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[GROMACS] 水结冰速率问题

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各位老师好,我做了一个水结冰的过程,下部分是冰,上部分是水,采用F3来衡量结冰效果。开始有结冰趋向,但是在F3从0.06到0.04后,F3值就在0.04左右摇摆了,也没有新的冰层形成,有没有老师知道原因啊。

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发表于 Post on 2021-10-29 20:39:53 | 只看该作者 Only view this author
做的是NPT还是NVT?如果是NVT,可能因为压强增大,导致冰点降低,所以就不再结冰了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-31 09:38:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-29 20:39
做的是NPT还是NVT?如果是NVT,可能因为压强增大,导致冰点降低,所以就不再结冰了

只做的nvt 是不是只做npt就行了啊

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发表于 Post on 2021-10-31 09:54:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2021-10-31 10:21 编辑

因为结冰过程,体积会稍有膨胀,而nvt是固定了体积的,压力会变化。所以,在一般设定了固定压力的条件下,只需要npt就行了。

简单举例,一个密封杯子,装满水,杯内初始压力为1大气压,放入冰箱内,容器内发生的就是nvt过程,因为结冰膨胀体积会增大,但密封容器无法膨胀,所以压力会增大,有可能杯子被胀破。。如果将一个不带盖子的杯子装满水放入冰箱,那么压力就一直是1个大气压,就是npt过程,体积增大,冰面会超过杯口。

所以,具体是用nvt还是npt,取决于想要模拟的环境。

结冰速率和环境温度压力相关。
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-31 14:14:16 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2021-10-31 09:54
因为结冰过程,体积会稍有膨胀,而nvt是固定了体积的,压力会变化。所以,在一般设定了固定压力的条件下, ...

哦哦 所以说我做的nvt是让水很难继续结冰的原因吧

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发表于 Post on 2021-10-31 14:21:35 | 只看该作者 Only view this author
崔忠信 发表于 2021-10-31 14:14
哦哦 所以说我做的nvt是让水很难继续结冰的原因吧

我没做过nvt结冰,所以我没法给结论。

但是建议你还是跑一下npt,看看结冰过程
又菜又爱玩

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