超算上运行gromacs速度很慢并且出现大量的备份文件

16aDream · 发表于 Post on 2021-11-13 11:24:55

超算上用intel/parallel2019和mkl编译的gromacs2020.6，配置如图，

跑一个nvt的测试任务时，出现了大量的备份文件，如图，

并且计算速度奇慢无比，4ns/day左右，调用16-64个核都在这个速度左右，如图

超算上提交任务的脚本如图：

但是这个任务放在自己PC上跑的时候（openmpi3.1.3，fftw3.2.2，gromacs2019.6），调用4核的速递就能达到25ns/day，并且不会出现大量备份文件.
请教一下这是什么原因呢？实际上不管是用我在超算自己安装的版本，还是调用超算预装的版本，都出现了这个问题，超算是武大超算

snljty · 发表于 Post on 2021-11-13 11:41:14

MPI的问题，现在好像是同时在跑一大堆相同的任务。不是跨节点并行不要编译MPI版，又麻烦又慢。编译thread-MPI和OpenMP混合版就行。另外（假设非得租超算）只是跑Gromacs，可以考虑一下租GPU节点，可能性价比会更高。
编译看卢老师博文《GROMACS的安装方法（含全程视频演示）》http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html

16aDream · 发表于 Post on 2021-11-13 13:34:44

snljty 发表于 2021-11-13 11:41
MPI的问题，现在好像是同时在跑一大堆相同的任务。不是跨节点并行不要编译MPI版，又麻烦又慢。编译thread-M ...

我是准备在超算跨节点并行的，因为一个节点才16个核

16aDream · 发表于 Post on 2021-11-13 14:24:39

又测试了下不用_mpi跑还是出现这种问题。。

snljty · 发表于 Post on 2021-11-13 14:31:42

16aDream 发表于 2021-11-13 14:24
又测试了下不用_mpi跑还是出现这种问题。。

去掉srun，刚没注意这里。

snljty · 发表于 Post on 2021-11-13 14:32:54

16aDream 发表于 2021-11-13 13:34
我是准备在超算跨节点并行的，因为一个节点才16个核

1.这机器实在太老了(按照超算中心水平而言)
2.换GPU算才是正解，不要以为跨节点效率很高。

16aDream · 发表于 Post on 2021-11-13 14:36:47

snljty 发表于 2021-11-13 14:31
去掉srun，刚没注意这里。

去掉了果然速度上来了，多谢多谢。话说为啥不用srun，我以为超算提交任务必须带的命令

16aDream · 发表于 Post on 2021-11-13 14:38:06

snljty 发表于 2021-11-13 14:32
1.这机器实在太老了(按照超算中心水平而言)
2.换GPU算才是正解，不要以为跨节点效率很高。

武大超算才运行没几年啊，机器这么老的么

。gpu的我也要去测试的

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