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楼主 Author: madhatter
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[综合交流] 计算锌离子和葡萄糖结合能初始模型设置问题

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发表于 Post on 2022-7-22 15:01:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-25 22:05
2 “另一个”语义不明

3 Z方向没必要考虑PBC,这样真空层还能减小不少来节约时间。其它地方没什么油水 ...

社长好,借楼请教个问题。关于真空层的设置有相关资料推荐吗?我现在做类似体系的AIMD,设置的是XY方向PBC,Z方向没有PBC也没加真空层,但是跑出来的电解液结构有点怪,电解液分子都推挤在一起,成键比较混乱,我想问下Z轴真空层不管Z方向有无PBC是不是一定要加的?多谢
eureka

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发表于 Post on 2022-7-22 20:06:33 | 只看该作者 Only view this author
Frank 发表于 2022-7-22 15:01
社长好,借楼请教个问题。关于真空层的设置有相关资料推荐吗?我现在做类似体系的AIMD,设置的是XY方向PB ...

CP2K用平面波作为辅助基组,哪怕Z方向是非周期性的,Z方向也必须留出一定真空区,否则没法正常求解
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-7-25 11:11:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-22 20:06
CP2K用平面波作为辅助基组,哪怕Z方向是非周期性的,Z方向也必须留出一定真空区,否则没法正常求解

谢谢社长,再请教您两个问题:(1) 如果是电解液盒子(没有电极)的XYZ PBC还需要设置真空层吗?(2) 界面体系Z方向加了真空层的话,怎么防止在AIMD模拟的时候电解液跑到真空层?
eureka

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发表于 Post on 2022-7-26 02:32:58 | 只看该作者 Only view this author
Frank 发表于 2022-7-25 11:11
谢谢社长,再请教您两个问题:(1) 如果是电解液盒子(没有电极)的XYZ PBC还需要设置真空层吗?(2) 界面体 ...

1 不用

2 除非模拟温度很高,否则由于分子间相互作用,本身也不会蒸发到真空层去。如果真出现了跑到真空区的情况,也可以加外势挡住
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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