求助:使用RASPA计算MOF对二元气体吸附量吸附量计算结果错误

小congcong · 发表于 Post on 2021-10-18 20:23:05

本帖最后由小congcong 于 2021-10-18 20:23 编辑

各位社友大家好，这个问题困扰我很久了。在一片论文上看到了用RASPA计算SIFSIX-2-Cu-i (一种MOF材料)吸附二元气体SF6/N2,用了和文献相同的力场参数，初学raspa,想按照这篇文献练练手，于是在相同的温度下，相同的压力范围，进行计算。使用的吸附剂文件是我自己优化好的，但是计算出来的吸附量却与文献截然相反。SIFSIX-2-Cu-i的一维方孔尺寸是5.15埃米，SF6的分子动力学直径是5.128埃米，N2的分子动力学直径是3.64埃米，所以正常来讲，应如同文献中一样，应该只吸附N2，而不吸附SF6。而我计算出来的结果是SF6的吸附量很大，N2的吸附量几乎为0。但我已经检查了好多遍LJ参数是和文献完全一致的,没有问题，只有电荷和文献里用的不一样，我用的是自己计算出来的DDEC电荷。实在不明白，找不出原因为啥会算出截然相反的结果。恳请各位社友能帮忙指点迷津，不胜感激！

agent99 · 发表于 Post on 2021-10-19 00:57:00

SIFSIX-2-Cu-i的一维方孔尺寸是5.15埃米，SF6的分子动力学直径是5.128埃米，N2的分子动力学直径是3.64埃米，所以正常来讲，应如同文献中一样，应该只吸附N2，而不吸附SF6。

孔径比SF6大一点点，那不是SF6刚好可以吸附进去？然后SF6把空间占满了N2就进不去了？

小congcong · 发表于 Post on 2021-11-2 16:34:54

agent99 发表于 2021-10-19 00:57
孔径比SF6大一点点，那不是SF6刚好可以吸附进去？然后SF6把空间占满了N2就进不去了？

问题解决了，是吸附质SF6分子文件错误。嘿嘿。

luogaoyang123 · 发表于 Post on 2023-6-29 10:41:07

请问RASPA只能在linux系统用吗？效率怎么样？我想做各20000原子体系的吸附。

JianLi_2023 · 发表于 Post on 2023-10-18 12:13:00

luogaoyang123 发表于 2023-6-29 10:41
请问RASPA只能在linux系统用吗？效率怎么样？我想做各20000原子体系的吸附。

您好。目前RASPA-2可以在Windows的WSL里面使用，不过还是推荐Linux啊。

20000个原子的系统很大。不过这要看您具体要做什么，以及怎么做。

可以使用tabular grid来给van der waals计算加速。如果没有电荷的话会快不少。

有partial charge的话会比较慢。同样的，可以通过使用coulomb grid来加速。还可以使用尽可能大的CutoffCoulomb（最大不超过盒子大小的一半）来降低需要进行的ewald summation的k point数量。

luogaoyang123 · 发表于 Post on 2023-10-18 19:38:56

JianLi_2023 发表于 2023-10-18 12:13
您好。目前RASPA-2可以在Windows的WSL里面使用，不过还是推荐Linux啊。

20000个原子的系统很大。不过 ...

thank you

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