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[文献推荐] 几篇可极化力场综述

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楼主
看到论坛里有人问及可极化力场问题,这里上传几篇我硬盘里的可极化力场的综述,供了解常识知识。其他人如果有好的相关综述文章也可以在回帖里上传


(2009)-Polarization effects in molecular mechanical force fields.pdf

378.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 210

(2015)-Polarizable Force Fields for Biomolecular Modeling.pdf

321.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 188

(2015)-Polarizable force fields for molecular dynamics simulations of biomolecules.pdf

1.01 MB, 下载次数 Times of downloads: 268

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发表于 Post on 2021-10-16 21:48:32 | 只看该作者 Only view this author
常用的GAFF Amber之类算不算可极化力场?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-16 21:55:05 | 只看该作者 Only view this author
GAFF不是
AMBER里面只有AMBER02、AMBER02EP是可极化力场
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-5-6 20:59:20 | 只看该作者 Only view this author
卢老师,这里有两篇Justin A. Lemkul教授关于极化力场的综述,值得一看。 salsbury2021.pdf (1.48 MB, 下载次数 Times of downloads: 176) lemkul2016.pdf (4.79 MB, 下载次数 Times of downloads: 83)

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发表于 Post on 2022-5-7 09:10:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-16 21:55
GAFF不是
AMBER里面只有AMBER02、AMBER02EP是可极化力场

请问sob老师,目前gromacs支持可极化力场么?内置的力场中有可极化力场么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-7 09:48:07 | 只看该作者 Only view this author
lining 发表于 2022-5-7 09:10
请问sob老师,目前gromacs支持可极化力场么?内置的力场中有可极化力场么?

只支持Drude方式体现可极化效应
顺带一提,最近出了个现成的工具可以产生GROMACS的可极化力场的输入文件:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.1c01431

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-5-7 10:14:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-7 09:48
只支持Drude方式体现可极化效应
顺带一提,最近出了个现成的工具可以产生GROMACS的可极化力场的输入文件 ...

非常感谢sob老师的解答!

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发表于 Post on 2023-2-21 23:13:40 | 只看该作者 Only view this author
请问现在支持可极化力场和非极化力场联合使用吗?即只对水和离子采用可极化力场,其余部分用非极化力场?

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发表于 Post on 2023-9-12 23:57:35 | 只看该作者 Only view this author
搬运【AMOEBA、CHARMM浮动电荷版本、AMBER02等都是可极化力场】+GFN-FF
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