Gromacs添加非标准氨基酸残基？

ptg · 发表于 Post on 2021-10-28 21:40:03

本人才入门Gromacs，跟着一些教程做了配体与自定义溶剂的模拟，但在添加非标准氨基酸残基部分没能找到一个详细可行的教程，如果各位老师有关于这方面的教程，希望能给我一个链接，如果老师能详细讲解一下，就更是万分感谢了

Markmahao · 发表于 Post on 2021-10-28 22:19:37

知乎上有个写的很好的，推荐去看看，链接就不附了

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-29 06:26:49

先自己搞清楚rtp文件里残基的定义格式，拿和自己的非标准残基最相似的残基为基础，自行创建一个新的，在里面恰当加上该加、该改的项。rtp里这个的残基名和pdb里的非标准残基的残基名保持一致。

至于里面新加的bond/angle/dihedral参数怎么来，看具体用的什么力场、什么非标准残基

如果你当前用的力场适合RESP电荷，可以直接用Multiwfn拟合残基部分的电荷，看里面拟合残基电荷的例子
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

有搞不明白的再结合具体问题具体问。

ptg · 发表于 Post on 2021-10-29 09:30:00

sobereva 发表于 2021-10-29 06:26
先自己搞清楚rtp文件里残基的定义格式，拿和自己的非标准残基最相似的残基为基础，自行创建一个新的，在里 ...

谢谢老师，我去摸索一下再来问

ptg · 发表于 Post on 2021-10-29 09:32:00

Markmahao 发表于 2021-10-28 22:19
知乎上有个写的很好的，推荐去看看，链接就不附了

请问是讲Fmoc基团的这篇文章吗

lisanoid · 发表于 Post on 2022-4-11 19:38:01

https://zhuanlan.zhihu.com/p/87402839 应该是这篇，我也要构建一个非标准残基，正好学习

lisanoid · 发表于 Post on 2022-4-12 08:30:00

lisanoid 发表于 2022-4-11 19:38
https://zhuanlan.zhihu.com/p/87402839 应该是这篇，我也要构建一个非标准残基，正好学习

目前来看，感觉更合适的是社长的sobtop工具 http://sobereva.com/soft/Sobtop/
先尝试该工具，如果此工具掌握不了，采用其他方法能学会的可能性更小

ptg · 发表于 Post on 2022-5-11 10:45:11

lisanoid 发表于 2022-4-12 08:30
目前来看，感觉更合适的是社长的sobtop工具 http://sobereva.com/soft/Sobtop/
先尝试该工具，如果此工 ...

感谢，我学习一下

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-2-6 18:31:03

lisanoid 发表于 2022-4-11 19:38
https://zhuanlan.zhihu.com/p/87402839 应该是这篇，我也要构建一个非标准残基，正好学习

你好!
这篇文章里用的是GROMOS力场，但是我用的是CHARMM力场，请问这种情况可以用博客里的教程吗？

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[GROMACS] Gromacs添加非标准氨基酸残基？

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