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[GROMACS] 求助 acpype.py产生离子液体拓扑文件报错

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老师,我在用acpype.py产生离子液体阳离子的拓扑文件出现图中报错,请问是什么原因呢?bmim.mol2文件是orca优化然后用openbable转换的

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bmim.mol2

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钱塘江上潮信来,今日方知我是我。

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发表于 Post on 2021-10-26 09:25:07 | 只看该作者 Only view this author
pwd一下,你确定路径正确?

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发表于 Post on 2021-10-26 09:34:23 | 只看该作者 Only view this author
http://bio2byte.be/acpype/   试试在线服务器
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-26 09:44:28 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2021-10-26 09:34
http://bio2byte.be/acpype/   试试在线服务器

在线提交正常结束,谢谢
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发表于 Post on 2021-10-26 14:17:55 | 只看该作者 Only view this author
input file doesn't exist提示得很清楚,自己检查输入文件的路径
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-26 16:10:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-26 14:17
input file doesn't exist提示得很清楚,自己检查输入文件的路径

老师,所有文件都放在同一个文件下,路径没问题
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发表于 Post on 2021-10-27 12:55:43 | 只看该作者 Only view this author
晓滨MD 发表于 2021-10-26 16:10
老师,所有文件都放在同一个文件下,路径没问题

我没法在远程确认你的描述和实际相符
写绝对路径就没有任何含糊性
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