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[GROMACS] 如何获取高铼酸根(ReO4-)的力场文件以及top文件

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楼主
本帖最后由 Alan123 于 2021-9-12 08:27 编辑

老师,我最近想用GMX进行高铼酸根(ReO4-)的分子动力学模拟,GMX常用的力场文件中不支持铼(Re),请问我应该如何获取高铼酸根的力场文件以及生成拓扑文件呢?谢谢

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发表于 Post on 2021-9-12 09:20:20 | 只看该作者 Only view this author
自己写拓扑文件
平衡坐标用量化程序优化的,力常数用http://www.keinsci.com/research/forcefit/可获得
凑合借用UFF里的Re的LJ参数,在UFF原文里能直接查到
原子电荷可以用Multiwfn算RESP电荷
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-12 09:57:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-12 09:20
自己写拓扑文件
平衡坐标用量化程序优化的,力常数用http://www.keinsci.com/research/forcefit/可获得
...

嗯嗯,谢谢sob老师,目前我是这样做的,用obgmx产生了ReO4的itp文件和top文件,然后电荷使用Multiwfn计算的resp电荷,不知道我这样做会不会不太严格?

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发表于 Post on 2021-9-12 20:52:53 | 只看该作者 Only view this author
Alan123 发表于 2021-9-12 09:57
嗯嗯,谢谢sob老师,目前我是这样做的,用obgmx产生了ReO4的itp文件和top文件,然后电荷使用Multiwfn计算 ...

你可以先跑一下,如果结构形态维持得还可以,就这么用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-13 15:35:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Alan123 于 2021-9-13 15:38 编辑
sobereva 发表于 2021-9-12 20:52
你可以先跑一下,如果结构形态维持得还可以,就这么用
谢谢老师

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