结构都带一个盒子是周期性的结构（xtd文件而不是xsd文件），所以没法在 AC calculation里面导入。 所以我觉得我的方法就是错误的，请问有哪位小伙伴可以解答一下怎样正确建立大分子的无定形结构，然后进行证确的退火步骤，最终选择一个密度合理构型的方法吗？谢谢大家！

chenguoguo

你需要将那个能量最低的结构复制下来，然后新建一个3D Atomistic Document，把你刚才复制的最低能量的结构粘贴进去，这样就把能量最低的结构文件变成了xsd文件，也就能导入AC啦。