计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 14601|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 关于TD-DFT下做吸收光谱分析以及density关键词的影响

[复制链接 Copy URL]

1102

帖子

18

威望

6693

eV
积分
8155

Level 6 (一方通行)

計算化学の社畜

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 冰释之川 于 2016-1-28 19:15 编辑

曾在群里求助Sob老师 关于Density 关键词与 Density=rhoci 关系: 弛豫密度(density默认)和非弛豫密度(density=rhoci)于是,我做了有关 density 关键词的 三个对比测试(针对同一个分子结构):
测试文件:

(1)不带density关键词
#p td=nstates=20 wB97XD/6-31+g(d) scrf=solvent=Ethanol geom=check pop=npa iop(3/108=0162000000) iop(3/107=0162000000)

(2)带density默认关键词:
#p td=(root=1,nstates=20) wB97XD/6-31+g(d) density scrf=solvent=Ethanol geom=check pop=npa iop(3/108=0162000000) iop(3/107=0162000000)

(3)带density=rhoci关键词:
#p td=(root=1,nstates=20) wB97XD/6-31+g(d) density=rhoci scrf=solvent=Ethanol pop=npa iop(3/108=0162000000) iop(3/107=0162000000)

激发能与振子强度分析如下:

(1)不带density关键词
Excited State   1:      Singlet-A      2.4523 eV  505.59 nm  f=0.2498  <S**2>=0.000
      73 -> 74         0.69047
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -919.701124053   
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

(2)带density默认关键词:
Excited State   1:      Singlet-A      2.3519 eV  527.18 nm  f=0.3498  <S**2>=0.000
      73 -> 74         0.69058
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -919.704814641   
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

(3)带density=rhoci关键词:
Excited State   1:      Singlet-A      2.3519 eV  527.18 nm  f=0.3499  <S**2>=0.000
      73 -> 74         0.69058
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -919.704814739   
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

结果发现  加不加 density 对 激发能和振子强度 有很大影响,这是不是因为 前者电子密度是基态 而后者的电子密度是第一激发态(root=1)的缘故呢?

另外,我们一般加 density 和root=N 是为了获得激发态的偶极矩、NBO、波函数,那么我的问题是,加了 density后 输出文件得到的 Excitation energies and oscillator strengths 又有什么用(意义)呢?它和不加density,也就是我们做吸收光谱分析最常用的分析又有什么关联?
P.s.另外说一下小插曲:我一个师兄做TD,发现加了density后的 激发能更加接近实验值,于是乎激发能就用density关键词施加后的结果了,我觉得这样做不对啊,求老师指明。
test.rar (114.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)









评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
让你变成回忆 + 3 欢迎讨论

查看全部评分 View all ratings

Stand on the shoulders of giants

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120180

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2016-1-28 18:52:24 | 只看该作者 Only view this author
你最好把三个输出文件压缩后发上来,便于对照比较。
原理上density关键词是不影响那部分输出的,有可能只是数值巧合。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1102

帖子

18

威望

6693

eV
积分
8155

Level 6 (一方通行)

計算化学の社畜

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-28 19:15:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-28 18:52
你最好把三个输出文件压缩后发上来,便于对照比较。
原理上density关键词是不影响那部分输出的,有可能只 ...

老师,我把test文件上传了
Stand on the shoulders of giants

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120180

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2016-1-28 20:09:57 | 只看该作者 Only view this author
看来是用了density关键词的时候Gaussian在使用Davidson方法对TDDFT方程迭代求解时把波函数收敛限设得更严了,以得到更准确的激发态密度,从输出文件中可看到:
Convergence on wavefunction:    0.000001000000000
而不用density时为
Convergence on wavefunction:    0.001000000000000
前者的情况下,迭代到收敛时Davidson迭代的子空间维度会比后者更大,因此比后者更准确。

多数情况下默认的波函数收敛限已经够了,用不用density关键词也看不出结果有任何差别。但对于某些体系,诸如此例,使用density关键词那样设严到0.000001时结果会更准。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1102

帖子

18

威望

6693

eV
积分
8155

Level 6 (一方通行)

計算化学の社畜

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-28 20:35:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 冰释之川 于 2016-1-28 20:57 编辑
sobereva 发表于 2016-1-28 20:09
看来是用了density关键词的时候Gaussian在使用Davidson方法对TDDFT方程迭代求解时把波函数收敛限设得更严了 ...

谢谢老师,另,波函数收敛阈值 能不能在iop里修改呢? 是不是 iop(9/9)呢?
Stand on the shoulders of giants

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120180

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2016-1-28 21:11:39 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2016-1-28 20:35
谢谢老师,另,波函数收敛阈值 能不能在iop里修改呢? 是不是 iop(9/9)呢?

TD里有个conver关键词可以改
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

490

帖子

2

威望

5128

eV
积分
5658

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2017-11-27 21:42:30 | 只看该作者 Only view this author
我对你的这个测试的前两个进行了一下重复,改了以下几点:(1)没有考虑溶剂;(2)基组没加弥散;(3)nstates=5,因为只考虑S1,我觉得5个足够了;(4)泛函采用的是wB97x

最后结果表明:加不加density关键词对结果基本没影响。

欢迎讨论。

1102

帖子

18

威望

6693

eV
积分
8155

Level 6 (一方通行)

計算化学の社畜

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-28 08:35:54 | 只看该作者 Only view this author
让你变成回忆 发表于 2017-11-27 21:42
我对你的这个测试的前两个进行了一下重复,改了以下几点:(1)没有考虑溶剂;(2)基组没加弥散;(3)nst ...

可能是偶然因素导致有一定的误差吧。一般情况加不加density结构几乎一样。不过要注意的是:用了density关键词的时候Gaussian在使用Davidson方法对TDDFT方程迭代求解时把波函数收敛限设得更严了。
Stand on the shoulders of giants

490

帖子

2

威望

5128

eV
积分
5658

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2017-11-28 08:45:23 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2017-11-28 08:35
可能是偶然因素导致有一定的误差吧。一般情况加不加density结构几乎一样。不过要注意的是:用了density关 ...

对,仅仅是波函数收敛条件变了。

我估计是否是你这里考虑了溶剂效应的结果导致的?还是偶然误差。

1102

帖子

18

威望

6693

eV
积分
8155

Level 6 (一方通行)

計算化学の社畜

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-28 08:56:21 | 只看该作者 Only view this author
让你变成回忆 发表于 2017-11-28 08:45
对,仅仅是波函数收敛条件变了。

我估计是否是你这里考虑了溶剂效应的结果导致的?还是偶然误差。

这算是特例,我之前用同样方法算其他一批分子,加不加density结构都一样。
Stand on the shoulders of giants

490

帖子

2

威望

5128

eV
积分
5658

Level 6 (一方通行)

11#
发表于 Post on 2017-11-28 09:28:03 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2017-11-28 08:56
这算是特例,我之前用同样方法算其他一批分子,加不加density结构都一样。

嗯,OK!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-17 03:52 , Processed in 0.193106 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list