求助：Amber14运行sander.MPI出现问题

fuchg · 发表于 Post on 2021-11-2 09:52:25

各位大佬，我在运行amber 14中的sander.MPI时出现以下错误，但是sander是可以正常运行的

环境变量设置如下：

请问到底是哪里出现问题了呢？我该如何解决呢？

hangmint · 发表于 Post on 2021-11-2 10:03:00

依赖库出问题了
locate寻找一下这个依赖库，然后重新创建一个软链接
也有可能是你的MPI版本有问题

fuchg · 发表于 Post on 2021-11-2 10:13:24

本帖最后由 fuchg 于 2021-11-2 10:22 编辑

hangmint 发表于 2021-11-2 10:03
依赖库出问题了
locate寻找一下这个依赖库，然后重新创建一个软链接
也有可能是你的MPI版本有问题

你好，请问我该如何设置软链接呢，我找到了这个依赖库

chenbq18 · 发表于 Post on 2021-11-2 20:24:34

fuchg 发表于 2021-11-2 10:13
你好，请问我该如何设置软链接呢，我找到了这个依赖库

ln命令，具体用法自己查查就知道

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-11-3 09:42:24

fuchg 发表于 2021-11-2 10:13
你好，请问我该如何设置软链接呢，我找到了这个依赖库

如果你编译openmpi时采用的--prefix是/home/fcgopenmpi-1.6的话，那其实Desktop/openmpi-1.6.5目录已经没用了，可以整个目录删掉。可执行文件都在/home/fcg/openmpi-1.6/bin里，库都在/home/fcg/openmpi-1.6/lib里。

fuchg · 发表于 Post on 2021-11-3 13:15:17

chenbq18 发表于 2021-11-2 20:24
ln命令，具体用法自己查查就知道

好哒，谢谢，问题解决啦，是openmpi版本太低了

fuchg · 发表于 Post on 2021-11-3 13:16:03

zjxitcc 发表于 2021-11-3 09:42
如果你编译openmpi时采用的--prefix是/home/fcgopenmpi-1.6的话，那其实Desktop/openmpi-1.6.5目录已经没 ...

好哒，谢谢

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