ABCluster 3.0发布！各种团簇+构象搜索+内置xTB+...

透月清心 · 发表于 Post on 2021-11-16 23:32:24

老师，这个软件可以实现用xtb进行构象搜索吗？

TMULYU · 发表于 Post on 2021-11-17 10:47:15

你好，在使用改程序在windows下运行aip构象搜索的例子出现了如下错误请问怎么解决
Error occurs: Recieve signal: SIGSEGV: Segment violation (Value: 11). (in src/sys/RunStatus.cpp at line 381, void kiseki::BlockTermSignal(int))
Error termination at Wed Nov 17 10:35:45 2021.
Total run time: 0.010 seconds = 0 days 0 hours 0 minutes 0 seconds 10.0 milliseconds.

dongdong · 发表于 Post on 2021-11-30 09:23:54

老师您好，请问我用ABCluster搜索带一个电荷的有机酸周围的几个水分子的团簇时，搜索结果有一定问题，要怎么解决呀？

qinjiu · 发表于 Post on 2021-11-30 16:25:56

您好，请教一下如果想要在xtb中加上溶剂效应，需要在runxTB.sh中修改哪一部分呢？
我尝试在xtb执行那一行加了gbsa 但好像没有反应？
xtb -o --chrg 0 --gbsa h2o $3.xyz > $3.out 2>/dev/null

bjhg_lxy · 发表于 Post on 2021-12-15 22:44:29

你好，想问一下用ABClusters产生的out文件里面给出来很多succeed的构型，但其实他们的log文件是报错了，是什么原因呀？

flyingchow · 发表于 Post on 2021-12-30 04:59:41

张老师您好
我今天使用abcluster内置的xTB-GFN进行了一次原子团簇的全局搜索。在复现了手册中给了两个例子之后，我自己又想测试一下，所以进行了C6H6的全局搜索，看看能不能把苯环这个显然的能量最低的结构给找出来。
在第一遍运行的时候，我按照手册，之设定了50个计算次数，得到的结果并不理想，只得到这么一个结构：

后来我重新设定了500个计算次数，这一次就能够得到正确的苯环结构了：

但是，输出文件上显示的能量从低到高排列的顺序中，忽略了500次计算中能量最低的那一个结构，给出的结果是错误的。我是回过头去在xtb计算的过程中找到的那个能量最低的结果，第252号结构。另外随机生成的很多结构不太合理，导致xtb无法计算，过程中的一些问题，可能是导致最后给出的能量排列出现错误。
我输出文件附在下方。（252号明显能量最低，最后排序却把它忽略了。）老师看看能不能改进下，谢谢。

c6h6_2.out (47.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

南晓 · 发表于 Post on 2022-1-6 16:33:39

老师请问我想建立不同大小的过渡金属团簇，查阅以前文献没有关于此过渡金属团簇结构的介绍，我可以通过ABCluster来寻找其不同大小下的团簇最优结构吗

flyingchow · 发表于 Post on 2022-1-11 04:20:03

南晓发表于 2022-1-6 16:33
老师请问我想建立不同大小的过渡金属团簇，查阅以前文献没有关于此过渡金属团簇结构的介绍，我可以通过ABCl ...

当然可以啦，张老师的文档里给了例子，那个Au8联用xtb的例子。还有用力场来做比较大的Ag团簇的例子。

南晓 · 发表于 Post on 2022-2-19 11:12:23

请问当我想打开ABCluster的应用程序时他一直闪退怎么办

scfslyzkf · 发表于 Post on 2022-9-22 11:14:50

本帖最后由 scfslyzkf 于 2022-9-22 11:50 编辑

TMULYU 发表于 2021-11-17 10:47
你好，在使用改程序在windows下运行aip构象搜索的例子出现了如下错误请问怎么解决
Error occurs: Recie ...

我也遇到这个问题这个可能是代码编译的时候优点问题。
换成ABCluster3.0的版本是可以正常运行的！

zgdx · 发表于 Post on 2022-9-29 11:25:30

南晓发表于 2022-2-19 11:12
请问当我想打开ABCluster的应用程序时他一直闪退怎么办

请问你解决这个问题了吗？我也遇到了这个问题，你是怎么做的？

红烧肉盖饭 · 发表于 Post on 2022-10-28 17:17:30

zgdx 发表于 2022-9-29 11:25
请问你解决这个问题了吗？我也遇到了这个问题，你是怎么做的？

你好，我只学了开头，也就是rigidmol.exe那个程序。我的办法是，在有想计算团簇的cluster.inp.xyz三种文件的文件夹中，shift+右键，选择打开powershell窗口（其实就是授予访问权限上面那一个），然后在那里面输入计算指令。我在这里写的是后半部分的内容，在此之前需要加入path，建议百度搜索《用abcluster 搜索化学团簇的全局和局部极小点》的教程ppt。

红烧肉盖饭 · 发表于 Post on 2022-10-28 17:20:09

想请问一下各位，进行计算的.xyz文件从哪里获得呀？
软件下载之后附带的例子有如下一个，不知道从哪里获得，不是单纯意义上的原子坐标。

1
Na(+)
Na 0.0 0.0 0.0
water_ions_tip4p q epsilon (kJ/mol) sigma (AA)
+1.00 0.1962 2.5137 # SOD

白皛白 · 发表于 Post on 2022-11-23 12:36:21

想请教一下各位，按照官网的geom with VASP教程来，但是运行后out文件提示如下报错怎么解决呀？
Error occurs: Incorrect XYZ file format in "c2n.xyz" near " 18 ^M ": A positive number is needed.

coolrainbow · 发表于 Post on 2023-1-3 10:30:51

白皛白发表于 2022-11-23 12:36
想请教一下各位，按照官网的geom with VASP教程来，但是运行后out文件提示如下报错怎么解决呀？
Error occ ...

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