求助如何在VMD中查看几个相同分子的相互作用方式

whitemouse · 发表于 Post on 2021-11-1 09:56:02

请教各位老师，在gromacs里跑完几个聚合物在水溶液中的聚集后，怎么能通过把几个相同的分子分别染色或者其他的方法来查看这几个聚合物的分别的形态结构变化并且计算他们分别的相互作用呢？

naoki · 发表于 Post on 2021-11-1 12:59:44

通过VMD的选择语句来选择相应聚合物链，比如residue之类，然后改颜色就行。
计算相互作用需要用GROMACS给他们分组，然后给mdp文件加上能量组，rerun，再用gmx_energy分析相互作用

whitemouse · 发表于 Post on 2021-11-1 14:49:16

naoki 发表于 2021-11-1 12:59
通过VMD的选择语句来选择相应聚合物链，比如residue之类，然后改颜色就行。
计算相互作用需要用GROMACS给 ...

谢谢指导！

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