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[综合交流] 请问有什么软件或方法可以基于RDF曲线计算PMF曲线

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大家好,我看文献中基于RDF曲线计算出了PMF曲线,体系是氯化物熔盐体系,请问有没有什么软件或者方法能够基于RDF曲线来求PMF曲线呢?

路虽远行则将至,事虽难做则必成

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发表于 Post on 2021-10-16 18:50:50 | 只看该作者 Only view this author
手算都能算出来

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-10-16 22:27:52 | 只看该作者 Only view this author
能提供一下文献的链接吗?谢谢~~

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发表于 Post on 2021-10-17 09:36:51 | 只看该作者 Only view this author
waitingseven 发表于 2021-10-16 22:27
能提供一下文献的链接吗?谢谢~~

教材上都有

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发表于 Post on 2021-10-17 14:35:57 | 只看该作者 Only view this author
你画的黄线后面不就写着公式吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-17 16:59:10 | 只看该作者 Only view this author
路虽远行则将至,事虽难做则必成

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发表于 Post on 2021-10-17 19:48:24 | 只看该作者 Only view this author
ydeyun 发表于 2021-10-17 16:59
https://doi.org/10.1016/j.molliq.2020.115262

多谢了

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发表于 Post on 2025-1-6 15:58:14 | 只看该作者 Only view this author

老师请问如果通过VMD计算出的径向分布函数有出现纵坐标等于0的部分,是不是无法采用这种方法计算

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发表于 Post on 2025-1-7 01:18:42 | 只看该作者 Only view this author
Jasmine123 发表于 2025-1-6 15:58
老师请问如果通过VMD计算出的径向分布函数有出现纵坐标等于0的部分,是不是无法采用这种方法计算

拿具体图像、体系说事
就算没这个情况,也不代表就适合靠rdf转成PMF说明问题,不是什么情况都能用这种做法讨论
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发表于 Post on 2025-1-7 21:18:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-7 01:18
拿具体图像、体系说事
就算没这个情况,也不代表就适合靠rdf转成PMF说明问题,不是什么情况都能用这种做 ...

C:\Users\Administrator\Desktop 老师我的模拟体系是钒电解液,这是钒离子与水分子之间的径向分布函数,与文献对照后确定RDF是正确的,所以想利用kirkwood公式计算PMF,不知道是否适合

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发表于 Post on 2025-1-8 03:16:52 | 只看该作者 Only view this author
Jasmine123 发表于 2025-1-7 21:18
老师我的模拟体系是钒电解液,这是钒离子与水分子之间的径向分布函数,与文献对照后确定RDF是正确的,所 ...

可以
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发表于 Post on 2025-1-8 09:49:27 | 只看该作者 Only view this author

根据公式G=-KB*T*ln(g(r)),在我的图中2.5-3.5A范围内,g(r)取值是0,也就是说G接近无穷,这种情况应该怎么处理呢

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发表于 Post on 2025-1-9 03:14:13 | 只看该作者 Only view this author
Jasmine123 发表于 2025-1-8 09:49
根据公式G=-KB*T*ln(g(r)),在我的图中2.5-3.5A范围内,g(r)取值是0,也就是说G接近无穷,这种情况应该怎 ...

先根据体系结构特征弄清楚为什么那个部分rdf精确为0、为什么在那个距离附近参考组和计算组的粒子间没有出现概率,之后再说PMF的事
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