思想家公社部分问题解答整理-1

chrischen1128

2016-01-21
各位，问个比较弱的问题，我们优化后得到的偶极矩dipole moment是分子偶极矩对吧？能通过计算得到某个键的偶极矩么？
【传说】Sobereva(190258442) 9:40:22
是
可以算，但键偶极矩没有唯一定义，计算方法很多。
【活跃】切嗣耙耙(365327864) 9:40:40
老板让我在算小分子的时候加弥散……像苯啊甲烷啊这种中性有机小分子的构型优化和频率计算，我知道不该加弥散，如果加了的话会有什么坏处吗？　看了老师的http://sobereva.com/119一文，感觉文中所列的问题对我的目的都无所谓
【传说】Sobereva(190258442) 9:42:09
不加
以前回复过，这里再贴一次
有多种方法计算键偶极矩
(1)Multiwfn里做ELF、LOL盆分析，计算对应于成键的盆的电多极矩（包括偶极矩）。参考手册4.17.2节或《使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析》（http://sobereva.com/179）
(2)进入Multiwfn主功能200，选2 Calculate atomic and bond dipole moments in Hilbert space，原理在手册3.200.2节有详细介绍
(3)用Multiwfn的模糊空间分析功能，选8 Perform integration in fuzzy overlap region for a real space functions，被积函数选择自定义函数。在计算之前，应当通过settings.ini的iuserfunc将自定义函数切换至21~23，详见手册2.8节的相应介绍。
(4)用NBO程序的dipole关键词，可以输出NBO和NLMO的键偶极矩，键偶极矩加和就是分子偶极矩。对于高斯，直接写pop=nboread并不会输出键偶极矩，必须在后面空一行再写上$NBO dipole $END才行。
每种方法结果和原理都有很大差异，毕竟键偶极矩本来就没有确切定义。(1)的原理最清楚，(2)最简单快速，但可信度逊于(1)，且不能用于有弥散函数的情况。(4)也可以。(3)不推荐。
(1)也可以用于多中心键，但多中心键必须能够以ELF/LOL盆描述出来，比如H3+的三中心键。如果是比如芳香环的pi多中心键，就不适合了。
【活跃】0188(1668010188) 9:44:54
Sob老师，请问TD和SP（单点）的结果相减，能否得到自旋密度差？如果不能的话，有办法表示TD前后电子分布的变化导致的自旋密度变化吗？
【传说】Sobereva(190258442) 9:46:03
不能
对于T1，用0 3计算得到自旋密度图就完了
【活跃】0188(1668010188) 9:48:01
谢谢老师，想知道为什么不能呢？难道TD density得到的电子密度不包含自旋的信息吗？
【传说】Sobereva(190258442) 9:48:31
不包含


怎么把chk文件转换为fch。
【话唠】Elaine(2836653259) 9:55:52
formchk ***.chk
【话唠】计算化学噶兵(315747068) 10:00:22
@Elaine 老师在Windows下formchk转不了啊，
【话唠】Elaine(2836653259) 10:01:16
unfchk

【吐槽】LKXYT(1047334406) 10:20:42
Exploring Chemistry with Electronic Structure Method, Second Edithion, James B. Foresman Aeleen Frisch 最近在看这本书学习gaussian 软件，但是发现这本书是针对 高斯94版本，有没有关于高斯09版本的学习资料推荐下，谢谢。  
【传说】Sobereva(190258442) 10:20:58
你只能买第3版
不过第二版大多数关键词在09里也能用

【活跃】计算小白(504345221) 10:22:59
请教各位老师，使用opt=gdiis关键字优化对最终能量有什么影响吗？谢谢~
【传说】Sobereva(190258442) 10:23:11
原理上没影响
【话唠】计算化学噶兵(315747068) 10:24:31
sob老师，我在算分子轨道重叠，按照你的帖子在做两个分子格点乘积是出错了，，麻烦老师了
【传说】Sobereva(190258442) 10:24:54
路径写得不对
【潜水】睿睿(1655879069) 10:26:19
老师我的高斯是装在服务器上的 该怎样输入高斯函数的可执行路径呢？
【传说】Sobereva(190258442) 10:26:49
@睿睿 你要算什么问题？
【传说】Sobereva(190258442) 10:27:22
如果你直接用g09命令就能调用高斯，直接写g09就行
【传说】Sobereva(190258442) 10:27:33
想获得完整路径就which g09
【潜水】睿睿(1655879069) 10:27:49
做电子密度图
电荷密度差图





【吐槽】Haber Gery(1274488742) 10:29:50
@sobereva 老师，在酸性条件下，也就是溶剂为弱酸性，A和B反应，B从溶剂中得到质子，带正电荷，A不与溶剂反应，考虑A与带正电荷的B是不是带正电荷与带负电荷的原子反应，是不是优化一下A的结构看一下这个原子上所带的电荷就可以了？
【传说】Sobereva(190258442) 10:30:22
恩
【吐槽】Haber Gery(1274488742) 10:30:49
@Sobereva 那优化结构也要在这个溶剂下吗？
我那朋友溶剂用的BR缓冲液，gaussian并没有这个，应该怎么做？
【传说】Sobereva(190258442) 10:32:44
姑且先不管溶剂
【话唠】计算化学噶兵(315747068) 10:35:15
sob老师是不是multiwfn算轨道数时不包括lumo轨道
【传说】Sobereva(190258442) 10:35:41
什么轨道数？
wfn/wfx文件只含占据轨道，用fch/molden就包含所有轨道
【吐槽】黄毛丫头(540055692) 10:37:33
各位老师，想问下高斯半经验方法计算过渡态和频率可靠吗？比如PM3之类，需要算一个87个原子的频率，等得时间太久，我想用半经验方法算个初猜结构，又怕它跑到错误构型上去
【传说】Sobereva(190258442) 10:38:56
有很多问题半经验给出的过渡态和DFT结构大同小异，当初猜或者用于粗略研究没问题。但有些情况半经验的过渡态和DFT完全不同


