用Gaussian计算Fe3+与乙二胺四乙酸四钠的络合自由能求助

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-17 19:18:54

小七丫发表于 2021-10-17 11:13
谢谢老师的解答，我气相中的结构优化现在都统一成了PBE0(PBE1PBE)/6-311G*，对Fe用的SDD,这应该算是校正因 ...

（1）统一了泛函和基组，不代表你统一了校正因子，校正因子是否统一取决于你在Shermo里是否对于所有物种都输入了同一个校正因子。假如你是纯有机体系，用的是PBE0/6-311G*，没有Fe原子，那么应当始终统一用PBE0/6-311G*的校正因子，结果比不用校正因子靠谱（但改善可能很小，看不出来）。但因为你现在有Fe原子，Fe原子用的是SDD，所以用PBE0/6-311G*的校正因子并不完全严格，不保证比不用校正因子靠谱，但也不保证比不用校正因子更差，所以此时有两种选项，一个是对所有物种都用PBE0/6-311G*的校正因子，一个是对所有物种都不用校正因子，两个做法都对，因为两个做法都有可能是较好的做法，不确定哪个更好。但混着用一定是错的，因为无法实现误差抵消。
（2）基频校正因子是用来算振动频率的，比如你算红外、拉曼，需要用那个校正因子。算热力学数据要用针对热力学数据的校正因子。
（3）必须要么对所有物种都加溶剂模型，要么都对所有物种都不加。溶剂模型也是理论级别的一部分。我不明白你为什么总是不懂误差抵消的概念，因为你算自由能变化是用非常大的数减去非常大的数，所以必须所有物种都用同样的理论级别才能实现误差抵消，宁可对某些物种用对这个物种来说很不适合的理论级别，也不能让两个物种的理论级别不一致。建议打开你的所有高斯输入文件，一个字一个字对比，有任何差别都统一，除非你明确知道这个差别是可以接受的（比如我之前说的，对于没有Fe的体系可以不写SDD），否则一律统一，一个关键词乃至一个字母都不要差。
（4）M052X/6-31G*只能用来算溶解自由能，严格按照sob老师的方法来，不要自己引申。不能用这个级别优化结构、算频率，更不能算单点能

小七丫 · 发表于 Post on 2021-10-18 16:33:18

本帖最后由小七丫于 2021-10-18 16:41 编辑

嗯嗯老师，谢谢老师的解答，我明白了您的关于频率校正因子意思

小七丫 · 发表于 Post on 2021-10-20 15:51:57

老师，我又来打扰您了，听了您的建议，为了统一计算级别算溶解自由能时，我在优化和频率分析的时候想给4种物质都加上溶剂模型，但是现在Fe(h2o)6带隐式溶剂模型在PBE0(6-311G*/SDD)优化时一直在震荡，试了opt=(MaxStep=5, NoTrustUpdate, GDIIS)，还有点群对称，还有读取没带溶剂模型的波函数作为初猜，都是震荡，还有什么可能的解决方法吗，我把输入和输出文件都传给您吧31、311、3111

还有一个问题就是现在除了Fe(H2O)6是用的气相优化的结构算溶解自由能，其余都是溶剂模型优化的结构算的，但是和实验值还是差很多

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-20 16:28:33

小七丫发表于 2021-10-20 08:51
老师，我又来打扰您了，听了您的建议，为了统一计算级别算溶解自由能时，我在优化和频率分析的时候想给4种 ...

你加的是什么溶剂模型？如果加的是SMD，换成IEFPCM试试（所有物种都要换，即使那些SMD能收敛的也是如此，同样是为了误差抵消的考虑），SMD有数值不稳定性问题，结构优化比较难收敛。单点能可以仍然用SMD。此外注意区分SCF震荡和结构优化震荡，只有对于前者，“读取没带溶剂模型的波函数作为初猜”才有用，对于后者没用；而opt=(MaxStep=5, NoTrustUpdate, GDIIS)只对后者有用，对前者没用。
“除了Fe(H2O)6是用的气相优化的结构算溶解自由能，其余都是溶剂模型优化的结构算的，但是和实验值还是差很多”差得不多才怪。如果理论级别不统一，根本就不要尝试去和实验比，哪怕是因为不收敛，也应该只问收敛问题，而不要因此就去拿理论级别不统一的结果去减。理论级别任何细微的不统一，都会导致能量相减的时候有极大的误差，

小七丫 · 发表于 Post on 2021-10-20 16:39:44

嗯嗯，我去试试，谢谢老师

小七丫 · 发表于 Post on 2021-10-21 16:41:28

老师，非常感谢您的指导，我用iefpcm试了还是会出现l9999的错误，但是添加loose关键词可以收敛；又尝试了默认和cpcm,可以收敛，请问对我的体系哪个比较好呢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-21 19:07:34

小七丫发表于 2021-10-21 09:41
老师，非常感谢您的指导，我用iefpcm试了还是会出现l9999的错误，但是添加loose关键词可以收敛；又尝试了默 ...

不要说"L9999的错误“，导致L9999报错的问题有一大堆，不能排除是因为另外的原因报错的。
IEFPCM严格好于CPCM，CPCM在那些不支持IEFPCM的程序里可以用，但是既然高斯支持IEFPCM，你用CPCM容易被审稿人质疑，因为两者计算量没多大区别，没有任何理由用一个差一些的模型，哪怕差得未必很多。
试一下以opt=loose收敛的结构为基础，继续优化，优化时用比较小的步长

小七丫 · 发表于 Post on 2021-10-25 08:55:30

本帖最后由小七丫于 2021-10-25 08:58 编辑

感谢老师的指导，我现在用IEFPCM溶剂模型优化结构已经能全部收敛了，并且用SMD计算了溶解自由能，但是距离实验值还是没有大的改善，我从10年的一篇文献中看到他算的距离实验值仅有10kcal左右的误差，但是基组是用的B3LYP/Lanl2DZ,文献我已经压缩上传，请老师帮忙看一下这样是不是不合理，算的距离实验值近只是巧合,图片是我现在的计算结果，

阿甘 · 发表于 Post on 2021-10-25 09:16:58

有对铁-EDTA的多重度测试过吗，能量最低的是多重度为6吗？

小七丫 · 发表于 Post on 2021-10-25 09:29:01

测试过，这就是能量最低的

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