ORCA优化6×6×6的CeO2以及表面Cu团簇时如何固定CeO2下表面三层原子

一拉 · 发表于 Post on 2021-9-22 13:27:33

各位老师。我最近在用ORCA优化6×6×6的CeO2以及表面Cu团簇，由于结构太大，算的特别慢，我想要固定CeO2下表面三层原子不优化它们。
我在ORCA手擦上找到相关语句：
Constraining bond distances :
{[size=7.9701pt]B N1 N2 value C [size=7.9701pt]}
Constraining bond angles :
{[size=7.9701pt]A N1 N2 N1 value C [size=7.9701pt]}
Constraining dihedral angles :
{[size=7.9701pt]D N1 N2 N3 N4 value C [size=7.9701pt]}
Constraining cartesian coordinates :
{[size=7.9701pt]C N1 C [size=7.9701pt]}

但是需要固定的原子数目很多，一个一个固定需要些很多句，请问各位老师有什么简便写法吗？

snljty · 发表于 Post on 2021-9-22 14:18:42

Multiwfn载入结构文件，主功能100子功能2的12选项输出ORCA的输入文件可以设置冻结，进入后选0再选2把任务类型改成优化，再选-3选择优化的原子序号。原子序号可以把相同的结构载入GaussView 6，用里面的一些技巧手动选择要固定的原子，然后点Tools->Atom Selections输出选择的原子序号。另外固定原子优化原理上不会降低每一步优化的耗时。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-9-22 15:11:17

另外建议用embedding potential和点电荷提供周围的CeO2环境的静电场。这么做了以后其实也节省你的计算量，因为CeO2厚度就不需要6层了，估计4层就够了，第5层用embedding potential，底下再加几层点电荷

一拉 · 发表于 Post on 2021-9-22 16:19:20

wzkchem5 发表于 2021-9-22 15:11
另外建议用embedding potential和点电荷提供周围的CeO2环境的静电场。这么做了以后其实也节省你的计算量， ...

老师，我把前后左右下五个表面的最外层的Ce和O原子设置成点电荷的
基组泛函用的是
！B3LYP
%basis oldecp "SDD"
newGTO o "6-311g" endend
%basis oldecp "SDD"
newGTO cu "6-311g" endend

一拉 · 发表于 Post on 2021-9-22 16:20:41

snljty 发表于 2021-9-22 14:18
Multiwfn载入结构文件，主功能100子功能2的12选项输出ORCA的输入文件可以设置冻结，进入后选0再选2把任务类 ...

老师我用的是ORCA，请问应该怎么操作呀

snljty · 发表于 Post on 2021-9-22 16:25:55

一拉发表于 2021-9-22 16:20
老师我用的是ORCA，请问应该怎么操作呀

认真看一遍上面的回复。已经写的足够详细了。Multiwfn主页是http://sobereva.com/multiwfn/。我本来就是针对你写的你用的程序是ORCA回复的。

snljty · 发表于 Post on 2021-9-22 16:28:44

一拉发表于 2021-9-22 16:19
老师，我把前后左右下五个表面的最外层的Ce和O原子设置成点电荷的
基组泛函用的是
！B3LYP

这个基组使用的缺乏常识，且不说没有利用ORCA自带有辅助基组的基组配合RI降低耗时，6-311G本身没有极化函数就完全不可接受。看看卢老师博文《谈谈赝势基组的选用》http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html 《谈谈量子化学中基组的选择》http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html

量化小菜鸡 · 发表于 Post on 2021-9-23 12:06:14

wzkchem5 发表于 2021-9-22 15:11
另外建议用embedding potential和点电荷提供周围的CeO2环境的静电场。这么做了以后其实也节省你的计算量， ...

请问这种加potential和加点电荷的进而决定用几层是凭经验吗？还是要自己简单比较下多层和少层的区别然后下定义呢。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-9-23 15:58:41

量化小菜鸡发表于 2021-9-23 05:06
请问这种加potential和加点电荷的进而决定用几层是凭经验吗？还是要自己简单比较下多层和少层的区别然后 ...

最保险的方法是看文献类似体系一般加几层，如果没有文献算过类似的体系，就自己试一下加多少层以后结果才收敛。
加几层没有固定的数目，比如离子晶体就得加多一些，二维范德华材料可以加少一些

量化小菜鸡 · 发表于 Post on 2021-9-23 16:12:44

wzkchem5 发表于 2021-9-23 15:58
最保险的方法是看文献类似体系一般加几层，如果没有文献算过类似的体系，就自己试一下加多少层以后结果才 ...

好的，谢谢。

biogon · 发表于 Post on 2021-9-23 21:16:35

量化小菜鸡发表于 2021-9-23 16:12
好的，谢谢。

neese之前算二氧化钛团簇吸附的做了收敛性测试，可以照着那个做

量化小菜鸡 · 发表于 Post on 2021-9-23 23:12:11

biogon 发表于 2021-9-23 21:16
neese之前算二氧化钛团簇吸附的做了收敛性测试，可以照着那个做

好的，谢谢。我去搜索看看、

lucky7zhang · 发表于 Post on 2023-6-2 10:03:13

量化小菜鸡发表于 2021-9-23 23:12
好的，谢谢。我去搜索看看、

您好，打扰一下，请问这个测试在哪能搜到啊

量化小菜鸡 · 发表于 Post on 2023-6-7 14:57:22

lucky7zhang 发表于 2023-6-2 10:03
您好，打扰一下，请问这个测试在哪能搜到啊

J. Phys. Chem. Lett. 2016, 7, 20, 4207–4212

lucky7zhang · 发表于 Post on 2023-6-8 08:30:04

量化小菜鸡发表于 2023-6-7 14:57
J. Phys. Chem. Lett. 2016, 7, 20, 4207–4212

感谢大佬的回复，但我想问的是那篇二氧化钛稳定性测试那篇，您发的好像不是二氧化钛的那篇

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