NAMD 3080Ti 38万原子，0.36 days/ns 是不是慢的不正常？

喵星大佬

Entropy.S.I 发表于 2021-12-11 10:27
现在和10980XE性能相近的XEON W-3175X（略超一下频）很便宜，6k左右就能买到，支持6通道RECC内存，挺不错 ...

但我觉得这种所谓精度应该还是去符合力场开发的时候用的参数比较好吧。比如现在charmm力场就专门有PME算vdW的版本，和正常1.2截断的版本分开了。10980XE是手上的，这玩意现在也很便宜了，主要不支持PXIe4.0，但是WS X299 Pro又确实能插两个显卡。在考虑两个3080Ti甚至两个3090+桥接器能不能发挥出来，10980XE倒是4通道3200的内存，这块应该不存在啥瓶颈。

Entropy.S.I

喵星大佬 发表于 2021-12-11 12:43
但我觉得这种所谓精度应该还是去符合力场开发的时候用的参数比较好吧。比如现在charmm力场就专门有PME算v ...

刚才见缝插针地测试了一下，30w原子凝聚相，rvdw=1.4，把nstcalcenergy设成100以后，GPU利用率从67涨到了75，速度提升13%；也测了50，和100几乎一样，提升12%。看来没有特殊需求还是把nstcalcenergy设成100或50为好，0.2ps或0.1ps计算并记录一次能量信息在多数情况下也够用了。界面张力算是比较特殊的，统计误差对压力数据采样频率特别敏感，牺牲一点性能换来更低的统计误差也值得

fhh2626

darkseal 发表于 2021-11-9 15:22
最近换了ubuntu 18.04，cpu 11900kf, gpu 3080Ti，namd2 0.21days/ns, namd3 0.22 days/ns .
38万原子。gp ...

用NAMD 3.0，最好是git版本（https://gitlab.com/tcbgUIUC/namd，devel或者5522 branch）

NAMD 2.X没有使用的价值

darkseal

fhh2626 发表于 2021-12-12 21:14
用NAMD 3.0，最好是git版本（https://gitlab.com/tcbgUIUC/namd，devel或者5522 branch）

NAMD 2.X没 ...

最终结果MD还是desmond最快。70万原子的体系大约11ns/day.
建模用maestro，虽然速度慢的不行，但是都是图形化的，内置的packmol建模多个组分，lipid，bilayer等都没问题。终于可以解放精力到实际的science中了啊。

fhh2626

darkseal 发表于 2021-12-15 18:42
最终结果MD还是desmond最快。70万原子的体系大约11ns/day.
建模用maestro，虽然速度慢的不行，但是都是 ...

Desmond会有OpenMM快吗？我表示怀疑

另外建模一般情况下用CHARMM-GUI最简单

喵星大佬

fhh2626 发表于 2021-12-15 19:02
Desmond会有OpenMM快吗？我表示怀疑

另外建模一般情况下用CHARMM-GUI最简单

是的，charmm-gui简直神器，少花了好多时间在处理这些乱七八糟的问题上，尤其是包括最新的amber/charmm力场

OpenMM没用过，一直听说很快，相比gmx上手难度如何？

fhh2626

喵星大佬 发表于 2021-12-16 06:11
是的，charmm-gui简直神器，少花了好多时间在处理这些乱七八糟的问题上，尤其是包括最新的amber/charmm力 ...

如果仅仅是做平衡模拟的话应该很好上手，不过OpenMM精通比较难

caoshuting

各位大佬求教，请问为什么我的namd一用到smd功能，gpu利用率就为0呢