如何基于VASP从头算输出的XDATCAR文件获得多帧轨迹文件

ydeyun · 发表于 Post on 2021-9-24 20:37:51

大家好，最近有刚开始接触vasp，发现vasp并不能像lammps或者cp2k那样直接输出xyz轨迹文件，vasp从头算过程中获得的结构信息保存在了XDATCAR文件中，请问怎样将XDATCAR转换成多帧的xyz或其他结构文件以便进行可视化和后续性质分析呢？由于刚接触vasp，请大家多多指导，谢谢大家！

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-9-24 20:56:05

本帖最后由卡开发发于 2021-9-24 21:14 编辑

xdatcar可以通过ase转换成ms的xtd，也可以转ext-xyz，理论上支持xyz格式的程序也能打开。ase convert xdatcar xxx.xtd（注意会生成隐藏文件xxx.arc，如果要移动xtd，应该要使两个文件在相同的目录）。
事实上，有xtd格式的话，如果你有MS的版权，有些针对xtd格式的分析其实可以直接在MS里面做。

ene · 发表于 Post on 2021-9-24 21:40:06

本帖最后由 ene 于 2021-9-24 21:42 编辑

VMD（我这边是1.9.4a38版）可以直接载入XDATCAR文件。你可以用VMD直接做轨迹分析，或者你愿意用其他代码分析的话，VMD支持导出大部分常用格式的轨迹文件。

夙雪夜归 · 发表于 Post on 2021-9-24 21:48:58

VTST的脚本里有一个xdat2xyz.pl，可以直接把XDATCAR转化成movie.xyz文件

zzp · 发表于 Post on 2021-9-26 09:26:08

卡开发发发表于 2021-9-24 20:56
xdatcar可以通过ase转换成ms的xtd，也可以转ext-xyz，理论上支持xyz格式的程序也能打开。ase convert xdatc ...

但是感觉我试了试用MS分析显示times为0

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-9-26 10:23:24

zzp 发表于 2021-9-26 09:26
但是感觉我试了试用MS分析显示times为0

arc文件跟着xtd一块拷贝到相同目录了嘛？

啦啦啦123 · 发表于 Post on 2023-2-26 23:00:18

ene 发表于 2021-9-24 21:40
VMD（我这边是1.9.4a38版）可以直接载入XDATCAR文件。你可以用VMD直接做轨迹分析，或者你愿意用其他代码分 ...

请问一下怎么导入的啊，我的不支持，VMD我这边也下载了1.9.4a38版

乐平 · 发表于 Post on 2023-2-27 10:27:39

本帖最后由乐平于 2024-6-24 11:02 编辑

啦啦啦123 发表于 2023-2-26 23:00
请问一下怎么导入的啊，我的不支持，VMD我这边也下载了1.9.4a38版

跟 VMD 的版本没关系

你导入的时候需要选择文件类型，不要让 VMD 猜文件类型

你用的 VASP 至少是 5.4.4 甚至是 6 版本的吧？要选择 VASP_XDATCAR5 这个文件类型。

tri · 发表于 Post on 2023-10-19 19:48:13

zzp 发表于 2021-9-26 09:26
但是感觉我试了试用MS分析显示times为0

请问一下您解决了吗，我也遇到了同样的问题

zbj · 发表于 Post on 2024-6-24 10:54:15

乐平发表于 2023-2-27 10:27
跟版本没关系

你导入的时候需要选择文件类型，不要让 VMD 猜文件类型

感谢！！！

ZZG · 发表于 Post on 2024-9-19 09:57:49

乐平发表于 2023-2-27 10:27
跟 VMD 的版本没关系

你导入的时候需要选择文件类型，不要让 VMD 猜文件类型

我导入NPT计算结果，就只有一帧，请问知道是为什么吗？

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-19 11:51:37

ZZG 发表于 2024-9-19 09:57
我导入NPT计算结果，就只有一帧，请问知道是为什么吗？

NpT 会改变晶胞大小

我印象中 VMD 读取的时候默认是用第一帧的晶胞参数，后面的帧就没法用相同的晶胞参数来确定各个元素的位置了。

ZZG · 发表于 Post on 2024-9-20 09:10:44

乐平发表于 2024-9-19 11:51
NpT 会改变晶胞大小

我印象中 VMD 读取的时候默认是用第一帧的晶胞参数，后面的帧就没法用相同的晶胞 ...

那么怎么分析每一帧的结果呢？我用网上的XDATCAR_toolkit.py脚本转成pdb格式文件之后就可以导入VMD中了，但不知道结果对不对，想问下看有没有其他方法。谢谢

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-20 10:13:18

ZZG 发表于 2024-9-20 09:10
那么怎么分析每一帧的结果呢？我用网上的XDATCAR_toolkit.py脚本转成pdb格式文件之后就可以导入VMD中了， ...

嗯嗯，转换成 .pdb格式可以的。因为 .pdb格式的文件每一帧都有晶胞参数。

伊莱亚斯 · 发表于 Post on 2026-2-6 10:01:18

乐平发表于 2023-2-27 10:27
跟 VMD 的版本没关系

你导入的时候需要选择文件类型，不要让 VMD 猜文件类型

可是这样导入后只有一帧呀

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