VESTA可视化怎样给体系外部加边框盒子

Charlie-Ma · 发表于 Post on 2021-9-22 10:22:51

请问大家，vesta能否像ovito那样给体系外部加盒子吗？我用ovito打开一帧xyz文件，可以在外部加一个黑色方框，如下，请问vesta可以吗？如果可以，请问该怎样操作？

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-9-22 16:33:39

我了解的方案有三：
1、将xyz用ase读为ase.Atoms的类，然后给Atoms设置cell，然后在写入到cif。
2、将xyz用vesta读取，存成vesta，然后修改vesta文件来增加PBC。
3、ase转换为其他的如MS的car文件，然后手工修改car文件添加PBC，最后再转cif。
但不限于这三种做法。

吴双 · 发表于 Post on 2021-9-22 21:29:27

可以用VESTA将文件转化成Cif，cmf格式然后用MS打开，点击Build Symmetry Supercell然后设置ABC晶胞参数就好

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-23 06:46:39

可以用Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）载入xyz文件，用主功能100的子功能2转成pdb格式，自己在开头添加CRYST1字段把晶胞信息手写进去，再载入VESTA

CRYST1字段示例

CRYST1 3.567 3.567 3.567 90.00 90.00 90.00

复制代码

WEILANDREW · 发表于 Post on 2021-9-25 12:36:30

本帖最后由 WEILANDREW 于 2021-9-25 15:15 编辑

1. 将xyz文件导入ovito或vesta，以笛卡尔坐标格式导出POSCAR文件，然后更改表头ABC晶胞参数
2. 将xyz文件导入到VMD中，由于xyz文件中没有晶胞边长信息，在VMD命令行窗口中输入 pbc set {a b c α β γ}，和 pbc box -style lines即可，边长粗细和颜色自行调整

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[建模与可视化] VESTA可视化怎样给体系外部加边框盒子

浏览过的版块