求助：AIMD中使用slow growth方法时，CV取配位数时，如何原子间平衡j键长？

Penson · 发表于 Post on 2021-11-14 11:51:51

如题，我想用隐式溶剂模型计算一下金属锌（002）面一个锌原子的溶出能，打算采用slow growth的方法跑一条10 ps的AIMD轨迹，配位数打算定义为选取锌原子与其他所有锌原子的配位数，但是对于平衡键长的计算，我没什么概念，应该如何计算或者如何定义？请各位大神不吝赐教，给些许点播，不胜感谢！

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2021-11-15 08:05:06

我不清楚你说的平衡键长具体指什么。如果是switching function中指数项里面的分子上的那个长度的话，我曾经在 https://aip.scitation.org/doi/10.1063/5.0020240 的Chemical reaction in vacuum中看到调整这个东西的操作。

Penson · 发表于 Post on 2021-11-15 23:58:15

Daniel_Arndt 发表于 2021-11-15 08:05
我不清楚你说的平衡键长具体指什么。如果是switching function中指数项里面的分子上的那个长度的话，我曾经 ...

非常感谢，应该是指数项里面的分母吧？以下公式中的d？那确实是我想要的东西

Penson · 发表于 Post on 2021-11-17 17:30:43

接着这个帖子追问一下，SG计算跑起来后，无论怎样调整配位数设置的平衡键长，都会出现下面的错误，请问有大佬知道原因吗？附上我的输入文件以供参考

elpa · 发表于 Post on 2021-12-17 10:29:03

Penson 发表于 2021-11-17 17:30
接着这个帖子追问一下，SG计算跑起来后，无论怎样调整配位数设置的平衡键长，都会出现下面的错误，请问有大 ...

函数作图，一清二楚呀https://zuotu.91maths.com/#W3sid ... WQiOlsiMSIsIjEiXX1d

Penson · 发表于 Post on 2021-12-19 11:09:12

elpa 发表于 2021-12-17 10:29
函数作图，一清二楚呀https://zuotu.91maths.com/#W3sidHlwZSI6MCwiZXEiOiIoMS0oeC8xLjUpXjgpLygxLSh4LzE ...

请问您给的函数是对应我这个体系的？如何确认d, n, m这些参数的呢？

get-it · 发表于 Post on 2021-12-20 16:51:16

截断半径可以取一个比两种原子的共价半径之和稍大的值。还可以看看相关文献是怎么设置的。
我自己的做法是先用距离为cv跑一下，看看自由能势垒的位置，把它作为截断半径

wangyueda · 发表于 Post on 2022-6-18 02:02:56

我有个问题请教您下，VASP跑的slow-growth的时候ICONST中配位的写法是怎样的，我看您写完平衡键长后最后的status值设置为5，我看下官网，status值设置为5不是跑Metadynamics的时候的设置吗？

Penson · 发表于 Post on 2022-6-19 00:26:00

wangyueda 发表于 2022-6-18 02:02
我有个问题请教您下，VASP跑的slow-growth的时候ICONST中配位的写法是怎样的，我看您写完平衡键长后最后的s ...

应该按照官网是比较可靠的

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[VASP] 求助：AIMD中使用slow growth方法时，CV取配位数时，如何原子间平衡j键长？

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