【潜水】玄空(1205449377) 16:38:51
Gromacs能算介电常数吗？
【话唠】Elaine(2836653259) 16:42:20
介电常数castep模块或可以   gmx理论上不是不可以
【潜水】玄空(1205449377) 16:42:38
液体的介电常数呢？
ms里那个好像是算固体的吧。
以前知道用Gromacs算的，
【话唠】Elaine(2836653259) 16:51:28
原理上一定可以算  就算不直接输出这个值 也可以取值带公式搞出来  

【冒泡】天涯(243025868) 10:53:58
@Sobereva   老师好！ 我这里有个显示图片的程序，但是一运行，就提示：error while loading shared libraries: libglut.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory，请问老师该怎么解决
【传说】Sobereva(190258442) 10:54:28
网上搜libglut.so.3，找包含此文件的包，装系统里就完了
【冒泡】天涯(243025868) 11:00:56
@Sobereva 老师好，网上有人说装freeglut，       但是我没有root权限，运行yum install freeglut的时候提示我需要先获得root权限。
请问老师没有root权限，应该输入什么命令安装？
【传说】Sobereva(190258442) 11:03:18
下个freeflut包，把里面的libglut.so.3解压出来，放到某目录下，然后把这个目录添加到LD_LIBRARY_PATH环境变量里

【吐槽】Neophyte(1084756015) 10:57:25
目前了解到是要做有机半导体材料的计算，老师也是刚接触，让我报上需要的计算配置，可我不懂，请教各位老师，怎么回复？谢谢啦
组里的是做OTFT   OLED材料的，平常的体系是几十个原子到一百个以内吧，会做一些迁移率激发态和其他性质的计算，还有晶体结构计算模拟，需要的配置大概是什么样子的
【传说】Sobereva(190258442) 11:04:45
@Neophyte 一般双路8核（共16核），64GB内存就行
【吐槽】haoyulei(1135261755) 11:03:13
Mayer键级对方法基组挺敏感的，有合适的算过渡金属Mayer键级的方法和基组推荐吗
【传说】Sobereva(190258442) 11:03:37
@haoyulei 建议2-zeta基组，比如def2-SVP





【吐槽】黯烨倾尘(490813430) 11:06:38
请教一下，高斯优化加上scf=vshift对结构会有什么影响？
11:08:24
【传说】Sobereva(190258442) 11:08:53
ps
没直接影响
【吐槽】黯烨倾尘(490813430) 11:11:05
谢谢，那对能级会有影响？
有影响的话要怎么消除？
【传说】Sobereva(190258442) 11:11:22
没影响，只影响收敛过程，不影响结果



【潜水】刘岷沂(274031327) 11:12:03
关于电荷分析,请教一下老师.bader,mulliken,Hirshfeld,nbo等分析法有什么侧重应用范围.比如说轻元素组成的晶体结构,用什么分析好?谢谢
【传说】Sobereva(190258442) 11:12:22
看群共享 原子电荷计算方法的对比

【冒泡】雪刚(534518397) 11:31:17
老师，我想安装ifort，请您给个下载软件的连接。
【活跃】切嗣耙耙(365327864) 11:32:00
https://software.intel.com/zh-cn/qualify-for-free-software
【冒泡】雪刚(534518397) 11:35:46
谢谢。这个网址是官网。我注册了。网上说Linux下有免费的。我暂时还没找到。我记得以前有个帖子是安装ifort的。里边有注册码。
【活跃】慕容狗剩(85382926) 11:53:16
现在在百度上找
【活跃】慕容狗剩(85382926) 11:53:41
Intel不再提供学术版了


【传说】农家小炒肉(1303614800) 12:10:56
在气相里进行MD，需不需要加抗衡离子进行电荷中和？
【传说】Sobereva(190258442) 12:11:34
气相下本身就不会电离，更不用中和

【传说】农家小炒肉(1303614800) 12:28:36
那，气相条件下和液相条件下PDB的拓扑会不一样呀，气相下有些残基不电离，液相下电离了。
而，做MMPBSA，需要四套拓扑坐标文件，配体，无配体蛋白，配体-蛋白复合物，溶剂化的配体-蛋白复合物。
溶剂化的配体-蛋白复合物的拓扑和气相下配体-蛋白复合物的拓扑在某些残基处会不一样，怎么办？
影响结果吗？
【传说】Sobereva(190258442) 12:44:08
拓扑是不一样。
真空下做动力学模拟的时候不要电离，但做MMPBSA已经是溶液下跑完的轨迹了，虽然做MMPBSA其中涉及真空计算，但这时候拓扑文件和溶液下一样。


【活跃】典伟(1989437419) 12:57:18
麻烦问一下，Gview中这一块的能量单位是什么
【话唠】Radioactive(1137944179) 12:58:16
a,u


【传说】梦藏秋(616768525) 16:18:25
有机分子构像搜索可以使用sob开发的molclus
我短期内没有写有机分子的打算。因为团簇本身还有很多东西在TODO list里

我本是个娃娃