求助如何使用脚本分析高斯log文件中坐标信息

zhangzh · 发表于 Post on 2021-11-5 18:50:33

我最近需要使用python提取高斯优化任务的坐标文件用于后续分析，但遇到一个问题：如何从优化得到的许多帧坐标文件中，选择并提取出优化结束的最后一帧，并保存对应的坐标和能量？望赐教。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-11-5 19:01:58

最简单的方法是，把每一帧都读进来，然后只保留最后一帧。
你只要会读取一帧，就应该知道怎么读取所有帧，然后扔掉前N-1帧就行了

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-11-5 19:16:07

打开文件倒着读（或读取位置移到文件末尾），检测这样遇到的第一帧结构，然后顺着读取natom行即可获得想要的坐标。能量同理。

zhangzh · 发表于 Post on 2021-11-5 19:28:16

zjxitcc 发表于 2021-11-5 19:16
打开文件倒着读（或读取位置移到文件末尾），检测这样遇到的第一帧结构，然后顺着读取natom行即可获得想要 ...

感觉不是很理解，倒着读到结构之后怎么再找到natom处顺着读呢？有没有相似的例子可以参考，不胜感激

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-11-5 19:33:24

本帖最后由 zjxitcc 于 2021-11-5 19:37 编辑

zhangzh 发表于 2021-11-5 19:28
感觉不是很理解，倒着读到结构之后怎么再找到natom处顺着读呢？有没有相似的例子可以参考，不胜感激

我不知道你打算用什么编程语言写这个，反正Fortran是很简单的

program main
implicit none
integer :: fid
character(len=240) :: buf
open(newunit=fid,file='xxx.log',status='old',position='append') !打开时处于文件尾
do while(.true.)
BACKSPACE(fid)
BACKSPACE(fid)
read(fid,'(A)') buf
if(buf(起始:终止) == '关键词') exit
end do
do i = 1, natom, 1
!读取第i个原子坐标
end do
close(fid)
stop
end program main

复制代码

snljty · 发表于 Post on 2021-11-5 19:54:15

别的大多数语言没有backspace这个函数/子程序，上面的方法不太好实现。你就可以一直读，如果读到一个新的就更新一下，这样保留的就是最后一个。如果想省前面几次读坐标的时间（其实没有意义），别的主流语言比如C/C++/Python都有获得当前文件位置的函数，以及跳转到文件某个位置的函数(C的ftell和fseek，Python的tell和seek)。你搜natoms=，搜到一次就更新一次这个关键词的位置，直到读到文件尾，再跳回最后一次的位置，接着读坐标。

zhangzh · 发表于 Post on 2021-11-5 20:04:00

snljty 发表于 2021-11-5 19:54
别的大多数语言没有backspace这个函数/子程序，上面的方法不太好实现。你就可以一直读，如果读到一个新的就 ...

非常感谢，我去试一下

红米饭1234 · 发表于 Post on 2021-11-6 16:09:28

可以安装这个软件，命令行输入makexyz xxxx.log 坐标即可输出到屏幕上。也可以重定向到一个文本里

makexyz软件地址，用于linux

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-6 18:10:50

可以借用Multiwfn

Multiwfn打开Gaussian的out文件后，直接会载入里面最后一帧结构，之后用主功能100的子功能2可以导出各种常见格式，包括形式很简单的xyz格式，再从里面读取即可。在Python脚本里调用Multiwfn做这种处理很容易
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

Smes · 发表于 Post on 2022-12-14 23:07:04

wzkchem5 发表于 2021-11-5 19:01
最简单的方法是，把每一帧都读进来，然后只保留最后一帧。
你只要会读取一帧，就应该知道怎么读取所有帧， ...

想问下老师最后一帧做坐标在哪读呀，我发现out文件最后有话的坐标和用gaussview转出来的不一样。
想写个bash script 把out转化成gjf文件，卢老师的脚本没把转化成我自己想要的模板，想自己写，但是不太清楚抓取out文件坐标的逻辑。

liuzl · 发表于 Post on 2023-7-10 18:40:10

红米饭1234 发表于 2021-11-6 16:09
可以安装这个软件，命令行输入makexyz xxxx.log 坐标即可输出到屏幕上。也可以重定向到一个文本里

...

可以重新发一下这个软件的网址吗？我打不开这个链接

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