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[综合交流] 配合物稳定性计算求助

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楼主
同一个金属的三个不同配合物,金属用M表示,不同的配体用L1, L2, L3, L4, L5, L6表示。实验中观察到,ML1L2 这个配合物在某个条件下比ML3L4 和ML5L6 这两个配合物稳定存在的时间更长。

(1) 如果从热力学稳定性来看,计算不同配合物的结合能来比较其相对稳定性。结合能的计算是用如下的公式吗:
结合能 = E(ML1L2) – E(M) – E(L1) – E(L2)
这里只考虑电子能量就可以了吗,是否还需要考虑各组分的变形能。

(2) 如果从动力学稳定性来看,那就是找到ML1L2 这个配合物转化为另一个物质时的能垒。

(3) 在目前这个体系中,判断稳定性是用热力学稳定性还是动力学稳定性?我个人认为应该用动力学稳定性。

(4) 动力学稳定性算起来会比较麻烦,在无法获得动力学稳定性的情况下,用热力学稳定性来解释是否可行?

如果我的描述里有低级错误,前后矛盾的地方,请各位不吝指出,多谢!

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发表于 Post on 2021-9-25 16:26:48 | 只看该作者 Only view this author
实验是否知道这些配合物的分解产物以及分解机理?
先搞清楚分解机理,再算动力学稳定性。有的配合物的解离,不一定是配体直接解离,也可能是溶剂分子把配体取代掉
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-9-25 23:37:28 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-25 16:26
实验是否知道这些配合物的分解产物以及分解机理?
先搞清楚分解机理,再算动力学稳定性。有的配合物的解离 ...

请教楼主和二楼,您所说的动力学稳定性与热力学稳定性是有何区别呢。具体含义是否可以解释一下

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发表于 Post on 2021-9-26 01:27:58 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-9-25 16:37
请教楼主和二楼,您所说的动力学稳定性与热力学稳定性是有何区别呢。具体含义是否可以解释一下

自己找普通化学教材看,或者维基搜一下。
问问题之前记得先搜再问
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-26 10:54:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-25 16:26
实验是否知道这些配合物的分解产物以及分解机理?
先搞清楚分解机理,再算动力学稳定性。有的配合物的解离 ...

其实这个配合物不会分解,会从一种配位形式转化成另一种配位形式。
也有可能会有溶剂分子参与,这样的话,那就要用显式溶剂模型了,会比较麻烦了。
依据您的回复,还是要用动力学稳定性来考虑才行,我理解对吗?

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发表于 Post on 2021-9-26 16:37:39 | 只看该作者 Only view this author
xiaxue 发表于 2021-9-26 03:54
其实这个配合物不会分解,会从一种配位形式转化成另一种配位形式。
也有可能会有溶剂分子参与,这样的话 ...

对,首先确定反应机理,然后用动力学稳定性来判断
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-27 11:34:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-26 16:37
对,首先确定反应机理,然后用动力学稳定性来判断

这样做起来就比较麻烦了,合作的老师想要快点出结果

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发表于 Post on 2021-9-27 11:42:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-9-27 11:46 编辑
xiaxue 发表于 2021-9-27 11:34
这样做起来就比较麻烦了,合作的老师想要快点出结果

那就建议放弃合作。。。这个问题仅仅用Gibbs自由能的高低是不能说明的。分解机理也不好搞,自我分解、与溶剂反应缓慢分解(如果条件有溶剂的话)、与空气中的成分(如O2)反应缓慢分解(如果条件中含接触空气的话),这些都得纳入分解机理的考虑。当然,如果知道分解产物的话,机理还可能好猜一些。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2021-9-27 16:25:12 | 只看该作者 Only view this author
xiaxue 发表于 2021-9-27 04:34
这样做起来就比较麻烦了,合作的老师想要快点出结果

一定不要因为合作方催得紧就用不严谨的方法来算,哪怕别人用不严谨的方法确实能发出文章,你也不能这么做。否则等你以后求职的时候,别人要是不止看你的文章列表,而是仔细一点找到文章看原文,你就完蛋了,到处被拒都不知道为什么。发文章不是蒙过审稿人就完事的,它是会跟着你一辈子的
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-29 15:40:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-27 16:25
一定不要因为合作方催得紧就用不严谨的方法来算,哪怕别人用不严谨的方法确实能发出文章,你也不能这么做 ...

多谢指点,说得太好了。
那我还是去硬刚一下~

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发表于 Post on 2021-11-13 20:14:35 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-26 16:37
对,首先确定反应机理,然后用动力学稳定性来判断

请教老师一个问题。对于萃取剂萃取A、B两种金属离子时,算出的▲▲G约为2kacl/mol,但是萃取选择性很强是不是应该考虑动力学差异。但是又找不到过渡态,萃取机理为萃取剂取代金属离子水和层水的过程。
请教老师如何说明这个萃取选择性是由于动力学控制的呢。

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发表于 Post on 2021-11-13 20:29:37 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-11-13 13:14
请教老师一个问题。对于萃取剂萃取A、B两种金属离子时,算出的▲▲G约为2kacl/mol,但是萃取选择性很强是 ...

2kcal/mol选择性其实已经很明显了,换算成平衡常数就会发现,(常温下)2kcal/mol相当于是分配比50:50和97:3的差别,或者16:84和84:16的差别。如果实验的选择性比这个更强,应该优先考虑是计算误差的问题,比如构象搜索不充分、单点能理论级别不够高等等
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发表于 Post on 2021-11-14 13:08:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-13 20:29
2kcal/mol选择性其实已经很明显了,换算成平衡常数就会发现,(常温下)2kcal/mol相当于是分配比50:50和9 ...

谢谢老师请问老师是如何计算的。▲G=-RTlnP ,若▲G1=0 kacl/mol,▲G2=-2 kacl/mol的话P1=1 P2≈1 为何我算的是这个结果呢。

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发表于 Post on 2021-11-14 15:51:36 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-11-14 06:08
谢谢老师请问老师是如何计算的。▲G=-RTlnP ,若▲G1=0 kacl/mol,▲G2=-2 kacl/mol的话P1=1 P2≈1 为何 ...

应该是单位搞错了
Zikuan Wang
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