求助，pdb2gmx生成的拓扑文件相关问题

langtao · 发表于 Post on 2021-9-20 11:24:58

本帖最后由 langtao 于 2021-9-21 13:27 编辑

由于gromacs自带立场没有对zn2+的定义，使用charmm36立场对含锌酶使用pdb2gmx生成拓扑文件，但是生成的拓扑文件少了很多东西，没有atoms的内容，这是什么原因呢？拓扑文件和原始pdb文件已经上传到附件中，请老师们指教

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-20 13:43:56

你连top里面include的蛋白质的itp都没上传

仔细看pdb2gmx运行过程输出的信息了解具体情况

langtao · 发表于 Post on 2021-9-20 14:48:21

本帖最后由 langtao 于 2021-9-21 13:28 编辑

sobereva 发表于 2021-9-20 13:43
你连top里面include的蛋白质的itp都没上传

仔细看pdb2gmx运行过程输出的信息了解具体情况

老师，您好，你指的是下面这几个文件吗？

topol_Protein_chain_A.zip (134.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-21 05:40:10

topol_Protein_chain_A.itp里面明明有[ atoms ]，何来“没有atoms的内容”

langtao · 发表于 Post on 2021-9-21 13:29:30

sobereva 发表于 2021-9-21 05:40
topol_Protein_chain_A.itp里面明明有[ atoms ]，何来“没有atoms的内容”

我是初次操作，因为看到跟示例文件里的内容不一致，还请老师见谅。然后我接着做了溶剂化，定义了配体盒子并添加了水，但是查看solv.gro文件时发现蛋白并不在盒子中央，而且在做平衡时，我只约束了配体分子，需要蛋白和配体一起约束吗？在随后的NVT平衡和NPT平衡中，我发现盒子里的蛋白完全跑出去了，只留下配体在那里，这是什么原因呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-22 07:18:28

语言表述要准确，什么叫“配体盒子”
明显是加水用的命令不合适，你不贴出来具体命令谁也没法说
“只约束了配体分子”完全看不出你要做什么，这么做毫无意义
不要做什么NVT平衡，直接做NPT就完了。很多坑爹教程里先做NVT完全多余

langtao · 发表于 Post on 2021-9-22 14:54:07

sobereva 发表于 2021-9-22 07:18
语言表述要准确，什么叫“配体盒子”
明显是加水用的命令不合适，你不贴出来具体命令谁也没法说
“只约束 ...

好的，老师

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