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[Gaussian/gview] ubuntu下运行高斯09 C01出错

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本帖最后由 bomsaude 于 2014-11-13 22:50 编辑

ubuntu12.04 64位下安装高斯09 C01,一些文件运行正常,很多文件出错,用程序带的文件测试,举例如下:

user[url=]@pc:~$ g09 /home/user/g09/tests/com/test000.com &
[1] 8836
[1]+  Done                    g09 /home/user/g09/tests/com/test000.com
文件test000.com可以运行
user@pc:~$ g09 /home/user/g09/tests/com/test004.com &
[1] 8853
user@pc:~$ Error: illegal instruction, illegal opcode
   rax 0000000000000017, rbx 00002aaaab7b61a8, rcx 0000000000000000
   rdx 00002aaaab7b8628, rsp 00007fffffff6320, rbp 00007fffffff6400
   rsi 00002aaaab7ba338, rdi 00002aaaab7ba338, r8  000000000000001b
   r9  000000000000001e, r10 00002aaaab7b8628, r11 ffffffffffffffff
   r12 00002aaaab7b8540, r13 00002aaaab7b8448, r14 00002aaaab7b8628
   r15 0000000000000000
  --- traceback not available
Aborted (core dumped)

文件test004.com就出错,log文件的最后部分是:

(Enter /home/user/g09/l401.exe)
Harris functional with IExCor=  205 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 1.61D-01 ExpMax= 3.05D+03 ExpMxC= 4.57D+02 IAcc=1 IRadAn=         1 AccDes= 0.00D+00
HarFok:  IExCor=  205 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         1 IDoV= 1
ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           0
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         Omega=  0.000000  0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 ICntrl=     500 IOpCl=  0
         NMat0=    1 NMatS0=    1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
         I1Cent=           4 NGrid=           0.
Petite list used in FoFCou.


是不是需要设置权限什么的?盼望懂的人给予指点,谢谢了!



电脑是比较老的个人台式机:奔腾双核CPUE6300@2.80GHz,3.25GBRAM,装了XP和ubuntu双系统。








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发表于 Post on 2014-11-14 00:55:28 | 只看该作者 Only view this author
尝试用老点的版本,A02或B01。
后来的G09版本在编译时和老版本不同(库文件、指令集优化选项等),一些机子上可能运行不正常,比如莫名其妙中断
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2014-11-14 02:19:26 | 只看该作者 Only view this author
做计算的话服务器端最好还是不要用Ubuntu,一些设置在我们不算很了解的情况调整起来相当复杂。
我不清楚Ubuntu12是不是因为默认的shell是dash的原因,之前用Ubuntu13的时候我遇到过这个问题。如果是因为shell模式为dash,那么即便which g09找得到运行也是会出错的,你可以尝试按照下列过程检查shell的模式,ls -al /bin/sh。
如果是dash,可以sudo dpkg-reconfigure dash然后选择no。
你先看看是不是这个原因。

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发表于 Post on 2014-11-14 09:45:02 | 只看该作者 Only view this author
做计算,我的建议是用RHEL/CentOS系,不要用Ubuntu。

Ubuntu拿来做Linux入门是可以的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-11-14 18:21:00 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢大家的指点,我试了版本A01,一点也用不了,又试了B01,可行,检验了数百个文件(软件自带的),只有一两个文件出现 segmentation violation ...... Aborted (core dumped) 错误。以后换换其他系统。谢谢大家!!

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发表于 Post on 2014-11-14 19:45:19 | 只看该作者 Only view this author
bomsaude 发表于 2014-11-14 18:21
非常感谢大家的指点,我试了版本A01,一点也用不了,又试了B01,可行,检验了数百个文件(软件自带的),只 ...

我自己使用Ubuntu13、14修改过dash→bash之后g09A可以使用,你可以试试看。
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发表于 Post on 2014-11-24 16:53:57 | 只看该作者 Only view this author
Error: illegal instruction, illegal opcode
当看到这类错误的时候,通常是软件在编译的时候用了一些编译选项,这些选项可能只对某些新的CPU适用,而到了老的不支持这些选项的CPU上就会报这个错误,所以这个错误和CPU相关,和操作系统无关。不管换成哪个操作系统,这个错误都是没办法避免的。

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