请问用LAMMPS算出来的轨迹文件导入VMD之后，小分子变形了是怎么回事？

yizhihua · 发表于 Post on 2021-9-23 14:42:20

前者是lammps中算出来的结果，可以看到小分子变形了，后者是在MS中算出来的结果，小分子没有变形。请问这种情况是因为在用lammps的时候参数设置的不合理吗

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-24 09:29:06

你的图看不清楚，先弄清楚是连接关系问题，还是结构真的变形了
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

如果确实是结构变形了，肯定是模拟的问题

yizhihua · 发表于 Post on 2021-9-25 11:11:23

sobereva 发表于 2021-9-24 09:29
你的图看不清楚，先弄清楚是连接关系问题，还是结构真的变形了
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置 ...

感谢sob老师的回答，我换成dynamicbound后，看到的小分子是变形的，应该是模拟出问题了。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Lammps] 请问用LAMMPS算出来的轨迹文件导入VMD之后，小分子变形了是怎么回事？