计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 6220|回复 Reply: 25
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 寻找硝化反应过渡态出错,发现两个分子逐渐远离,不知道为什么?

[复制链接 Copy URL]

12

帖子

0

威望

89

eV
积分
101

Level 2 能力者

老师,您好,请教一个过渡态的问题, 初猜和输出文件的optimization如下,反应为NO2+进攻酰胺的N原子,NO3-的氧原子进攻羰基C原子,生成硝胺和乙酰硝酸酯,但是跑完ts后输出文件中显示l9999错误。而且还没有形成产物,我的关键词是opt=(noeigen,maxstep=10,cartesian,maxcyc=200),请问这种情况下如何处理以便找到正确的过渡态?
               



1665

帖子

5

威望

4788

eV
积分
6553

Level 6 (一方通行)

喵星人

2#
发表于 Post on 2021-11-1 09:35:57 | 只看该作者 Only view this author
上结构

655

帖子

1

威望

5331

eV
积分
6006

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2021-11-1 10:22:31 | 只看该作者 Only view this author
设计的反应过程合理吗
酰胺的氮上没有孤对电子(拿去参与共轭了),让NO2+进攻它,真的合理吗
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

12

帖子

0

威望

89

eV
积分
101

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-1 10:23:00 | 只看该作者 Only view this author
初猜是这个

202111011022325706..png (69.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

202111011022325706..png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125206

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2021-11-1 10:53:47 | 只看该作者 Only view this author
发帖时候不要自己在标题里手写[新手求助]这种标签,明显扰乱论坛秩序。给你去掉了,以后注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1187

帖子

5

威望

2876

eV
积分
4163

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2021-11-1 11:13:08 | 只看该作者 Only view this author
应该说清楚自己的计算级别(方法/基组),另外有什么理由认为这个反应是一步的么?

12

帖子

0

威望

89

eV
积分
101

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-1 11:17:49 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-11-1 10:22
设计的反应过程合理吗
酰胺的氮上没有孤对电子(拿去参与共轭了),让NO2+进攻它,真的合理吗

反应应该是合理的,用DMA做底物是简化的,我的底物比它复杂很多,但反应基本一样,所以先用DMA做过渡态,反应后是可以得到硝胺的

12

帖子

0

威望

89

eV
积分
101

Level 2 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-1 11:20:57 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-11-1 11:13
应该说清楚自己的计算级别(方法/基组),另外有什么理由认为这个反应是一步的么?

方法是DFT,B3LYP,基组是6-31G(d)。然后文献说是NO2+先与N络合,然后NO3-进攻羰基C,生成硝胺和乙酰硝酸酯,这个可以一起算吗

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17221

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2021-11-1 13:37:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2021-11-1 13:41 编辑

没有特殊实验证据不应该假设反应是trimolecular transition state.可以先找到NO2+与之反应的中间体结构,再做两边的过渡态(第一步也有可能无过渡态)

1万

帖子

0

威望

9898

eV
积分
22150

Level 6 (一方通行)

10#
发表于 Post on 2021-11-1 15:56:50 | 只看该作者 Only view this author
wuli花雪 发表于 2021-11-1 04:20
方法是DFT,B3LYP,基组是6-31G(d)。然后文献说是NO2+先与N络合,然后NO3-进攻羰基C,生成硝胺和乙酰硝酸 ...

此外注意文献写的NO2+不一定代表游离的NO2+,可能只是形式上的NO2+,比如H2NO3+、N2O5等,实验上因为证据不足,不知道是哪种形式上的NO2+,于是统一用[NO2+]代替,如果是一些不严谨的文献甚至把方括号省了。这就像文献如果画了H+,你计算不能放一个裸的质子,而是应该放H3O+之类的。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

12

帖子

0

威望

89

eV
积分
101

Level 2 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-1 21:12:46 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2021-11-1 13:37
没有特殊实验证据不应该假设反应是trimolecular transition state.可以先找到NO2+与之反应的中间体结构,再 ...

您好,按照有机机理来说应该是硝酰阳离子先进攻酰胺的N,然后硝酸根的氧原子进攻羰基C,不过文献中是以三分子模拟过渡态的,请问这样合理吗

12

帖子

0

威望

89

eV
积分
101

Level 2 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-1 21:15:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-1 15:56
此外注意文献写的NO2+不一定代表游离的NO2+,可能只是形式上的NO2+,比如H2NO3+、N2O5等,实验上因为证据 ...

您好,硝化剂是N2O5,然后在极性溶液中有效的硝化剂是应该就是NO2+,请问在无水的条件下,质子能单独存在并计算吗,我之后要算的就是这个问题

1万

帖子

0

威望

9898

eV
积分
22150

Level 6 (一方通行)

13#
发表于 Post on 2021-11-1 22:09:27 | 只看该作者 Only view this author
wuli花雪 发表于 2021-11-1 14:12
您好,按照有机机理来说应该是硝酰阳离子先进攻酰胺的N,然后硝酸根的氧原子进攻羰基C,不过文献中是以三 ...

有的文献画成三分子,只是起示意作用,不代表实验真的排除了两分子反应。
比如说A+B+C变成ABC,有的实验文章因为不知道是哪两个反应物先反应,但是不管谁先和谁反应,对文章主旨都没什么影响,所以干脆就不细究了,机理把A+B+C -> ABC画成一步。此时只要实验文章没明确说每一步都是基元反应,你就不能说这样画是错的。但是你做计算不能这么算,计算每步都必须是基元反应,所以起码还要考虑A+B、B+C、C+A这些双分子反应途径,确定所有双分子途径都比三分子困难,才能下结论说是三分子途径
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1万

帖子

0

威望

9898

eV
积分
22150

Level 6 (一方通行)

14#
发表于 Post on 2021-11-1 22:10:50 | 只看该作者 Only view this author
wuli花雪 发表于 2021-11-1 14:15
您好,硝化剂是N2O5,然后在极性溶液中有效的硝化剂是应该就是NO2+,请问在无水的条件下,质子能单独存在 ...

质子必须和其他分子结合,例如和溶剂结合生成H2NO3+,或者和反应物、产物结合等
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17221

Level 6 (一方通行)

15#
发表于 Post on 2021-11-2 04:46:32 | 只看该作者 Only view this author
wuli花雪 发表于 2021-11-1 21:12
您好,按照有机机理来说应该是硝酰阳离子先进攻酰胺的N,然后硝酸根的氧原子进攻羰基C,不过文献中是以三 ...

文献不合理。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-27 11:42 , Processed in 0.212211 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list